Post-Keystone Symposia (3)

年末年始の書類の山が片付きだんだんエンジンがかかって参りました。連日投稿です。班員の皆さん、こんな僕を、どうか自己紹介なり、他己紹介なり、仕事の紹介なり、愛犬と私とハンカチとかで中断してください。。。ここはなんていったって新学術領域公式ブログですから。寡占は許さじ！！そのうち領域代表から当新学術協賛のCDBミーティングのアナウンス、および効能書きがあるはずです。
さて、今回のKeystone meetingですが、本邦、いや、全銀河初の、長鎖ncRNAを主体とした国際ミーティングだった（主催者談）だったわけですが、全体的なコンセプトもしくはホットトピックを一言で表すとすれば、

Pervasive transcription

と、

Chromatin associated RNAs

でしょうか。

Pervasive transcriptionはまだ適切な邦語訳は無いと思うのですが、「ゲノムのあちこちからRNAが転写されている、それってもうダダ漏れ」、という状態を表す言葉です。「ダダ漏れ」というところがミソで、漏れているのは漏れているのですが、「噴射」している訳ではなく、あくまでも「漏れ」です。つまり、大まかなところでいえば、ごく一部の例外を除き、タンパク質をコードする遺伝子しかゲノムから転写（噴射）されていない。でも、あちこちから、いや、ほとんど全ての領域から液漏れ程度の転写は起きている、プロモーターやら機能的に重要なゲノムの領域の転写はもうダダ漏れ、という概念です。

これに関しては肉眼で星を見るのとハッブル望遠鏡で星を見るのとえらく夜空の風景が違うのと同様、新しい技術を使えばそれだけ細部まで細かく見えるようになる、というのとだいぶん事情は似ています。ハイビジョンになって細部が繊細に表現されるようになって、テレビ局のメイクの人の苦労がどれだけ増した事か。眼鏡の度を直して世の中がどれだけ変わった事か。左様。同窓会では眼鏡を外すべし。などと馬鹿なことを言っている場合ではないですが、一昔前までは細部はゲノムのコンタミかもしれないからパス、という考え方もあったと思うのですが、今回のミーティングではその考え方を口にする人はほとんどおらず、たとえ居たとしてもほとんど議論の対象とならず（本当は多いに議論すべきところだとは思いますが）、むしろ、この細部からの転写をとことん観察して何が分かるのか、というところを出発点にしようというのが共通認識だったと思います。もうそこは議論するのはやめようよ、と。

次のコンセプトはクロマチンと相互作用するncRNA。これはXistが嚆矢となって業界に普く広がった概念だと思うのですが、いわゆるアンチセンスの転写産物を中心として、様々なトピックが紹介されていました。右にならえでなんでもかんでも転写制御、エピジェネティックな発現制御に結びつけば大満足、そこで万事終了、なんて思考を停止してはいかんだろう、と思いつつも、これだけいろいろ証拠が揃ってくると、やはりこれは長鎖ncRNAのメジャーな機能の一つなのだろう、という思いを一層強く持ちました。特に、ちょっと昔に一悶着あった高等真核生物の核内でのsmall RNAの機能に関しては、核内Agoを筆頭に、しばしばいろいろなトークで耳にしました。
ゲノムからたくさんRNAが読まれているっていうのはもういいよね、それで多くのものがクロマチンの制御を介して遺伝子発現制御に関わっているみたいだね、というだけでしたら、何を今更、という感じですが、なぜ僕は「取り残される」という感覚を味わってしまったのでしょう？続きは有料サイトで。ではなくて、明日以降。

中川

Post-Keystone Symposia (2)

さて、今回のミーティングは、Kevin Morrisさんが言い出しっぺで、ちょっぴり権威付け？に長鎖ncRNAのオピニオンリーダーJohn Mattickさんと知る人ぞ知るアメリカンヒロインJeanne Leeさんを巻き込んで立ち上がった企画だったらしいのですが、おそらく、「小さなRNA」をメインテーマにしたのでは「ない」、初めてのncRNAに関する本格的な国際ミーティングだったのでは、と思います。できたてホヤホヤのミーティングの熱気は、「ホヤホヤ」なんて生易しいものではありませんでした。とにかく熱い。熱い。実に熱い。アッチッチ！！火傷しそうなぐらい熱気に包まれたポスターセッションが特に印象的だったのですが、参加人数からして規格外でした。企画当初は「１００人も集まればいいかのー、ほれ」みたいなノリだったそうですが、ちょっぴりサバを読んだミーティング開催のプロポーザルでの予定参加者は１５０人ぐらい。いざ申し込みを受付てみるとあれよあれよと言う間に会場のリミットの１８０人を軽くオーバー。折角の「最初」の長鎖ncRNAミーティング、申し込み時のアブストラクトでセレクションをかけるのはやめよう、というオーガーナイザー３人の強い意思のもと、来る者は拒まず、千客万来、お客様は神様です状態にしていたら、最終的には３００人ほどに膨れ上がってしまったそうです。キーストンの持ち味は親密なコミュニケーション。人数があんまり多くなるのは嬉しくないなあ、と、かなり早い段階で申し込みをしていた僕は持ち前の身勝手さを発揮して、神さまが見ていたら、これこれ、コツン、と頭を小突かれそうな疾しい心を持っていたのですが、いざフタを開けてみると、これが人数を全く感じさせない緊密さでした。公式参加者は300人。実際の参加者はみんなスキーに行っていたので50人。なんて事はありません。話をしたい人はすぐそこに見つかる。今は話をしているので近づけない。でも待っていれば自然とそういうチャンスも回ってくる。そういう時間がずっと続いていたような気がします。 肝心の内容に関しては、次回にします。 中川

Post-Keystone Symposia (1)

リアルタイムでミーティングの様子を伝えようとしていた目論見はものの見事に崩れ、気がつけば帰国してから２週間が経っています。ブログよりもTwitterの方がリアルタイムで物事が伝わるという理由が良くわかった気がします。まずそもそも部屋にネット環境が無かったし、コーヒーブレークはディスカッションやらなんやらと結構忙しいので、ちょっとブログでも書こか、という感じでもないのですね。Twitterのハシュタグ#KSRNAはそれなりに色々な人がつけていたようです。ようです、というのは、現在そのタグが使えていないので、全体像が分からないのですが、Googleロボット恐るべし、色々な記事を拾ってくれます。結構突っ込んだ内容も書かれているので、それを知ったどこかのお偉いさんが「ゴラー、これclosed meetingって言ってただろがー。どないしてくれるんじゃー」と、怒鳴り込んでタグ消滅、となったのでしょうか。ポジコンとして他のタグは使えるようなので、何かしら事情があったのか、それともそもそも期間限定だったのか、良くわかりませんが、試みとしては面白かったと思います。情報管理の考え方は世代間でいろいろ異なっていて、ちょっと昔だと情報漏洩するからよそのラボの人と仕事の話はするな、しても論文掲載が決まった話しかするな、とかおっしゃられる方もいたとかいないとか、個人的にはその感覚は信じられませんが、今でもそういう考え方の人はいるのかもしれません。この辺りかなり個人差があるところでしょう。ただ、これだけTwitterなりブログなりが発達してくると、情報というのは漏れるものだと。情報が漏れて困る、漏れないことを前提として始めて成り立つような仕事は、そもそも成り立たなくなると。そういった時代がくるような気はします。事の是非はともかくとして、時代というのは急速に変わるものですし、敢えて取り残されるのを良しとして取り残されるのは構いませんが、取り残されることに自虐的喜びを感じるというのは全然構いませんが、自虐的喜びその他諸々の事情を鑑みて携帯電話をいまだに持っていないのですが、取り残されるつもりは無かったのに取り残されてしまうというのは、ちょっと勘弁願いたいです。
さて、今回のKeystone Meeting。この、「取り残される」という感覚をひしひしと感じて帰国して参りました。これはヤバいぞと。気合いを入れて仕事をしようと。気合いを入れすぎて先週なぞ２０年ぶりぐらいに徹夜で実験なんかしてしまいました。詳細は、次回に。

中川

ーー
ちなみにこのブログの投稿メニューがリニューアルされたのですが、これまた使いにくい。拙速である。再考すべきである。とか言ってると時代の変化についていけず文句だけたれているなんたら新聞になってしまうので、この変化に柔軟に対応して、リニューアルした人の意図を汲み取っていきたいものです。OSXが変わるたびにブツブツ文句をいいながらも、結局最新版が一番素晴らしいと思ってしまう。そう思わせるアップルはさすがです。

Kystone Symposia ncRNA

しばらくぶりに更新します。

色々と書き込みたいこともあったのですが、年度末というのは何かと忙しいものらしく、その忙しさのほとんどは各種提出書類からの現実逃避から来るらしいということも最近ようやく分かって来ました。無駄話はともかくとして、明日から、Keystone Symposia ncRNAが始まります。これまでもsmall ncRNAに関するまとまったミーティングは数多くあったと思うのですが、長鎖のncRNAの研究者がこれだけたくさん集うのは大変珍しいのではないかと。とても楽しみです。随時ここにも内容をアップしていきたいと思います。余裕があれば、、、

そもそもニュースレターを作らずにブログで新学術の研究成果や諸活動を発信しようということになったきっかけは、お金がなかったからというのも勿論そうなのですが、ブログという媒体の即時性、といいますか、今そこで現場で起きている生の声が伝えられればそれはかなり面白いことになるのではないのか、ということでした。ニュースレターですと、例えば班会議があっても実際の記事が出るのは半年後だったり。それはそれで振り返ってみる楽しみが出来るという意味では良いのですが、情報は早ければ早いほど面白いというのも、それもまた事実です。

ただ、そういう観点から言うと、ブログというのはかなり古くさい媒体になって来てしまったようです。かつてはメーリングリストで白熱した議論が起きた時代もありました。東大のいとけいさんが始めたショウジョウバエの研究者の間のJ Flyメーリングリストの伝説のトピック、lacZ抗体に関するやりとりは、若い学生さんなどはもう知らないひとのほうが多いかもしれません。今ではブログを経て、TwitterやFacebookなどによって人のつながりや情報のやり取りがなされることが多いようです。昨年の分子生物学会のジンクピリチオン祭りでも、Twitter上でリアルタイムでその流れを見ることが出来ました。

で、その流れはここにも来ているようで、キーストンncRNAのTwitterのはハッシュタグは#KSRNAだそうです。僕自身、ハッシュタグというものを良く理解していないのですが、まあ、そういうものがあって、事務局の方からもいろいろ情報を発信していくみたいです。興味のある方は覗いてみたら面白いかもしれません。

中川

カイコドラマチック(11)

寒いですね、こんにちは。最近ふんだりけったりの河岡です(みなまで書きませんが)。
中川さんのポストを見て、だいぶ前になぜか以下の文章を書いて投稿していなかったことを思い出しました。実はまだ続いている、カイコどらです。

今回は、「(トランスポゾンではない)GFPに対するpiRNA依存的なサイレンシングが起こったBmN4細胞」に関する論文について、主にその研究の経緯について語ろうと思います(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22194309)。
もちろん、論文には、こういうことを狙って～、なんて書くわけですけど、その裏にはやはり、いろんな事情があるものです(自分で言うか)。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

piRNA経路は、動物の生殖巣におけるトランスポゾンサイレンシング機構の中核をなす経路であると考えられています。そこでひとつ、シンプルな疑問が生まれます。
piRNA経路は、どのようにして、トランスポゾンをやっつけるべきものだ、と認識できるのでしょうか？ここで言う「認識」、とは、「やっつけるべき配列に相補的であるpiRNAが(選択的に)産生される」ことです。
このことは、piRNAに関するレビューでもたまに記述されており、生物学的に結構面白い疑問だと思います。

僕は学部4年生の頃から、カイコの研究者が集まる蚕糸学会、という学会に参加しています。あるとき、長野で行われた蚕糸学会で発表を聞いていると、おなじみBmN4細胞を用いた新しいトランスジェニックライン作出法に関する面白い発表をされている方がいました。
発表では、GFPと薬剤耐性遺伝子を含むトランスジーンをBmN4細胞のゲノムに飛ばし、薬剤選抜をかけることによって、GFPを安定的に発現するラインがとれた、ということが報告されていました。
その発表の途中で、「薬剤耐性なのだからトランスジーンを持っているはずなのに、GFPが光らない」ラインの存在についての言及がありました。

「あ、これは、何らかの理由でBmN4細胞のpiRNA経路がGFPを(トランスポゾンと勘違いして)抑制している結果なんだ」と思いました。

発表されていたのは山口大学/鳥取大学のグループの方で、ボス同士が知らない仲ではなかったこともあり、すぐにその細胞を利用した共同研究が始まりました。

彼らの実験で素晴らしかったのは、GFPが光っているラインとそうではないラインが両方、しかも複数あった、ということです。つまり、後者にあって前者にない特徴こそが、piRNA経路によるトランスポゾン認識機構の一端を担うはずです。

昆虫遺伝研究室助教の木内さんや泊研の小林さんの協力もあって実験はとんとん進み、8つあったトランスジェニックBmN4ラインのうち3ラインでGFPをやっつけるpiRNAが産生されるようになっていることが分かり、その理由が、GFPを含むトランスジーンがもともとpiRNAを産生する能力のあるゲノム領域(piRNAクラスタ)に挿入されたからである、ということが分かりました。何とみっつのラインで同じpiRNAクラスタへの挿入が認められたため、ねばっこい雰囲気、ということで、このクラスタを「とりもち」と名付けました。その他、「piggyTrap」とかいろいろ候補はあったのですが、和風がよかろう、ということで。

すなわち、ある配列がpiRNA経路による抑制を受けるための必要条件は、「その配列が内在性のpiRNAクラスタに挿入されること(+その領域からその配列が転写されること」である、ということが分かりました。さて、もっと細かく条件を知るには!?この実験系も、かなりいろんな展開が想像できる実験系ですね。我ながら、今後の展開が楽しみです。

このあいだの某学会に参加した方々からは、BmN4細胞を扱った研究がかなり市民権を得てきている、という嬉しい報告がありました。片手では数えられなくなってきているかな？という感じです。以後、自分たちはもちろんのこと、多くのグループからBmN4細胞をつかった論文が出るといいなあ、と思っています。そうであってこそ、自分はこの分野のプログレスに貢献したんだ、と胸をはって言えますから。

ネットが普及して自分の足で歩き回ることが少なくなってきた

とは、知人のカメラマンの言なのですが、灯台下暗し、ごくごく近所にずっと気になっていた探し物が井上陽水の歌のように見つかってしまったという彼のFacebookのstatusを見て、思わず反応してしまいました。

研究者なら自分の足で歩き回るのは当たり前、というのは理想ではありますが、往々にして自分の足で歩き回って道を見つけるよりは高速道路を使った方が遥かに早かったりします。たとえば、先人の方々が苦労して作り上げたり、一子相伝みたいにラボで引き継がれている技術は、それが汎用性の高いものである場合（つまりそれほど自慢するほどのものではないものの場合）、実はcommercialなもののほうがずっと優秀、ということは良くあります。「おまえキアゲン使っただろ。セシウム回せセシウム！！」というのはネットに転がっているOK野研の伝説の名文でありますが、いや、実際のところ、セシウム回すより、キアゲンのカラムの方が、便利で早くて、成績も良いことのほうが多いです。滅菌筒とフィルターを組み立ててオートクレーブして自分で調合した培地を濾過滅菌して、、、なんて手間のかかった培地よりも、トータルコストではそう変わらないpre-madeの培地で培養した細胞がピカピカ元気そうでいるのを見た時の気分をどう表現したら良いか、、、明治維新に蒸気機関車に遭遇した鞍馬天狗、みたいなものでしょうか。

高速道路は色々なところに転がっていて、たとえば文献検索（古くは黴臭い書庫での孫引き）であったり、たとえば相同分子のスクリーニング（古くはlow stringencyのハイブリダイゼーション）であったり、といったところでしたら、高速道路を使わない方がバカらしいとは思います。近頃ではallen brain atlasやら様々な公共データーベース上のRNAseqのデータやら、下手したらベンチに居なくても、いや、むしろそういうデーターをうまいこと使いこなし咀嚼する方がベンチに居るよりもよっぽどマシな成果が出るのではないかと思わせられるような道筋も整備されてきています。ただ、ネットはなんでも教えてくれますが、自分が何をやりたいのかは教えてくれません。データベースも、何でも教えてくれますが、配列でも何でも教えてくれますが、ものすごいhigh throughputでヒストンの修飾状態は教えてくれますが、どこに行ったら居心地が良いかということを教えてくれる訳ではありません。

行きたいところというのは子供の頃は月だったりアンドロメダ大星雲だったり、夢はあるけれどもそんなところ行ける訳ゃあないところで、ちょっと成長すると今度は妙に下世話になんかちょっとヤバい香りのする、行こうと言えば行けるけど全く以て夢の無いところになって、もうちょっと成長すると今度は、はてさてどこに行きたかったんだか、わからなくなって日常に忙殺されるようになってしまうのかもしれませんが、自分の足、つまりそれほど最先端でもなく分野横断的でもなくinnovativeでもない足で歩き回って、それでああここに来たかったのだな、という場所に到着したら、それはものすごく幸せなことなのではないかと。

ほとんど伏せ字にする意味のないO野さんのライフワークの一つが目出たく完結したという噂を耳にして、やはりここはひとつ、それがたとえあまり見込みの無い試みであっても、自分の足で歩き回りたくなってしまいました。といって、久方ぶりに普段やらないタイプの実験をするものだから、PCR産物をエタ沈するのに塩を入れるのを忘れて本日終了。兎角実験というのは前に進まないものです。そこに自虐的な喜びを感じる根性、お湯が出ないシャワーに自虐的な喜びを感じるネイビーブルーの根性を身につければ最強かなと。

次回は最近とっても気になった論文を紹介したいと思います。って、これって僕の個人的なブログではないので誰かレポートでも挟んでほしいのですが、近頃はミーティングも無いのでまさに冬の時代、なのでしょうか。

中川

豚に真珠とインパクトファクター

インパクトファクターという言葉が人口に膾炙するようになったのは一体いつ頃だったのでしょう。僕が大学院の、ちょうど博士課程に入った頃だったでしょうか。大変鼻息の荒い、もとい、熱血漢の助手の先生が、お前らこんなんあるの知ってるか？みたいな感じで、トムソン社による発生生物学関連の雑誌のインパクトファクター一覧をホワイトボードに貼っていたのを見たのが僕にとって始めてのインパクトファクターとの出会いだったような気がします。初めてそれを目にした時の印象は、なんと言いますか、その数年後に「痛みの単位はハナゲ」のチェーンメールを見た時とかなり近いものがあって、これは別に話をチャラかしている訳でも何でも無くて、なるほどそうか、こんな分かりやすい数値化が出来るのか、またそれが（冗談にせよ何にせよ）存外的を射ていて凄いな、というものでした。飛車が１０点、銀は６点、と、将棋の持ち駒に点数をつけて駒得・駒損という概念を非常に分かりやすい形で数値化したのは谷川浩司１７世名人の大きな功績と聞いていますが、もちろんプロ棋士はそんなことをしなくても駒の損得は感覚的に身に付いているわけで、素人にも分かりやすい数字という形で難しい概念を示した、というところに意味があるわけです。インパクトファクターしかり。当時の発生生物学の業界のランキングは、Genes & Developmentが一番、Developmentが二番、続いてDevelopmental Biologyだったでしょうか。個人的には二番目の方が一番目の雑誌よりもずっとクオリティーが高いと思っていたのでかなり憮然とした覚えがあるのですが、なんのことはない、たまたま僕自身の仕事が始めて掲載されたのがDevelopmentだったので、それが一番であってほしかったというだけで、そこは「うちの父ちゃんが一番偉いんだおー」、とか泣き叫んでる子供と変わりはありません。
　少し前にここでも話題にしたDGDなる雑誌。当時の順位や数字は覚えていないのですが、１０位とかだったでしょうか。ちょっと悔しいけれどもそんなものだろうな、と、これも納得のいく数字と評価だったような気がします。何となく研究の現場が分かるようになってきた大学院生が持っている体感と、おおかた一致した数字だった訳です。数字というのは面白いもので、じゃあDevelopment３本とGenes & Development２本と同じ価値か、だとか、DGDでも３本あればDevelopment１本の価値はあるか、なんて、無意味な、でもネタとしては結構面白い議論が始まったりする訳です。そこまで行くとかなり悪ノリに近いものがあると思うのですが、いずれにせよ、数字というものの持つ力は凄い。雑誌の存在価値という極めて取り扱いの難しい問題を、３歳の子供でも分かるように変えてしまう訳ですから。Natureさんがリンゴを２０コもってました。Developmentさんがリンゴを８コもってました。どっちがたくさんリンゴを持っていたでしょう、というようなものです。答えはー、ねーちゃんでーす。と、すぐに分かります。
　冗談はさておき、なんでこれだけインパクトファクターという数字が騒がれるのか、と考えてみると、意外と根は深いのではないかと思わざるを得ません。ちょっと発生生物学の分野に居て論文を読み込んでいけば同じようなインパクトファクターを持つDevelopmental Dynamics（桂馬）とMechanism of Development（香車）の色合いの違いは分かるでしょうし、それらの雑誌とDevelopment（角）やGenes & Development（飛車）の守備範囲が違うということもいわずもがなすぐに分かる訳ですが、つまり、場合によっては桂馬がなければ絶対に詰まない、俗にいう「桂馬Z」の状況があることも（DDの論文を参考にしたからこそ研究の大きな壁が突破できるという状況があることも）分かる訳ですが、それはやはり現場を知っているから、その分野に精通しているから分かる訳であって、ちょっと分野が離れてしまえば雑誌の価値や個性なんて全く分からなくなります。雑誌ですらそうですから、個々の論文に関してはますます分からない。生物系ならまだしも、、新潟県上空の雷雲からのガンマ線バーストの検出と、液体ヘリウム液面電子系における新規マイクロ波誘起磁気抵抗効果の発見の、どちらがどうすごくてどう価値があるかなんて、サッパリ分かりません。まさに豚に真珠です。ムリヤリ判断せい、ということになれば、自分の価値判断はちょっと向こうに置いといて、どの雑誌にその仕事が掲載されたかということで判断しようか、ということになってしまいます。これがPhysical GeographicsとMathmatical Condensed Matter に掲載されている、なんて言われたら、ますます判断に迷ってしまいます。これはもちろんフィクションです。そんな雑誌は存在しないわけですが（あったりして）、それすらも分からない。豚に真珠なんだか真珠にブタなんだか、もう訳が分かりません。
　結局のところ、数字というのは、価値観の丸投げなのかな、と思います。ただ、物事のある一面を切り取っているのは間違いないことなので、特に自分が知らない分野に関しては多いに参考にはなるはずです。一方で、PCRのサイクル数だけで遺伝子発現の絶対量が語れないのと同じで、結局のところそのものを深く調べていかなければ、実際のところは何も分からないし比較も出来ない。雑誌の価値も、論文の価値も分からない。ということになります。インパクトファクターで論文や仕事の価値を語ることは他人への無関心が生み出す悲しき所業に他ならないと思うのですが、独りよがりの価値判断よりも、数字を使った価値判断の方が学問的に見ても正しい判断になることが多かったりするのも、特に専門分野以外の領域ではそうなってしまうのが多いというのも、困ったことにこれまた事実でしょう。まあ、もしこれが悪いというのを強いて挙げるとすれば、単なる勉強不足でしょう。
　物事には両面性があるのは当たり前のことではありますが、このインパクトファクターという数字。とても厄介なシロモノです。日本分子生物学会はGenes to Cellsという雑誌を出していますが、これもいわゆる一つの高インパクトファクター雑誌ではないですし、これからもそうなることはないでしょう（とかいうと某編集幹事にしばかれそうですが）。でも、桂馬が飛車を目指さなくても良いとは思うのです。「桂馬Z」の状況では飛車を何枚持っていてもなんの意味もありませんから。将棋において駒の点数を知ることは大事です。でも、もっと大事なのはその駒の使い方を知ることのような気がします。とはいえ、やはり、やっぱり、インパクトファクターの高い雑誌を目指したいものです。その気持ちを無くしたら、俗物でなくなってしまいます。解脱してしまいます。僕自身、人生の折り返し地点は過ぎてしまったかもしれませんが、この齢で解脱したら、それはそれでかなりヤバいことになるのではないかと。俗物根性。これはなかなか馬鹿にならない人生のエネルギーですから。

中川