February 16, 2013

大河ドラマ(には程遠いですが)


皆様こんにちは、中川研にちょくちょく出入りしている芳本@理研です。
ここ半年ほどNGSのデータに触れる機会があります。
まずはじめにNGSの大波について個人的な印象を書かせていただきたいと思います。

一言で言うと

「これまでバイオリンの演奏を極めるべく腕を磨いていた演奏家がいきなりエレクトリック・ギターを手にした」

ような状況じゃないかと感じます。

バイオリンの演奏は難しく、センスと地道なトレーニングを必要とし、誰にでもできるわけではありません(生まれ変わっても私にはムリです)。
しかし演奏の限られた時間の中から真実を的確に切り出す姿には高い芸術を感じます。
例えば生化学的な実験にはこういう要素があると思います。

それに対し、NGSは誰にでも簡単に演奏出来て、大爆音でものすごい威力で人々を圧倒する(した)エレクトリック・ギターのようなものだと思います。
とても魅力的です。

ただし、洗練度はまだまだこれからといったところがあります。
その原因はノイズにまみれた大爆音の中に自分の音が埋もれているからではないでしょうか。
これは結構深刻なことで、例えば強引に正規化されたデータの一覧と、生のゲノムブラウザのデータの間にある本質的な差は、
中川さんが指摘されている通りだとおもいます。

というわけで大切なのは適切なフィルターないしエフェクターをうまく使って自分の欲しいデータを拾い出すことではないでしょうか。
先のENCODE論文もそういうところに結構重きをおいているような気がします。

もしよろしかったらもう少し書いてみたいとおもいます。
駄文ですみません。きっと中川さんやHGWのYさんが適切なツッコミを入れてくれると思います◆

2 comments:

  1. >強引に正規化されたデータの一覧と、生のゲノムブラウザのデータの間にある本質的な差は、中川さんが指摘されている通り

    そんな事言いましたっけ?

    ともあれ、ウェットの人間がモイスチャーな人間になったいきさつ、魚類が両生類になったいきさつ、チャーリにどこからでもかかっていっこうと思ったいきさつ??、よろしくお願いします。

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  2. >そんな事言いましたっけ?
    勘違い入ってたかも知れません。RPKMよりもゲノムブラウザのほうが時として雄弁だということが言いたかっただけです。

    それよりチャーリーさんにかかっていこうなんで思ったことは一度もありませんよ!gawk使いカッコいいです。
    芳本

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