ncRNAネイティブ

分子生物学会のシンポジウムはおかげさまで盛況のうちに終了することが出来ました。
長鎖ノンコーディングRNAがらみのシンポジウムは最終日の午後だったこともあり、どれぐらい人が集まるか心配だったのですが、予想外、のたくさん方々に足を運んでいただいて、正直ビックリしました。特に海外スピーカーの方のネームバリューというのがかなり大きかったのかなと思いますが、生マティックさん見れると思ってきたのにいないじゃねーかよー、別枠すっぽかしてきたのにどーしてくれんだよー、という不満の声もちらほらと聞こえてきましたが、Mattick研のバイオインフォを一手に行き受けてきたDingerさんが来てくれたということで、ご勘弁を。実際、レビューばっかり書いているけどあの人誰？、という失礼な印象をもたれがちなMattickさんのところからばんばんオリジナル論文が出始めたのは、彼が加入してからのような気がします。

リッキー黒川さんがいみじくも最後の締めでまとめておられましたが、長鎖ノンコーディングRNAの面白い特色の一つは、様々なバックグラウンドを持った人たちが集まってきてああでもないこうでもない、とやっているところのような気がします。ちなみに学会のシンポジウムのclosing remarkというのはほとんどの場合わらわらと席を立つ人が多く、なんとも落ち着かない雰囲気になるのが常なのですが、さすがは黒川さん。骨太の締めの言葉にほとんどの人が耳を傾けてました。このあたりの貫禄というのはなかなか身につけようと思っても身につかないですね。

様々なバックグラウンドは全くその通りで、それぞれの人にこの分野に入ったきっかけというのをお伺いして、結構興味深かったです。Dingerさんは、なんと古細菌の生化学がオリジン。全然バイオインフォじゃありません。ニュージーランド出身の彼は、大学院時代は地元の海の鉱泉にすまう古細菌の研究をしていて、進化に興味があって、おとなりはオーストラリアのMattick研に飛び込んだとか。Mattickさんはイントロンの研究をしていて、イントロンが捨てられてしまう、というのが気に食わなかったとか。それでタンパク質をコードしない領域に目が向いていったそうです。Kanduriさんはクロマチンの研究。太田さんはDNA修復。黒川さんは転写。廣瀬さんはじつはいろいろ隠れた過去が、、、あるわけではありませんがRNAプロセシングのin vitroの系の研究。僕はニワトリ屋。そもそも研究分野としてもかなり新しいのでまったくもってその道の専門家、というのは居ないわけですし、だれでもそこに飛び込んでいけるというのが魅力の一つなのかな、という気もしています。誰も母国語を話していない国で研究している感じです。

とはいえ、これからはノンコーディングRNAネイティブ、の人たちがどんどん入ってくるのでしょう。個人的には、John RInnさんやHoward Changさんたちは、ncRNAネイティブ、というような気がします。古くさい常識にとらわれないあたり特に。若い学生さんたちの中にもすくすくと人材が育っていっていると思います。あと１０年ぐらいしたら、すっかりncRNAネイティブの人たちの時代になっているのかもしれません。

中川

第8回 Tokyo RNA Clubのレポートその2

「『I君、S君、早くアップしなさい。早くしないと領域代表に言いつけるぞお』って中川さんが書いてるよ」と領域代表のＴさん（注1）に言われ，小学生のような心を持つ僕（注2）は，脅しに震えて第8回Tokyo RNA Clubレポートを書くことにしました．

12月8日（木）に開催された第8回Tokyo RNA Clubは大盛況でした．"Tokyo" RNA Clubであるにもかかわらず，わざわざ京都からトークを聞きに来られた方もいると聞いてびっくりです．そろそろ，Japan RNA Clubと呼び名を格上げしてみてはどうでしょうか？　会場には熱気があふれ，人があふれ，コーヒーブレイクのコーヒーがあっという間になくなって，僕は飲みそびれました．無念です（注3）．

さてさて，脅されたもう一人＝岩崎君が各トークの内容をしっかりまとめてくれたので，僕はちょっと違う視点から今回のTRCをレビューしたいと思います．

今回のTRCはメインゲストの一人，David Bartelさんの講演で始まりました．実はトークの前に，僕と岩崎くん，中川さんは，BartelさんとガールフレンドのSabbyさんを交えて，5人でランチを食べに行ってきました．中川さんとBartelさんのlincRNA話に，論文誌のエディターをつとめるSabbyさんもいくつも質問を飛ばし，非常に盛り上がった結果，気づけば「トークの開始時刻に間に合わないんじゃ……？」という時間に．みんな小走りで会場に戻り，そのまますぐにBartelさんはトークを始めることになったのですが，そこはさすがのBartelさん．慌てて帰ってきたばかりなどとは微塵も感じさない発表なのでした（注4）．

学会で，セミナーで，あるいは授業で誰かの話を聞く時に，皆さんはどんなことを楽しみにしていますか？　こんなことを聞くと「トークの内容に決まってんだろ！」と怒られてしまいそうなのですが，僕はひそかに「どんなスライドなのか？」ということを楽しみにしています．スライドのデザインや構成には，発表者のパーソナリティがはっきりと浮かび上がると思っているからです．Bartelさんのスライドは，白背景に黒のゴシック体フォント（注5）という，パワーポイントのデフォルト設定でした．背景に写真や色をつけることもなく，タイトルもスライド上部に最大2行で書いているのみ．シンプルで奇をてらわないオーソドックスなデザインは，しかし，Bartelさんの研ぎ澄まされたロジックに呼応するものだったと思います．

そういえば，懇親会の場で学生に囲まれて質問攻めにあっていたBartelさんは，意外にも質問に流暢に答えていたわけではありませんでした．むしろ，自分の話を何度も途中で止め，考え込み，少しの沈黙の後に言い直す，という姿が印象的でした．1つ1つの論理的なつながりを考えながら，ゆっくりと言葉を紡ぐBartelさんの姿から，常にシンプルな答えを導こうとする強い意志を感じた第8回Tokyo RNA Clubなのでした．


佐々木

注1：ボス．無類の辛い物好き．
注2：東大・分生研の泊研究室で日夜，生体高分子とにらめっこしています．
注3：でも懇親会の料理は非常に豪華でした．満足です．
注4：しかも，始まるまでのわずかな時間にスライドを差し替えていました．
注5：たぶんHelveticaだったと思うのですが，自信はありません．

第8回 Tokyo RNA Clubのレポートその１

先日のTokyo RNA Club（12月8日）のレポートを仰せつかりました、分生研泊研のいわさきです。個人の独断と偏見が多少コンタミしているかと思いますがご了承ください。

まずはいわずと知れたRNAサイレンシング界の大御所David Bartelさんの発表がありました（僕から見ればボスのボスのボスにあたります）。彼の発表はDroshaがどのような基質特異性をもっているかの最新の知見を紹介されていたのですが、その手法がなんとも賢い。Droshaとその基質としていろんな種類のRNAを一気に混ぜ、反応させます。その後に反応が上手く進んだRNAだけをシーケンス出来る様な手法を用いて、もはやおなじみdeep sequencerでババッと読んでしまう。そうするとDroshaで上手く反応が進んだ基質の特徴がわかるという寸法です。生化学とインフォマティクスの美しい組み合わせ。うーんカッコイイです。

２番目の発表は菅先生です。環状人工ペプチドを合成させる人工翻訳系を駆使し、特定のタンパク質に強く結合する環状ペプチドをスクリーニングする仕事とその応用例に関しての仕事です。これまた圧倒的な仕事の数々。もうこれだったら、どんなタンパク質に対しても阻害剤、薬剤が作れちゃうじゃん、とわくわくしてしまいます。特に僕個人が感動したのは、目指す「系」を構築するのに10年かかった、という話です。そこの10年があったからこそ今のものすごい成果があるわけだと思いますが、もし自分だったらそのような忍耐と信念をもって研究できるか、ということを思うと頭が下がりっぱなしです。うーん、カッコイイですね。

3人目は東大宮園研の鈴木さんです。ヌクレアーゼの一種であるMCPIP1というタンパク質がpre-miRNAのループ部分を分解することでmiRNAの生合成を負に制御するというお話を発表されていました。（詳細は最近Mol Cellに発表されています。）これまでもいつくかのRNA結合タンパク質が直接miRNAの前駆体に結合し、miRNAの生合成を阻害したり促進したりという例は知られているので、MCPIP1のように今後もたくさん見つかるのではないかなと、またそれらが疾患に関係づけられるのではないかなーと期待させていただける発表でした。

4人目は我らが研究室の岩川さんです。植物のmiRNAは当初標的RNAの切断しかしない、と思われてきました。しかしながら最近の研究によって動物の様に翻訳抑制も引き起こすのではないか、ということを示唆する報告がされています。それではそのメカニズムを研究してやろう、ということでmiRNAによる翻訳抑制を再現できるin vitro系を自分でつくって解析したというお話です。自分で系をつくって、自分で解析する、という言わば生化学の王道です。

5人目はValerio Orlandoさんです。ショウジョウバエやヒトでRNAサイレンシングは細胞質内で転写「後」に働くものである、というのは誰もが疑いない所となっていますが、酵母や植物で起こるように転写レベルも制御しうるのではないかというお話でした。確かに以前から、ショウジョウバエやヒトで転写レベルにサイレンシングが起こるということを支持する報告はいくつかあるのですが未だあまり市民権を得られていないなーというのが現状だったと思います。Valerio Orlandoさんの報告(最近Natureに発表されています)でさらにこのあたりの議論が活発なってくるのでしょう。

当研究室佐々木氏が「いわさきくんが真面目なことを書くなら、僕はちょっと違った視点で書いてみるよ」とのことなので、そちらの方もご覧になっていただければと思います。（近日アップ予定？）

いわさき

班会議

九州大学の佐渡さんのところで仕事をしております坂口と申します。X染色体不活性化の分子機構を解明することを目標に仕事をしております。このブログに文章を投稿することになりまして，今度とも宜しくお願いします。
平成23年11月25日―26日に東京大学で班会議があり，昨年（2010）に引き続き出席させていただきました。偉い先生方がお越しになられていましたが，とてもフランクな雰囲気の中で執り行なわれて，大きな学会には無いものでした。
一日目；武田先端知ビルというところが会場でした。発表が始まると，なぜか同じスライドが左右2つ並んで投影してあり，右のスクリーンを見ながら説明を聞いていても，レーザーポインターで示してくれない。で，ふと左のスクリーンに目をやると，ポインターがせわしなく動いていてそれに気づくまで数分間。当然発表者はどちらかにだけしかレーザーポインターをあてられないですが，発表者によって左か右かが変わるので，どっちを見なくてはならないのか，始めの一歩が肝心でした。そして，座長が佐渡さんに代わり，ある発表が終わったあと，数秒間の沈黙。あれ？座長は？と思った瞬間，佐渡さんが慌てて壇上へ。久しぶりに慌てる姿を見ました。続いてポスター発表。non coding RNAのテーマとはちょっとずれた研究内容について発表させていただきました。興味を示してくれた人に感謝です。一日目の終わりの懇親会。お酒が入りながらのポスターの説明は，シラフの時でさえまともな日本語をしゃべれないので更に拍車がかかり，何を言っているのか自分でもよくわからなくなり，今後の課題としようと思いました。懇親会後は，東大の中の洒落たBARと学外の居酒屋に行きまして，普段なら朝4－5時までのところ，佐渡さん，N山さん，Deレックさん，ジンムさんが次の日に発表ということで，おとなしく12時にお開きとしました。
二日目；きれいな銀杏並木を見ながら会場である工学部の講堂へ向かいます。講堂へ入ってスクリーンを見ると今日は1つ。これなら惑わされなくて済みます。発表は滞りなく進行し，時間はプログラムどおり，ほぼ定刻。会議終了後は，飲み会に誘っていただき，これからという時に，飛行機の時間の関係で18時半においとましました。
今回が2回目の班会議出席ですが，昨年同様non coding RNAの分野は現在とても熱く，そしてこれからもっと熱くなるのは間違いなく，時代の流れに乗り遅れないようにしなくては，と思いました。
来年は佐渡さんが世話役とのこと，サポートがんばります。

9th Tokyo RNA club

第8回 Tokyo RNA Clubの熱気もさめやらぬまま、来週月曜日（12月12日）は第9回 Tokyo RNA Clubが開催されます。第8回のレポートは近日中にアップされるはずです。というかI君、S君、早くアップしなさい。早くしないと領域代表に言いつけるぞお、と小学生みたいな脅しをかけときます。

今回はChandra Kanduriさんの紹介です。

長鎖ノンコーディングRNAの生理機能として最も良く調べられているのは、エピジェネティックな発現制御に関わる一群の遺伝子でしょう。この研究分野のさきがけとなったのはX染色体の不活性化を制御するXistで、これはもう超有名なスーパースター、印籠を見せるだけで人々がひれ伏す水戸のご老公なのですが、助さん格さんなみに有名なのが、インプリンティング領域から転写されている長鎖ノンコーディングRNA、AirnとKncq1ot1です。

母方のゲノムと父方のゲノムで遺伝子の発現が違う、いわゆるインプリンティングを受ける遺伝子座は現在マウスで100ぐらいが知られていますが、興味深い事に、そのような領域ではしばしば長鎖ノンコーディングRNAが転写されています。AirnはII型のIGF受容体のアンチセンスRNAとして、Kcnq1ot1は電位依存性KチャネルのアンチセンスRNAとして、それぞれ同定されていますが、どちらもその領域の母方、もしくは父方ゲノム特異的な遺伝子発現を制御しています。KanduriさんはKncq1ot1遺伝子についてこれまで詳細な解析をしてきており、レポーターのベクターを用いてインプリンティングに必要なドメインを同定してきたり、そのノックアウトマウスを使った解析をしてきたり、最近ではKncq1ot1がクロマチン制御因子であるG9aやPRC2と相互作用していることを示したり、と、まさにKncq1ot1とともに歩んできた、方であります。長鎖ノンコーディングRNAはクロマチン制御因子をゲノムに呼び込むことで遺伝子発現制御をしているーこの考え方は最近広く受け入れられつつあると思うのですが、そのアイデアの確立に、間違いなく大きな貢献をされたのが、Kanduriさんであるといって良いかと思います。

ちなみにKncq1ot1って、どう読むのでしょう。僕自身は「けーしーえぬきゅーわんおーてぃーわん」と言っていますが、見るからに舌をかみそうな名前ですよね。ところが不思議なもので、けーしーえぬきゅーわんおーてぃーわん、けーしーえぬきゅーわんおーてぃーわん、けーしーえぬきゅーわんおーてぃーわん、と念仏を唱えるように繰り返していると、いつの間にかこの名前がしっくりと来るようになるのです。九九を覚えるようなものですね。で、やっと覚えたこの名前、Kanduriさんが全然違う呼び方をしていたら、、、ちょっとショックです。

ちなみに、Kncq1ot1は転写産物が大事なのではなくて、その領域をRNA polymerase IIが走ることが大事だ、と言っている論文もあります。Kanduriさんらのノックアウトマウスを使った論文やクロマチン制御因子との相互作用を示した論文を真っ向から否定しているような論文ではありますが、実際のところ、転写産物そのものが大事なのか、転写されること自体が大切なのか、を見分けるのは非常に難しいことではあります。この論文では例のごとくRNA干渉を使ってKncq1ot1（ほら、すらっと言えたでしょう？）をノックダウンしているのですが、一体真実はどうなんでしょうか。Xistについても、これだけ論文が色々発表されているのに、まだ統一見解が出ていないところも色々とあるようです。学問とはかく奥深し、といったところでしょうか。

その他にも、第9回Tokyo RNA Clubには様々なゲストが来られます。小さなncRNA関係では、Elissa Leiさん、Isidore Rigoutsosさん、Markus Hafnerさん、と、あれっ？どこかで聞いたことのある名前だな、という方々がわんさかわんさか。国内からは東工大の相澤康則さんが来られます。懇親会もありますし、皆さんぜひお越し下さい。

中川

出張ダイエット失敗。

　先週、領域会議がありました。九州から久々に東京（地元）へ。そして約1 kg太りました。20代前半とは一線を画す基礎代謝の低下を感じる今日この頃、微々たる変化とはいえ侮ることはできません。そもそも出張すると普段とは寝食のリズムが多少変わるので、体重の増減（しかも1kg）など所詮誤差なのかもしれません。が、実験室を往復するのと出張、どちらの方が運動量が多いのか、に加え、ちょっとした心掛け次第で出張ってむしろ痩せられるんじゃないか、と気になってきたので、ゆるく振り返って考えてみます。

　一日目

　海外Q州から東京は遠く、飛行機での移動。フライトは8:00。福岡空港は市街地に本当に近いのでチャリで行く事が出来ます。（約25分の運動。）何だかんだで出発ギリギリの時間に保安検査所に行くと、そこは朝ラッシュによる長蛇の列。うっかり受付時間を過ぎたにもかかわらず運悪くCAさんに絶妙な放置プレイをかまされた結果、

「お客さまこちらです」という名目の300 mダッシュを要求される。ダッシュはラボではそうそうできる事ではないので、大変良い運動でした。

　当然朝ごはんなど食べてないわけですが、極度の飛行機恐怖症である私は登場と同時にすかさず発作発動。それにより食欲はほぼ0、空港で買ったスタバのラテしか飲めない。大変良い食事制限でした。

　無事東京につき、気付けば昼ということで、東大近辺のパスタ屋へ。ランチセットにはサラダが付いてきました。空腹時に糖度の高いものを食べると一気に血糖値が上がって何か良くないらしい、しかし、花田勝がちょっと前にテレビで言っていた「サラダとか野菜の後にメインディッシュを食べる、これで自分は痩せた」という言葉を頑なに信じる私はサラダを食べきった上でパスタへ。ここで食べ過ぎは禁物（というか発作の影響が残りまだ微妙に食欲なし）なのでお残しする（パスタさんごめんなさい）。というかそもそも一人前って普通の女子には量多いと思います。何はともあれgood jobな判断。

　その後会場に着くも、ミーティング開始まで約１時間の空きがあり、すかさず、東大内をうろうろする。約40分の散歩。

　そして、いよいよ班会議が始まり、色々なアツいお話が始まる。どんなに喋り手がうまくても発生させてしまうふとした聞き逃し、聞き間違いはするまいと、緊張感を持って集中。糖分消費＠脳。

　また、ポスター発表をきっかけに、brainstormingしていただいたり、motivateされたり、自分の説明下手さと圧倒的な勉強不足に凹んだり、他の人のポスターを見て励まされたり、わくわくしたりしました。糖分消費＠脳。

　ここまでとってみれば、体の運動量、メンタルおよび頭の運動量、摂取量ともに、ダイエッターの私には非常に素晴らしい内容が続いていました。

　明確な異変に気付いたのは、佐渡さんが座長をし始めた頃ぐらいのことでした。

　くしゃみが止まらない。

　最初は、普段とはちがうホコリの存在するであろう環境に対して、軽いアレルギー性鼻炎反応が起こったものと思っていました（ネコ、ホコリに抗体有）。が、コレはちょっといつもとは違った頻度のくしゃみ。くしゃみってこんなに出るものなのか？そう言えばのども…痛いっていうんじゃないかコレは…、アレ、そう言えばなんかダるい気が…。

　というわけで風邪でした。

　もう体重どころじゃない。病弱な私にとって、風邪等の体調不良が起こった場合の対処は、すみやかに完治させるために寝食リズムを万全に整える方向にpriority siftすること。

　即ち、風邪からくる食欲不振への対抗策として、ごはんをしっかり食べる、が含まれるという悪夢のシチュエーション。

　絶望一直線と思いきや、しかし、素晴らしい事に、くしゃみは意外とカロリーを消費するのです（ってテレビで言っていた気がする）。google先生に聞くと、2~4 kcal/回はあるんじゃない？的な（不確かではある）検索結果が。と言う事で安く見積もってもかなりの運動をしたはず。牛乳が嫌いな私はもうくしゃみで肋骨折れるんじゃないか、と心配しましたが杞憂でなによりでした。（500 kcalの消費）

　さりとて、せっかくの会を風邪にかまけてぼんやり過ごしてはもったいない、と、ときどきこっそりホールで一人鼻をかみまくって休んだりしながら、楽しい懇親会をとても楽しく過ごし、二次会へ。東大のオシャレ・barは大変オシャレで、こんなん学内にあるなんて、やっぱ東大はすごいんだな…、と思いながら、N先生の絶妙な話さばき、つっこみを拝見したり、天皇陛下の先祖に近しいと思しき方に謁見したり、プラナリアは水が汚いと溶ける、というすばらしい情報を手に入れたり、大変楽しく（メンタルは）元気になれるような時間を過ごしました。しかし、風邪は一向に良くなるはずもなく、あえなく3次会は辞退。無念。

　さて、夕食のカロリーは、懇親会は揚げ物をやや控えたのでまぁまぁ抑えめな感じに。しかし、二次会で脂質分の高い豆類を食べ過ぎた気が。いやしかし酒にはつまみがどうしても欲しくなると思います。ビールとフレンチフライを過剰摂取してもまったく太る気配のない佐渡さんが激しくうらやましいです。

　

二日目

　風邪をひきずりつつ、引き続きアツいお話を聞く。糖分消費＠脳。

　昼食はあきらかに東大生以外の人だらけの食堂で赤門なるものを食す。風邪で味が分からない。しかし、トウガラシ的なものを感じたので、とりあえずカプサイシン的効果はあったものと信じる。

　のどがアカン感じになっていたので、常時のど飴を投入し続けた結果、200円くらいで袋いっぱい入っているのど飴を一日で完食。意外とすさまじいカロリー。コレはいけなかった。

　無事会は終わり、帰る前に飲み屋に誘っていただき、そこはかとなくカロリーは低いが栄養のありそうなものを食べつつ、田畑の手入れは重労働という話や、キャッチなタイトルで人を引き付ける事は生き抜く上でとても大切だと言う貴重なお話を聞く。

　そして、飛行機へ。

　いそいそとチャリをこいで帰宅（約30分の運動）。大変良い夜運動でした。

　反省すべきは、家に付いた後に食べた、持って行ったにも関わらず食べなかったおやつたちでしょうか。まぁでも風邪なので仕方ない。

　雑感を混ぜつつまとめてみると、

・出張すればそれなりにいつもより運動量が上がる気はする。

・しかし夜は飲むので、普段は気をつけている深夜の摂食行動に繋がり危険。

・原因は特定できないがとりあえず今回の出張では太った。

・ダイエット中に風邪をひいてはいけない。

・そもそも、普段ラボに居る時も、実験量ややり方次第で運動量は変わる。ベンチは座ってる事も多いが激しく動きまわる事も意外とある一方、出張先では移動の労力を除くと、目的地到着後は座って話を聞いている時間が割と長い。

　ということで、本題であっただろう、ラボに居るのと出張するのとどっちが痩せる要因が多いのかについては良くわかりませんでした。

　ちなみに、鼻水と帰ってきてから現れた咳の症状は若干長引き、居室の隣の人、向かい側の人、斜め前向かい側の人、二つ後ろの人が、のどの痛みを訴えたり、妙に咳込んだりしている気がするのですが、自意識過剰や被害妄想等は体に良くないし、一応謝罪もしたので、あまり気にしない事にします。私は元気です。

　なにはともあれ、班会議はinspireされる事が本当に多く、とても充実し、楽しい時を過ごす事が出来ました。こんな中学生みたいな感想書いていいのかと思いつつ、来年の会議もスムーズに運営されるよう、必要な場面でしっかり働こうと思います。

九大・生医研 D1 SKT