この論文のDiscussionにある、 To be conservative, a null hypothesis should perhaps be that novel transcripts—particularly those that are small and low-abundance—are a by-product rather than an independent functional unit [58]. Searching for phenotypes caused by genetic perturbation may be the most useful approach to disproving the null hypothesis. がすべてだと思います。
この論文のDiscussionにある、
ReplyDeleteTo be conservative, a null hypothesis should perhaps be that novel transcripts—particularly those that are small and low-abundance—are a by-product rather than an independent functional unit [58]. Searching for phenotypes caused by genetic perturbation may be the most useful approach to disproving the null hypothesis.
がすべてだと思います。
この論文で問題にしているのは、特にタイリングアレイで「見えて」きた、遺伝子間領域にある転写産物です。「ノンコーディングRNA」というのは「タンパク質」ぐらいあいまいな言い方なので、ちょっと乱暴に分類すると、
１ RefseqやUnigeneに登録されるような発現量の多いノンコーディングRNA（XistやMalat1やMENやGomafuなど）
２ RNA seqやタイリングアレイで明らかになってきた「プロモーターや転写終結部位から読まれる」RNAたち
３ RNA seqやタイリングアレイで明らかになった「遺伝子間領域にある」転写産物たち
となります。３に関してはやっぱりノイズなのでは？というのがこの論文の主旨ですね。特に、遺伝子間領域で転写されているような領域はDNAseIの高感度領域と一致するので、クロマチンがゆるんでいるところに「たまたま」polIIが立ち寄ってRNAが読まれた可能性が高い。というわけです。じゃあ何故クロマチンがゆるんでいるのか、となると良く分かりません。積極的にRNAの機能を考えるのならば、例えばこの領域がまず転写され、クロマチン修飾酵素が呼び込まれ、クロマチンがゆるみ、最終的に何らかのエンハンサーとして働く、というストーリーでしょうか。
冒頭にも書きましたが、重要なのは、ノンコーディングRNAなんてただのゴミだ、というゼロ仮説からスタートして、その仮説を棄却するための遺伝学的な検証をするのが一番大切、という彼らの主張だと思います。まさに、当新学術、影山班の目指すところ、です。ちなみに、上記分類の１に相当するノンコーディング RNAは、やっぱり高等脊椎動物で多いのではないか、と思っています。もう少しきちんと調べてみます。
中川
そうですね、そういう風に分類すると非常に分かりやすいですね。
ReplyDelete(普段はごっちゃにしゃべってしまうことが多いことを反省・・・)
泊