October 11, 2012

Webのパワー

 一昔前はディスカッションの際に「Webにのってたんですけどー」などと学生さんが言おうものなら気の荒い助手の先生など回し蹴りなどお見舞いしていたものですが、このごろではWikipediaも「どうでも良い事は何でも分かる」というレベルをクリアして、むしろ下手な講義を聴くよりもよっぽど手っ取り早く知りたい知識にたどり着けるぐらいまで充実してきた感があります。いろいろ複雑な思いはありますが、LNCipediaなんてものまで登場してきました。ちょっとまえにここでも紹介したlncRNA databaseよりはよりlincRNAに焦点を絞ったサイトのような気がしますが、こういうのが出てくるところを見ると世も末、、、なんて言わずむしろ積極的に利用しなくてはいけないのかな、などと思ったりもします。

 いわゆるベンチで手を動かす仕事でなくコンピューターを前にしてやる仕事の場合、特にWebとの相性は良いのかもしれません。研究者というのは、よっぽど偏屈な人でない限り、基本的に自分の持っている技術なり知識を他の人に伝えたくてうずうずしている人種だと思うのですが(実験系のラボにいる若い学生さんたちは何か伝えたくてうずうずしている先輩連が周囲にごろごろいるはずですから、そういう人たちをそっとしておくなんていう残酷な事をしないよう!)、残念な事にベンチで手を動かす実験というのは真横で見てもらわないと、伝えようにも伝えられないという空間的な制約があります。それに比べ、データの加工なりダウンロードのちょっとしたコツなどは、ホームページなりブログなり、近頃ではTwitterなりで結構エッセンスのところが伝わったりする訳です。先日も、手持ちのRefseqのリストをAffymetrixのProbe IDのリストに変換できないかなあ、と思い、エクセルのファイルをDgetやらなんやら見知らぬ関数を使ってえっちらこっちらいじっていたのですが(それもちょっと困ったらGoogle窓口に問い合わせにいきながら)、何の事は無い。 e!Ensemblなるページからから入ってBioMartなるサイトに行けば、一気に解決。しかもご丁寧に、「使い倒し系チャンネル」なんていう動画解説サイトまであるのですね。あちこちクリッククリックしていればなんとなく使えるようになっている。データのダウンロードがちんたらしていたらちょっとYahooのニュースも覗いてみたり。結構楽しかったりして。黒田、すごい!!この回も三者凡退か!とか。

 RNAseqなどのデータの解析も、こういうサイトなり動画を見ていたりしていると、実際はいろいろ難しいのでしょうが、なんだかやれそうな気にもなってきます。プロになろうとすると、つまり、自分でブログラムを書いたり統合データーベースサイトを作ったりするとなるとそれはそれで大変なのでしょうが。実を言うと40を越えてから新しいテクノロジーに触れるのがだんだん面倒くさくなってきたのですが、昨日だったか、いつも悲観的で後ろ向きな記事しか載せず、昔は良かった、今の政治の劣化は何だ、角栄はやっぱり偉かった、ぐらいしか書けない某新聞の社説欄に、いったん40で人生リセットしましょうよ、ずっと同じ事をしていたら長い人生つまらんでしょう、という40歳定年論を唱える人のすごく前向きな記事が載っていて、えらく刺激を受けてしまいました。ほとんどままごとみたいなレベルでも、ベンチの実験屋がWebを使い倒すことを覚えれば、それはそれなりに強力なアイテムになるのかもしれません。それ以前に、ままごとのような質問でバイオインフォの専門家の貴重な時間を削るような迷惑行為を減らせるかもしれない。。。

 そういえば、Genome Researchの特集号で、Encodeプロジェクトの最新の成果がまとめられています。このブログでも取り上げようと思っていたのですが、若い人たちはさすがで、独自に勉強会を開いていて、それなりのまとめがTwitterの#encodejpで拾えるようです。つぎゃるとかいう言葉、初めて知りました。Togetterのページはとりあえずマメ知識を拾うにはなかなかすばらしいです。Webで共有できる知識ならばそこで共有してしまおう。そうでない知識は顔と顔を突き合わせて醸成していこう、そういうスタイルがあたりまえになりつつあるのかもしれません。

中川

October 9, 2012

山中さんのノーベル賞

山中さんが、といいますか山中先生がノーベル賞を受賞されました。生命科学を生業としている人全てにとって、オリンピック開催地が決定したようなfeeling goodの朗報なのではないでしょうか。

その一方で、クソ、俺はまだノーベル賞とれるようなネタつかんでないぜいーっ!負けてたまるか(誰に勝つの?というツッコミはおいといて)、というような感情を持たれた方も、生命科学の業界の中の人には多いのではないでしょうか。いえいえ私なぞはとてもとても、表では言いつつ、裏では研究者は渦巻く野心と根拠の無い自信を持っているものですから。良い意味で。

また、個人的にそうそう!と思ったのは、理研のホームページにもあった利根川さん、といいますか利根川先生のコメントでした。第二第三の山中さんを作るために必要なのは大型プロジェクではなく、二人か三人でこじんまりとやっている基礎研究なのではないか、というような趣旨のコメントですね。こじんまり、とはいっても、バキバキやろうと思ったら一つの研究室あたり、年間、一千万円ぐらいは必要でしょうから、日常感覚で行くと浮世離れしたところで研究をさせてもらっているのだなあというのは、そう思います。ともあれ、幹細胞とか、エピジェネティックスとか、「山中以前」に分かっていたメカニズムだけでもいろいろ複雑ですし、多能性幹細胞をリプログラムで作るなどそう簡単にできるわけ無いだろうと、多分その道の専門家は思っていたのだと思いますが、ごちゃごちゃした議論を全て吹き飛ばしたのが奈良先端の小部屋で数人で行った手作業だったというのは、実に痛快な話です。

ともあれ、iPSの仕事とは当新学術領域の研究は分野も興味も方向性も違いますが、素直に祝福するより、クソっ!負けてたまるか!(研究とは勝ち負けではないでしょう、というツッコミはおいといて)、という気持ちで目の前の実験に取りかからなくてはいけないな、と思っています。ついつい科研費申請のこのシーズン、書類書きに忙殺されていますよーという言い訳をしながら現実逃避に走りがちです。デスクを離れて現場に戻ろう、と。

中川


September 27, 2012

「RNAフロンティアミーティング」に参加して 2年たに組 くろぎ ゆうたろう


タイトルで怒られる前に謹んで自己紹介致します。
今回のフロンティアミーティングでは、ホームページ制作やPC担当、
飲み会の部屋提供担当(?)だった、

熊本大学 自然科学研究科
博士後期2年 谷研究室 の
黒木 優太郎と申します。


ミーティングレポートという事で、先日の会を思い出しながら書いていたのですが、
あまりにも拙い内容しか思い浮かばず、いっそ夏休みの宿題的な感じで押し切ってしまおうと思い、こんなタイトルになりました。
皆様、どうか「閉じる」を押す前に、赤ペン先生になったつもりで温かくご覧下さい。
会の概要や雰囲気については、これまでの皆様のレポートでたくさん紹介されていますので、開催前からの裏話を少しだけ。


今回、私らは会のお世話させて頂く側でした。
井手上先生が会場の手配等でお忙しく働かれている中、私ら学生は丸投げでお任せしていたのですが…。ある日、先生から「黒木君、HPの作成をお願いできますか?」との御依頼。
 という事で、私に関して言えば、このあたりからお世話開始でした。

さて、紆余曲折を経て今のHPを作成し終わりました。その後安心しきっている所へ、谷先生から「明日締切なんですが、参加しますか?」とのご提案。裏方から、舞台に立つ側に回った瞬間でした。

話は飛んで会当日。後輩達のテキパキとした仕事ぶりに圧倒されつつ、私は前の方でPC係としてふんぞり返っていたのですが、日頃の行いの成果がその日の夕方に現れます。
セッションが終了し、井手上先生による部屋割発表。谷研OBの方とご一緒でき、嬉しく思っていると、先生がやって来て…


「あ、君たちの部屋、飲み会会場なんだ。」と、井手上先生。
「ですよね。」と、私。

睡眠は諦めました。


いえ、いいんです。これこそがフロンティアミーティングの醍醐味。肝臓を半分くらい生贄にささげる気で来ましたとも。
そして夜。皆さんと楽しく飲んで、楽しく研究相談などをしている内に、だんだん記憶が怪しくなってきて、私の発表の出来も怪しくなってきました。

次の日の朝、絶対私らより飲んでいるはずの先生方が颯爽と朝食をとっている中、半分死にながら朝食を流しこみ、またPC係として踏ん反りかえります。すばらしい発表が続く中、私は翌日の自分の発表の怪しさに焦りを覚えていました。
そして夜。皆さんと楽しく飲んで、前のレポートを作成している越智さんと、「越智さん、片眉をそり落としたほうがいいよね。」というような感じで、会話の内容が昨日よりさらに怪しくなり、私の発表もさらに怪しくなっていました。

そしていざ発表。何度発表しても緊張はするものだと感じました。心臓バクバクで今でも何を話したかを覚えていない始末。しかし質問だけは忘れてはならぬと、メモをその場でとりつつ質疑応答。この瞬間だけは、二日酔いだろうが三日酔いだろうが頭を冴えさせなければ。…と言いつつも、反省点の残る返答。未熟さを噛みしめる結果となりました。
とはいえ無事にセッションが全て終了。準備期間を含めれば非常に長く関わってきた会だけに、今までのどの会よりも感慨に浸っていました。


最後にベストプレゼンテーション賞の発表。思えば2年前、まだ博士に進むか悩んでいる時、この賞と、そこで出会った友人に勇気づけられたのを今でも鮮明に覚えています。

そして今回の会でも、また勇気づけられる結果となりました。そうです、博士2年でもまた授賞させて頂きました。嬉しい事に、片眉をそり落とすかどうか話した越智さんも一緒です。そして何よりうれしいのが、4年生の後輩の西村さんが受賞した事。頑張りを見ているだけに、こっそり感動。
(ちなみに、西村さんの発表中にギュッとくまモンタオルをにぎりしめる井手上先生は、なんだかお父さんみたいでした。そちらにもひっそり感動。)

という事で、全員一丸となってお世話したミーティング。途中で怪しくなりながら、私もなんとかやり遂げる事ができました。
今回の会で得たものは、知識だけではありません。人との繋がりという素晴らしいものをまた得ることができました。これが、今の私の土俵際の綱の厚みとなり、最後の最後で踏ん張れています。こんな茶髪ロンゲの馬の骨にお付き合いいただき、ありがとうございました。
(ちなみに、これを書いている現在は黒髪短髪ですよ)


最後まで読んでくださってありがとうございます。
そして、会に参加された皆様方。本当にありがとうございました。
また、次の学会で是非、一緒に朝まで話させて下さい。


黒木 優太郎

ミーティングレポート ~秋光研M1越智晴香の旅~


1日目
初めての学会、初めてのソラシドエアー!期待と不安で胸がいっぱい!大雨の中いざ出発!そして到着!
うーん熊本は思っていた以上に栄えている。東京とあまりかわらない
熊本らしさ、九州らしさはどこに?そうだ!ラーメンを食べよう\(^o^)

これが熊本ラーメンなのか博多ラーメンなのかはわかりませんでしたが、とりあえず麺が細い!東京で太麺ばかり食べていた私にとって、新感覚ではありましたがうーん美味(*^_^*)おなかいっぱい夢いっぱいで、

いざフロンティアミーティングへ!!
まず圧倒されたのがRNAシャツ!てっきり受付でRNAシャツを貰えると思っていたら、熊大のスタッフの方々が着ているものと判明!残念…((+_+))これに関しては後にうれしいことがおこるのですが

同世代の方々の発表と、中川先生、谷先生の特別講演を聞き、モチベーションは最高潮に!!!
いざ明日の自分の発表へ!!!!
と、ちょっとその前に、、、(^^
自由交流会Ⅰ。明日があるので控え目に参加させていただきました。酒飲んでいる場合ではありませんよ!練習練習!

2日目
緊張しましたぁ((+_+))私の発表は無事終わったのでしょうか?というのが本音です。つたない発表にも関わらず、沢山のご質問、アドバイスありがとうございました。また、コーヒーブレイクや交流会でも、貴重なご意見をいただくことができ、今後の実験が今から楽しみで仕方ありません!!ピペットマンピペットマン!

午後は待ちに待った熊本観光(@^^)/~~~
熊本城、そして水前寺公園。熊本を満喫してまいりました!
熊本の殿と姫は大変面白い方でした!ははぁ<(_ _)>




そして、自由交流会Ⅱ。いやー楽しかった!沢山の方々とお話することができ、また先生方とも研究のお話だけではなく、私生活に関する本当に本当に本当に貴重なアドバイス(_;)、ご意見を承ることができ、今後の人生に活かしていけたらと思います。
楽しんでいたランキングをつけるとすれば、優勝は秋光先生に譲るとして(-)
3位入賞は果たせたのではないかなと!
井出上先生、3時まで飲み会の場を提供していただき、本当にありがとうございました!!

3日目
眠い目をこすりながら、最後の力を振り絞ります。
そして、表彰式。私は寝ぼけているのか(?_?)耳を疑うとはまさにこのことでしょうか。
未だに、でてくる言葉といえば「えっと驚いています!」これに尽きます(>_<)
さらに、他の2名の受賞者の方が、熊大生ということで、3人分の副賞を全ていただくことに!くまもんグッズに、RNAシャツ!これは嬉しい(;_;)ラボ旅行に持っていかなければ♡
今年の運を全て使いきってしまったのではないかと、不安になりそうです
ベストプレゼンテーション賞。この賞に恥じないよう、これからも日々精進してまいりたいと思います!!

このような素晴らしい機会を作ってくださった熊大の皆さま、貴重なご意見を下さった先生方、そして声をかけて下さった他大学の学生の皆さま、ありがとうございました。
この充実したフロンティアミーティング3日間で得た貴重な体験を、今後の研究生活に活かしていきたいと思います。
最後に、素晴らしい環境、素晴らしい先生と先輩方そして、同期、後輩に恵まれたことに感謝致します。ありがとうございました。

東京大学秋光研究室修士1年
越智晴香

September 26, 2012

ミーティングレポート


はじめまして、東京大学アイソトープ総合センター秋光研究室のM1今町です。
ベストプレゼン賞を取ったわけではありませんが、皆さんに便乗して私もミーティングレポートを書いてみました。

今年は熊本でRNAフロンティアミーティングが行われると聞いたときは、「さぞかし暑いのだろうなぁ」と想像していましたが、予想と反して当日の熊本は快適な気候でした。(むしろ東京のほうが暑いぐらいだったと思います…。)

口頭発表は他の多くのM1の大学院生の方と同様に、私もRNAフロンティアミーティングでの発表が初めてで、2日目が発表日だった私は、緊張のあまり前日から気が気ではありませんでした。

また、ベストプレゼン賞を取った方を始め、堂々とした大学院生の発表が初日から相次ぎ、それを半分プレッシャーに感じながらも、私も同学年の学生に負けられないという思いで発表には望みました。

ラボ内での発表とは異なり、当日、多くの研究者・大学院生の前での発表はとても緊張しましたが、様々な方から意見を聞くことができ、とても有意義でした。

その一方で、周りが優秀な研究者・大学院生と感じてしまうと萎縮してしまい、うまく質問の受け答えができなかったことや、今回ミーティングの最中に1度も質問ができなかったことが心残りでもありました。


3日間、同学年の大学院生との交流を通してお互いの研究内容について話すことで、お互い良い刺激を受けたことも収穫だったと思います。

次回このような発表の機会がある折にもっと良い発表ができるように、研究を頑張りたいと思います。

最後に、このような発表の機会を与えて下さった秋光先生と、今回RNAフロンティアミーティングの開催に携わったすべての方々に感謝したいと思います。ありがとうございました。

東京大学アイソトープ総合センター秋光研究室
M1 今町直登

ミーティングレポート


初めまして、東京大学秋光研究室所属修士1年の切替と申します。
自分はベストプレゼンテーション賞をとってはいないのですが、秋光先生の強いススメにより
僭越ながらミーティングレポートを書かせていただきたいと思います。

自分は今まで口頭での学会発表は経験がなく、今回が人生初の口頭発表の現場となりました。
自分の発表は3日目だったので、それまでは他の人の発表の技術や知識を少しでも吸収しよう
という姿勢で臨んでいました。ところが、想像をはるかに超えた素晴らしいプレゼンテーションを
目の前で行われ、自分がここにいていいのかという緊張に苦しみました。緊張のしすぎで、ホテ
ルで給仕していただいた豪華な食事の味がほとんどわからなかったほどです。

そんな精神状態の最中、迫り来る某准教授の周囲への過剰広告によるプレッシャー。
鼓舞するつもりなのか和ませるつもりなのか、はたまた本当に自信があったのかは定かではない
ですが、そのときの自分には毒物以外の何物でもなかったのを鮮明に覚えております。

しかし、実際に発表を終わらせてみると勉強になるご意見やご質問を頂けて、凝り固まった思考が
解されたのを感じました。同時に、これやあれをやってみたいという気持ちにもなり、精神面で得た
ものも非常に大きいものでした。

このような素晴らしいミーティングに参加し、様々な人と出会え、たくさんの勉強をさせていただけ
て本当に嬉しく思います。

最後になりますが、この場を借りて今回フロンティアミーティングで関わっていただいた全ての方
にお礼と、準備や案内をしていただいた方々に更なる感謝を表したいと思います。
本当にありがとうございました。ぜひ、これからもよろしくお願い致します。

東京大学秋光研究室修士1年
切替 祥鷹

ミーティングレポート


初めまして、熊本大学谷研究室所属の4年の西村と申します。
先日、熊本にて開催されましたRNAフロンティアミーティングにてベストプレゼン賞を頂いたので、つたない文章ですが、会の感想をミーティングレポートとしてご報告したいと思います。

個人的には、今回のフロンティアミーティングが初の学会参加で、もちろん発表も初めてと初めてづくしでした。発表すると決まったのはフロンティアミーティングのちょうど一か月前。院試が終わった直後の私に「発表してみない?」と先生。正直、研究を始めて半年程度のまだまだ未熟過ぎる私が、RNA関連の研究をされている方々ばかりが参加される学会で発表なんかしようものなら…、さらに口頭発表(!?)…と発表直前まで不安しかありませんでした。

しかし、終わった今となっては、発表することができ、本当によかったと思っています。
自分の研究について、先生方から貴重な意見・アドバイスを頂くことができましたし、他大学の方々にも懇親会などで声をかけて頂き、人見知り(見えないと言われますが)の私としては、発表したことが、相手に最初のドアを叩いてもらうきっかけになったのでありがたい限りでした。さらには、4年だからと先生方が優しく寛容に見てくださった上でのことと思いますが、賞まで頂き、私にとって非常に実りの多い会となりました。

発表できたことだけでなく、様々な研究についてお話を聞けたことでRNAの世界の広さを改めて知り、面白い研究に良い刺激を受けました。また、そのような面白い研究をされている方々と研究についてはもちろん様々な話をし、一緒に3日間を過ごすことができ、この会に参加してよかったと心から思います。

一番印象に残っているのは、やはり中川先生と谷先生の講演。 
敷居を低くして話をしてくださった中川先生の人との関わりの中での研究のお話、普段の研究室ではなかなか聞くことのない谷先生の昔の研究のお話。どちらのお話も先生方の好奇心に感動するとともに、今の自分、これからの自分について改めて考えるきっかけとなりました。

感じたことをうまく文章で表せないのが悔しいのですが、今まで知らなかったことを新しく知ることができ、自分自身の研究に対する姿勢に疑問を投げかけ、さらに研究を頑張って行こうと思えた非常に濃い3日間でした。

最後に、フロンティアミーティングでお話しをしてくださった先生方、一緒に熊本観光や雑談をしてくださった他大学の皆さん、大変充実した3日間をありがとうございました。また、どこかでお会いした時には、ぜひ声をかけてください。

中川先生のように素敵な文章が書ければよかったのですが、どうもうまくいかないので、下っ端の私はこの程度で、あとはベストプレゼンを受賞した先輩方2名にお任せしたいと思います。

写真は1日目のセッション終了後の集合写真。会の雰囲気が少しでも伝わるかと…

熊大谷研4年 西村佳菜子