September 6, 2013

若骨にむち打ち(1)次世代シークエンサ解析の初歩の初歩

夏の終わりのフロンティアミーティングから、心地よい疲れと共に帰ってきました。三島さん、長尾さん、鈴木研、泊研のスタッフの皆様、素晴らしいミーティングをありがとうございました!

いろいろ楽しいエピソードはあったのですが、これはあまりにもいろいろ面白いので、せっかくですからRNA学会の会報の方にいろいろ書いていただこうかなと思っています。編集幹事の特権。エヘン。

というわけでとっておきの原稿はもうしばらくということで、僕の方から一言二言。

かつて僕も世話人の方をさせていただいた事もあるのですが、その時に強く思ったのは、ミーティングというのは参加者が全てだなという事です。良い話をする人が集まれば、それは必然的に良いミーティングになります。今回は、個人的には、文字化けさんの別名を持つ(??)アステカさんのツテもあるのでしょうか、synthetic biology系、修飾系の話がいつになく多かったのですが、それがとても新鮮でした。個々のトークのクオリティーはもちろんのこと、多様性という点でもなかなか見るべきものが多かったような気がします。

もう一つ思ったのは、やはりこの歳になっても学ぶ事が多いという事です。40代半ばというのは下手をすると若手と呼ばれる事もありますから(実際和光理研の旧基幹研の生物系PIでは僕が一番若かった、、、)、教えてもらうのは当たり前ではあるのですが、特別講演の輝さん、最年長の影山さんから学ぶのはともかくとして、とにかく貪欲に吸収しよう。何か教えてもらおう。そういう目をしている学生さん達を何人も目にして(そうでない人もいましたが!?)、これはやはり人間向上心をなくしたら終わりだな、とつくづく思った次第です。

というわけで、老骨ならぬ若骨(?)にむち打ち、新しい事に挑戦しようと。いうことで、重い腰を上げて、頑張ってRNAseqを使ったメチル化解析に取り組む事にしました。詳細はおいおい書いていきますが、要は今、fastqのファイルをもらって、途方に暮れている状態です。ちょっとずついろいろ解析しようとしているのですが、なかなか口ばっかりで具体的にすすまない。ここで公開してしまえば、どれだけさぼっているかも良くわかるので、いっその事リアルタイムで何をやっているか書いてしまえば、すこしは尻に火がついて真面目にやりはじめるかな、と思った次第です。学生やポスドクの頃はボスがやんわりとプレッシャーをかけてくれましたが、最近はそういうプレッシャをかけられる事はない、、、ん、いや、実験以外の無言のプレッシャーだとそれはいっぱいあるような気も(キミソレデハタライテルキニナッテルノ)、、、それはともかく、

ミッション「bisulfite RNAseqのデータを解析せよ」

です。
とりあえず、何でも知ってるはずのGoogle先生に尋ねると、Bismarkというものを使えば良いらしいです。しかしー、一番親切そうなこのページ
http://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=Bismark
を見ても、良くわからん。そもそも、テストデータを解析するためのヒトゲノムすら入っていない。というわけで、まずはそこから。

えっとターミナルを立ち上げて、たしかMac OSはUnixコマンドがそのまま使えるはずだからっ、と。Google先生曰く、
「外部接続可能なLinuxなどがある方は、直接wget等を実行しても良いと思います。」
ということで、そこにあった、
$wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz
とターミナルに打ち込んでみたのですが、非常にも、

-bash: wget: command not found

なんだそれ、、、

というわけで、かなり道のりは長そうです(分かる人には分かる。僕がどれだけくだらんところで詰まっているかを、、、)。というのが、9月2日。現在では、一応それから少しすすんで、CをTに変換したゲノムを作らせてるところです。エヘン(分かる人には分かる。僕がどれだけ詰まらん事を自慢しているかを、、、)。先ほど走らせて、いま、うんうん僕の小さなMacbookairがファンの音を鳴らしながら頑張ってくれています。

ともあれ、これから恥さらしの解析の四苦八苦、随時アップしていきます。何も書かなかったら、仕事していないという事です。ハイ。もしくは、他の仕事しているか。現実逃避でネズミをさばいたり切片を切ったりしているか。これはものすごいプレッシャーなので、すこしは仕事が進む、かな?

中川

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