アシベを求めて（１）

リニューアルオープンするする言いながら、なかなかしない、するする詐欺になりつつありますが（まだ全然原稿依頼が出来ていない、、、）、新学術非コードRNA公式ブログ（書いててなんだか悲しくなってきますが）の最後はやはりこのネタでしめてみたいとおもいます。

じゃじゃーん（pdfリンク付き。クリックしても課金はされません）。

Formation of nuclear bodies by the lncRNA Gomafu-associating proteins Celf3 and SF1

この公式ブログ（…）を長らくご覧になっていた方は覚えておられますでしょうか。今を去る事約４年前。2010年10月。こんな記事を書きました。

「そのほかにもいろいろエピソードはあるのですが、長くなるのでこのあたりでやめておきます。ちなみに、例のライブラリー、他にも当たりがあるかとYHさんは残りのすべてを丁寧に見てくれたのですが、結局Xistが散るのはhnRNP U、たった一つでした。一発ツモで親マンひいたみたいなもんですから、そうそう幸運が続くわけもありません。とはいえ、実は他にもいろいろ面白い事が分かってきまして、続きは後日。この新学術が続いているうちにまた論文にまとめられればよいのですが。。。」

話を簡単にまとめますと、

↓新規ncRNAであるGomafuの相互作用タンパク質を取りたかった。

↓Gomafuの相互作用因子がとれたらアシベだね、とRNA学会の飲み会でK山氏の提案。

↓アシベをKDしたらGomafuの局在や発現量が変わるかも！

　2006年RNA若手の会の帰りのバスでK村宏さんからのアドバイス。

　（覚えておられないんだろうなあ、、、）

↓アシベ探しのためのカスタムsiRNAライブラリ発注。

　（僕とS根で発現量の多いRNA結合タンパク質を選び、siRNAを買えるだけ買った）

↓GomafuばっかりやっとったらあかんのちゃうというO野さんのアドバイス！

　（さきがけの領域会議かなんかのこれも帰りのバスだったような、、、）

↓アシベライブラリーをXist染色体局在化因子スクリーニングに転用することを決意。

　（はい。目的外使用です。文科省さんゴメンナサイ。）

↓Candidate molecule approach、筒井さんと筒井さんのアドバイスもあって

　hnRNP Uノックダウンで一発ツモ。

　（百年分の運とツキをここで使い果たす。）

↓で、このライブラリーはアシベライブラリーなんですけど、ということでHGWさん怒濤

　のスクリーニング（KD > RNA回収 > qPCR）。

↓ん！！Tnrc4/Celf3をノックダウンするとGomafuの量がめちゃくちゃ減る！！

２０１０年の３月のプログレスレポートの、qPCRの結果を確認したノザンブロット。きれいですね。

それまで、Gomafu相互作用因子としてスプライシング因子であるブランチ部位結合タンパク質SF1は同定されていたものの、アシベと名付けるのはさすがにはばかられていましたが、Tnrc4とかCelf3とかだったら、あんまり人口に膾炙しているわけではないし、Ashibe1とか名前つけちゃっても良いかも、、、などという不遜な考えに神の鉄槌が下ったのでしょうか。この発見はこの後、迷走に迷走を重ねる事になりました。

中川

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そう。RNA若手の会の帰りのバスで、何か良いことが起きるかも。今年は南紀白浜です。
http://www.phar.kindai.ac.jp/genome/RNAFrontierMeeting/