日仏先端科学シンポジウム

中川さんと同じく、最近日本語の総説執筆と戦っていた泊です。1ヶ月以上遅れですが、皆さま新年あけましておめでとうございます。それから、私事ですが2/1付けで教授に昇任いたしました。研究室の体制等を含めて特に変化はありませんが、今後ともどうぞよろしくお願いいたします。

さて先日、日仏先端科学シンポジウムという会合に参加してきました。
http://www.jsps.go.jp/j-bilat/fos_jf/jishi_07.html
これは、日本とフランスの幅広い専門分野の科学者が一緒に泊まり込んで、いくつかの決められたトピックについてああでもないこうでもないと議論しましょう、と言う趣旨のものです。日仏の他に日米、日独のバージョンもあるらしいのですが、私にとってこの様な会合は初めての参加でした。

今回の生物学のトピックは、すばりそのまま「small RNA」だったのですが、普段の学会とは違い、聞いている人々が、それこそヒッグス粒子を観測した人とか、隕石の年代を測定している人とか、サイエンスにおけるジェンダーを専門にしている人とか、科学者といえどもありとあらゆるバックグラウンドの人がいたために、「伝える」ということに大変苦心しました。

私はChairという立場で、そもそもsmall RNAとは何かということを会場の人に分かってもらい、その後の専門的な話(阪大の河原さん: 神経変性疾患におけるmiRNAの生合成の異常、CNRSのPfefferさん: small RNAを介したウィルスとホストのせめぎあい)につなげる、という役割でした。実際に参加するまでは「さすがにみんな科学者なのだからセントラルドグマぐらいは大丈夫だろう」と思って、自分自身の研究成果も少し含めたイントロダクションのスライドを用意してたのですが、前日に他分野の方に聞いてみると、実はそうでも無いということが分かり(逆に、ヒッグス粒子を理解するために必要な「標準理論」のバックグラウンドが私たち生物学者には全く無いということも分かり)、自分の研究に関する内容はすべて削除して、スライドを大幅に作り直すことになりました。

色々悩んだ結果、YouTubeのこのビデオ
http://www.youtube.com/watch?v=gZZyxVP02UU
を大々的に使って説明してみたところ、これが大正解。複数回参加している方からも「いつも生物学のセッションは、意味不明な省略語(遺伝子名や現象名のことだと思われる)が次々出てきて、気づいたら終わってることが多いけど、今回のはとてもよく分かった」と言われました。

さすが映像の力は偉大だな、と思っていたのもつかの間、「で、さっきのビデオは実際の何倍速ぐらいなのか?」とか「これは体の中で1秒間に何回ぐらい起こっているのか?」とかいう予期しない質問が出てきました。映像の伝える力があまりにも強いために、あたかも自分の体の中の実際をそのまま拡大したものであるかの様な錯覚(というか実感)で捉えられてしまったのです。結局、思考回路を整理できないまま「いや、このビデオはコンセプトを伝えるものであって、実際に起こっている物理的な現象とは少し違って・・・その辺りを定量的に測定するのは結構難しくて・・・」と、ごにょごにょお茶を濁してしまいました。科学者相手であってさえ(あるいは科学者相手だったからこそ?)、「分かりやすさ」と「正確さ」の両立がいかに難しいかということを、改めて実感させられました。

私自身は、結局最後まで「ヒッグス粒子」についてはあまり理解できませんでしたが、それでも、子どもの頃に科学雑誌などを読んで感じた「何かよく分からないけどすごいな」という感覚を新鮮に思い出させてくれましたし、他分野の科学者と同じ目線・同じ言葉でじっくりと議論できた、ということ自体とても良い経験でした。

新学術領域研究では「国民との科学・技術対話」というものが重要視され、いわゆるアウトリーチ活動が強く推奨されています。そろそろ最終年度を迎える本領域も、研究成果、いや、「非コードRNA研究の面白さ」をどうやって伝えていくかを本気で考えないといけないな、と感じる今日この頃です。

東大・分生研  泊

日本語のレビュー

　このところ某実験医学の特集号の原稿にかかりっきりでなかなかまとまった時間が取れず、久しぶりに当ブログを見に来て、もしかしたら領域代表ほか班員の皆様の新年のご挨拶とかあったりして、という淡い期待は、、、いや。いいんです。やはり皆さんお忙しいですし。ブログ書いてる暇あったら実験せいー実験！！というのが一般論だと思いますし、実験屋はやはりベンチで手を動かしてなんぼの職業ですから。

　そういう意味では、かつてもここでちょっと触れましたが、いわゆる日本語のレビューも、同じような扱いを受けているような気がします。正直言いますと、大学院生の頃、この手の原稿を書いている研究者をネガティブな印象で見ていたところがあったような気がします。サイエンスの舞台は世界じゃろうが。日本人しか読めない、しかも査読も無い原稿書いて何が嬉しいんだろ。そもそも、業界トップの人ってこういうの書かないし。時間の無駄無駄、実験しよ！！！、と。そのくせ、友人やら後輩やらが書いた原稿が載っている号がピカピカ店頭に並んでいるのを見ると、なんだか面白くないような気持ちになって、ますます先鋭化して、ひたすら世の中との関わりを立って実験に没頭しようとしている自分に酔っている状態、へと突き進む、、、とここまでいくと、立派な危険領域です。

　日本語のレビューは、というか英語であろうがエスペラントであろうが、ピアレビューを経ない論文は「業績」欄にカウントされないと思うのですが、また当然そうあるべきだと思うのですが、科学者がいわゆる「業績」とは無関係の活動を全くしてはいけないのか、というと、それはそうでもないのかな、という気もします。このごろは大学とは縁遠くなってしまったので大学生協の本屋の平積みの現況がどうなっているのか知らないのですが、ちょっと背伸びをしたい新入生の学生さん向けの『自由からの逃走』や『夜と霧』が並んでいる教養書の隣の生命科学のコーナーではきまって日高さん著の『ソロモンの指輪』、岡田先生著の『細胞の社会』、新しどころでは某Y御大、柳田さん著の『DNA学のすすめ』みたいな本が並んでいたような気がします。日高先生のサイエンティフィックなお仕事は恥ずかしながら知らないのですが、訳本のほうが有名、という気がしますが、よしんばそうであったとしても、当時の僕にとってはヒーローであったですし、それは今でも変わりません。

　僕自身が中学生や高校生、学部時代に心引かれた著者物を書かれていた先生は、執筆当時引退間際の大先生だった訳ではなく、４０代から５０代、バキバキに脂ののった現役の先生だったはずです。今の学生さんが心躍らせるような書物はあるのでしょうか？もし無いのだとしたら、相変わらず古典しか無いとしたら、それは間違いなく僕らの世代が語りたくて仕方が無い事をアカデミック以外の場で語ることをサボったからにほかならないかと。そう思ったりもします。

話が散漫になってしまいましたが、ちょっと後ろめたい気持ちで日本語のレビューを読む事は無いし、ちょっと後ろめたい気持ちで日本語のレビューを書くこともなかろうかと。せっかく先人の驚異的な努力で母国語を使ってサイエンスを語れる幸せな環境を作ってもらったのだから、それを素直に享受しても罰は当たらないと。でもそろそろベンチに戻らないと、、、

中川

進化のスナップショット

いつの間にか年が明けてしまいました。というか確信犯で年末年始はベンチから離れていたのですが、いい加減に始動しないと永遠に冬眠してしまいそうなので、そろそろエンジン全開したいと思います。

さすが一億総ブロガーのお国柄、安倍首相もFacebookを始められたらしいですが、当新学術領域も、キリッと、リアルタイムで活動報告をしていきます！というわけで班員の皆様、報告してください。まずは領域代表から一言。。。



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ということで、次の話題は、進化のスナップショット、というちょっと背伸びしたお題です。次世代シークエンサーは今世代シークエンサーという名言を残してサイバー空間から消えてしまった某K君の予言通り、昨年２０１２年はRを駆使した統計データがばんばん誌上を賑やかに飾っていましたが、今年２０１３年、Twitter上の噂によれば１９８７年以来２６年ぶりに全ての数字が違う年だそうですが（来年もそうですが）、今年もますます今世代シークエンサーは当たり前の技術として世の隅々まで浸透してゆくことになるのでしょうか。

　時代についていくのは大変ですし、いい年をしたおっさんがちょっと遅れて必死についていこうとするのも若者言葉を必死で真似するみたいでみっともないところもあるのかもしれませんが、泰然自若と構えられるほど僕自身は大物ではないので、最近必死にこの手の話題にかじりつこうとしている次第です。とはいえ、コンピュータと向かい合う時間が多いのはまずい。まずい。非常にまずい。とにかく誘惑が多い。ベンチで禁欲的な生活を送っていた研究者にとって、外の世界とつながる事ができるコンピューターは息抜きという感覚が残っていて、ついつい、ダウンロードやアップロードがちんたらしているとYahooのニュースサイトや名人戦速報サイトに行ってしまうのですね。かつて修学旅行のときに家にテレビがない友人はかじりつくように必死にテレビにしがみついていたのと、そして家にテレビがある普通の中学生はなんとか番組が見れるようにいわゆる有料放送の１００円玉投入口に必死に針金を突っ込んでいたのと（フロントに止められていますって）、レベルが変わりません。なんて思っていたら、うちの所長が特別講演でおっしゃっていました。
「プライベートは大切に。」
「ラボでは真剣に。」
「ラボでは新聞を読むな。窓際族になるな。」

うーむ。反省。反省。息抜きは程々に。

ともあれ、まだまだ自分で解析をする事などは出来ませんが、public databaseに落ちているどのファイルをどのアプリケーションで開くかぐらいは、なんとなく分かってきました。千里の道も一歩から。拡張子というのはベンチで禁欲的な生活を送っていたペキン原人にとってかなりハードルの高い概念で、jpgとかtiffとか中身はブラックボックスでもいちおう使っているわけですが、同様にbamとかbedとか、中身は良く分からないですけど、あ、開いた！というだけで嬉しいものです（レベル低すぎ）。

話を元に戻すと、ようやく、自分自身のプロジェクトのDeep-seqのデータが帰ってきて、一応Viwerで見れるフォーマットのファイルまで作ってくれていたのでつらつら見ていたのですが、自分のデータとは別のレベルで面白い！

え、こんなところが転写されているの？なんだ、ただのリピートか。あれっ？これは新しいUTRか。おっ、新しいlncRNA見っけ。

というような驚きがばんばんあるものなのですね。その多くは、つまらないartifactだったり既に報告されていたりするものだったり今更言うまでもない周知の事実だったりするとは思うのですが、IGVビューアでファイルを開くだけで、ちょっと大人の世界に入った気になった子供のような気分になってしまいました。

知る人ぞ知る、ミトコンドリアゲノムがホストのゲノムに飛び込んでいるという事実。それらの配列はなんとNumt (nuclear mitochondrial DNA) と言うらしいのですが（三島の細胞内共生の怪物M君情報ありがとうございます）、つらつらとChromosome1から必殺人力peak callアルゴリズムを走らせていると、突然アホみたいなピークが出てくることがあるのですね。ちなみにこれはpublic databaseで見る事の出来るマウスのMyo3aという遺伝子のイントロン部分なのですが、見事にイントロン部分にたくさんのリードが貼り付いています。これはこの部分が強烈に転写されている、というのではなく、RNAサンプルにたくさん含まれていたミトコンドリアRNA由来のリードが、全く同じ配列を持つこの部分に貼り付いている、ということなのでしょう。

種間の保存性を見てみると、すごく進化的に近いラットやヒトではこの挿入はありません。レトロトランスポゾンでは良くある話ですが。ニワトリにこの挿入があるのは何故？？か良くわかりませんが、まさに最近飛び込んだばっかり！というのは、そのような気がします。我々の細胞がミトコンドリアと共生をはじめたのは太古の昔ですが、いまだに遺伝子のやり取りがあるというのはちょっとした驚きでした。というわけで、これが進化のスナップショット！

ゲノムの解析というのは究極の考古学だと思うのですが、インディジョーンズでなくても、古代の出来事を身近に感じるのはとてもワクワクする事のような気がします。自分の仕事とは全然関係ないのですが、しばらくこの手の配列をブラウザで探してうっとりと眺めてしまいました。まずい。まずい。非常にまずい。やっぱりデスクに座っていると誘惑が多いです。

中川

第9回 Tokyo RNA Club 参加レポート

東京大学工学部鈴木研究室所属、修士1年の八代と申します。

先日、産業技術総合研究所、臨海副都心センターにて行われました「Tokyo RNA Club The 11th meeting」へ参加させていただきました。その際に感じたことなどを稚拙ながらまとめて、レポートとさせていただきたいと思います。

全体としては会場からのきれいな夜景と、発表や質疑応答する会場の方々の熱心な姿が強く印象に残っています。
発表の内容は、翻訳の制御やスプライシングなどの機構に関するもので、タンパク質の発現を操るための機構というのは細胞に沢山あって、ncRNA含めRNA分子という視点はそれと密接に関連しているのかな…（と、今内容の復習をしながら漠然と)思いました。

個人的には、プロの研究者の方々の発表を聴く機会は多くなく貴重な機会ですが、実験と結果を追う事に精一杯になってしまいつい頭の中が辞書的になりがちであったことが、思い返すと反省されます。日頃からもっと勉強したり考える工夫をしたりしていれば、研究を行った人が実際にその発表をしているという場で、より立体的に感じ興奮することが出来るのではないだろうか…などと想像して楽しみにしながら、これからも日々努力したいです。またこういったモチベーションを得る機会のあることに本当に感謝したいと思います。

八代


はじめまして、東京大学工学部鈴木研究室M1の平田と申します。（同期の八代さんにまき込まれ）先日のTokyo RNA clubの感想を書かせていただきます。
と言いましても、実験の都合で実際に聞くことができたのはコーヒーブレイク後の2題だけですし、時間も空いてしまい細かいところまで思い出せないため、発表に対する感想というよりはミーティング後に薄ぼんやりと考えたことを書くことにします。

端的にいえば、英語！！！ですね。この世界で生きていくには、やはり英語が話せないというのは不利、どころか致命的なんだなーと感じました。
正直に言いますと、今回聞いていてもよくわからないところが結構ありました。発表も質問もそれに対する回答もすべて英語。英語が話せなければあの中に入っていくこともできないんだと愕然としました。
自分があんな風に英語でディスカッションしている姿なんて今のところ想像もできませんが、できれば世界はずっと広がるでしょうし、なにより将来に関していろいろと決めかねている現状で、英語ができないという点だけで道を狭めたくはありません。
年末年始を利用して、実家でぬくぬく考えてみようかとか思っています。

少し論点のずれた感想ではありましたが、これにて終わらせていただきます。
またこのような機会がありましたらぜひお邪魔させていただきたいです。今度は懇親会にも。。

平田

お金があるのに使えない

大学や研究所で研究をしていると、お金があるのに使えないという状況に良く遭遇します。有名なのは年度末の使用制限。ひどい場合は１２月までに、多くの場合は１月までに使い切ってくださいというお達しが来ます。はいはいわかりました、と、何かを買った事にして、業者に預け金としてプールする、というのが、前世紀の悪習であったのではないでしょうか。変なルールに悪い慣習、これがセットでなんとか回っていたと。「越後屋、お前もワルよのー」みたいな世界です。

でも、自然に考えれば、不正経理も無くして、変なルールも変えれば、それこそ何の問題も無い訳です。昨今では不正経理に関する罰則も厳しくなりましたし、研究者サイドも努力して不正経理はやめようと言う流れになっていると思います。誰だって後ろめたい事はしたくありませんし、建前と実体が離れているのは気持ちの悪いものです。

あとは変なルールさえ変わってくれれば、、と常々思っていたのですが、総務省の方から、パブリックコメントを募集しているようです。リンクはこちら。

・１月中に使い切れと言われていて、研究計画の実施に支障が出ている。
・学会発表の出張のついでに自費で共同研究者の研究室を訪問しようとしたら、学会発表とは用務が違うという理由で帰りの飛行機代も自費で払うように言われた。
・二つの科研費に密接に関わるプロジェクトの成果発表をするために出張費を合算で請求しようとしたが出来なかった。
・ネットショップで見つけた最安値の業者に発注してくれと契約課に頼んだけれども、指定業者でないからそれは出来ないと言われた。

みたいな例はたくさんあると思います。実際に困った事がある方は、コメントを寄せれば、変なルールが無くなってくれるかもしれません。逆に言えば、こういう機会に声を上げなければ、あ、そう、別に困っていないのね、ということになってしまうかもしれません。

お役所からこういうアクションがあるのを見ていると、世の中は、動いているな、というのを感じます。

中川

最近の若いもんは

「最近の若いもんは」、というのはメソポタミアの時代からある決まり文句で、熱意が無い、夢が無い、視野が狭い、努力が足りない、遊びも足りない、、、、、（以下略）の枕詞としてはおそらく最古の歴史を誇っていると思います。なにせ文明の始まりとともに生まれた言葉ですから、いくばくかの真実を含んでいるに違いなく、もしかすると人は年をとればとるほど夢が広がって（人によってはありそうな話です）、視野が広くなって（これはそうかもしれません）、努力をするようになって（そういう人も中には、、）、先輩へ敬意を示すようになって（先輩はもう鬼籍に入っているかもしれませんが）、遊ぶようになって（それはそうかも）、、、ということなのかもしれません。何だそうだったのか。納得。

冗談はさておき、「若い人」がとかく話題になりがちなのは、期待の裏返しであることは間違いありません。とんだおせっかい、という気もしますが、お節介には負けん気で対抗するのも大事なような気がします。僕が学生時代のころを振り返ってみると、独特の皮肉で学生の自尊心をチクッと刺激することにかけては一級品だった某Y御大の授業でだいぶこれをやられ、何クソとムキになって勉強したのをよく覚えています。
「君らは大学が勉強をするところとか思っていないんでしょ」
「まあ最近は大学が研究をするところでもなくなってきてるかも知れないしね」
「君らんなかで必須アミノ酸の構造式かけるひとなんているのかね」
「最近の学生は質問しないからね」
「、、、」
１０分に一回ぐらいこれですから。毎週金曜日の２コマ目（だったかな）のあとはアドレナリン全開です。あまりにムカムカしてきて気持ちを静めるために授業が終わるやいなや大文字山を駆け上がって頭を冷やしたこともあった、、、いやこれは大げさか。

期待されているうちが華とは良く言ったもので、中堅の研究者になるとデフォルトでは注目度ゼロになってしまいますから、そういう意味では文句を言われようが何しようが、気にかけてもらえるのは若者の特権であるような気がします。

分子生物学会でも、その後のTokyo RNA Clubでもたくさんの若い人を見かけました。若い人にはある日突然人生が変わるような出会いやチャンスがたくさんあるはずです。そのチャンスを絶対に逃さない、という気持ちで日々頑張りたいものです。僕もまだ若い、、、つもりですので。

中川

ゴッドファーザー

おかげさまで無事にエピジェネティックスのシンポジウムが終わりました。

無事に？？？

果たして無事だったのかどうか分かりませんが、開始五分前になっても最初の講演者の笹井さんが現れなかったり（直前のランチョンセミナーで話されていたのです）、笹井さんの話の途中に「現在予備電源で稼働しています」という警告が出てスタッフ大慌てになったり（それでも瞬時に対応をされて何も無かったかのように話を続けておられた笹井さんはさすがです）、プログラムを良く見たら５分と伝えていた僕のイントロがなぜか４０分もあることになっていたり（日程表の最終チェックが甘かったです。他会場と往復されていた方々には大変ご迷惑をおかけしました）、Cremerさんだとおもって握手したらSolterさんだったり、、、

いつもいつも、もっとしっかり準備しようと思いながら、なにかしら抜けていて反省する事しきりなのですが、あこがれのCremerさんの話もじっくり聞けたし、個人的にはとても楽しむ事が出来ました。あこがれなのに顔を知らなかったのか、というツッコミはおいておいてください。論文には顔写真はのっていませんから。

シンポジウムの後での打ち上げには泊さんたちのワークショップのゲストも合流して、海外ゲスト６人。たぶん彼らは絶対に二度と行く事が無いような普通の居酒屋に行ったのですが、全ての海外ゲストがnon-USAであることにふと気づきました。良く思うのですが、英語がネイティブの人と話をしていると、英語は聞き取りやすいし、向こうがこちらの意をくんでくれたりしてなんだかとても話しやすいのですが、非英語圏の方々と話をするときは、なかなかそうはいきません。ともすると半分も聞き取れませんし、僕が言いたい事も１、２割しか伝わっていないと思うのですが、実に不思議な事に、会話自体はネイティブの人と話しているのと同じぐらい（もしかするとそれ以上に）成り立っていることが多いような気がします。お互い言葉に詰まりながら、手探りで一つ一つ会話を紡いでゆく。話をしたい人と話が出来る。普通だったら絶対に話が出来ない人と話が出来る。学会というのはやはり良いものだなあとつくづく思いました。

ホテルに帰る道すがらCremerさんに、そういえばCremer&Cremerの論文があるみたいですがあれは、、、と聞いてみたところ。

「そうそう、あれは僕のBrotherでね。サイエンスはファミリービジネスでね。両親も研究者でね。でも分野は違うんだけどね。ファミリーって言ってもマフィアじゃないけどね。はっはっ。」

とのことでした。心の中でそっとゴッドファーザー、とささやいて、お分かれいたしました。

中川