５年間のまとめーこれまでとこれから

長かったようで短かった５年間も終わろうとしています。この領域が立ち上がるか否か、最終ヒアリングに泊さんと影山さんが臨まれたのは、羽生ー郷田の名人戦第７局、フルセットの末に郷田さんが惜しくも破れた2009年６月末の頃のことでした。ちょうどそのときエピジェネティックスに関する内藤シンポジウムが札幌であり、たまたま佐渡さんと一緒だったのですが、「俺たちもうやる事ないもんね。祈るしかないよね。」ということで、まさに祈るような気持ちで、でも懇親会の飲み物はしっかりいただきながら、成り行きを見守っていたのを良く覚えています。

振り返ってみればこの５年間は、特に長鎖ncRNA研究に関して言えば、生まれたての赤ん坊がようやく一人で立ち上がって歩き始めるようになった、というような期間だったような気がします。勿論それまでもXistやroXなどの性染色体の遺伝子量補正を制御する長鎖ncRNAは存在していたわけですが、シークエンサーから次から次へと吐き出される大量の新規ncRNAの一体どれほどが機能しているかはさっぱり見当がつかず、そもそもただのゴミじゃないの？という懐疑的な見方が主流で、あまりにも冷たい周囲の方々の反応に、もうやめてやる、と泣き明かした日も良くありました（ちょっとブラック）。冗談はともあれ、小さなRNAがRNAサイレンシングという現象と対応がつけられ、Agoという生涯のパートナーを見つけていたのに比べれば、長鎖ncRNAの研究はまだまだ手探りだったと言わざるを得ません。

領域の立ち上がった2009年と言えば、ちょうど核内構造体パラスペックルが巨大な長鎖ncRNAであるNeat1が骨格となって作られているというマイルストーン的な発見が、現北大の廣瀬さんのラボを皮切りに世界の４つのラボからほぼ同時に報告された年でした。その後おなじく廣瀬さんの所からパラスペックル構成蛋白質の網羅的な同定、それらのいくつかはNeat1のアイソフォーム制御を通じてパラスペックル形成を制御しているという仕事が出たのは記憶に新しいところです。長鎖ncRNA単独で話をする時代から、ともに働くタンパク質を考慮する研究へ。XistやHOTAIRのようにエピジェネティックな発現制御に関わる長鎖ncRNAを研究している研究者の多くはセレンディピティに導かれクロマチン制御因子との関連に注目した研究を一斉に行い、直接か間接かはともかくそれらを染色体上に連れてくる際にncRNAが機能しているというコンセプトが業界では一気に出来上がってきました。

手前の話で言いますと、「Gomafuの結合タンパク質を見つけたらアシベと名付ければ」、という影山さんの素晴らしいアドバイスを実現すべく、今で言うところのCHARTやCHIRPの技術開発を試みていたのですが、なかなかうまくいかず、アプローチを変えて同定されてきたのが既に確固たる地位を固めていたブランチ部位結合タンパク質であるSF1。。。さすがにそれを強引にアシベと呼ぶわけにもいかず、真打ちを捜そうと、一発逆転を期して購入したRNA結合タンパク質に対するsiRNAカスタムライブラリー。運良くそこにアシベが含まれていれば、それをたたいたときにGomafuの局在が変わるだろうということで実験系を立ち上げるも、なかなか進まず。一方、「君、Gomafuばっかやっとったらあかんのちゃう？」という大野さんの一言で背中を押されてそのライブラリーをXistの染色体局在化因子探索に使う事にし、それがhnRNP Uであることが一発ツモでわかってしまったという、まるで一生の運を全てここで使い果たしまったかのような幸運な出来事もありました。

これも手前味噌で失礼しますが、影山班の分担であった僕の課題、核内構造体を形成する長鎖ncRNAのノックアウトマウスの解析は、進んだような進まないような。Gomafu、Neat1、Malat1全てviable & fertile。後者については表現型ありませんでした！キリッ！という開き直り論文を一応世に送り出す事が出来、皮肉にも表現型がないという事が却って驚きを持って迎えられたようですが、Gomafuちゃんは間に合いませんでした。。一応行動異常が見られるので、そのメカニズム解析に突っ走ったのですが、なかなか難しく、どうしたものやら。ちなみに学会等では話をしていますがNeat1は奇麗な表現型が見えてきて、こちらももうすぐ世に送り出す事が出来る、、、はず。です。先日、投稿翌日にエディターから突き返されてしまいましたが、、、

さて、この領域が終わって、長鎖ncRNA研究はどこに行くのでしょう？

この５年間で技術的に一番改良が進んだのは次世代シークエンサーであったのは間違いないでしょう。資金力のある特殊な方々が使うちょっとマニアックな武器だったのが、PCRとは言わないまでも、qPCRなみに普及してきた感があります。数年がかりの国家プロジェクトでなくてはできなかったような解析が、機械を借りられさえすれば一つのラボの規模で出来てしまう、というのは驚愕です。今後を占うに、やはりこのツールをどれだけうまく使っていくかというのがキーポイントであると思います。このところ長鎖ncRNAの研究を牽引してきたHoward ChangとJohn Rinn。先日のキーストンミーティングでも、やはりこの二人の発表は飛び抜けて面白く、Howardは3C/4C/Hi-C解析のような事をRNAで展開し、特定のncRNAの領域が、同一分子のどの場所と相互作用しているのかを調べる事で、ncRNAのドメイン構造を決めようという意欲的な試みをしていました。もうすぐ論文として出てくる事でしょう。Johnはといえば、single cellをMondrianが使っているようなデジタル・マイクロフルイディクス（フリューダイム c1？）に突っ込んで、single cellでのトランスクリプトーム解析をバシバシすすめる試みを紹介していました（二階堂さんが早速論文出てるよとインプット&情報くれました）。
http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/abs/nbt.2859.html
かれらの新技術との付き合い方を見ていると、うまいなあ、の一言です。後追いするばかりではいけませんが、それらを参考にしながら新しい使い方を模索していかなくてはいけません。

この５年間で長鎖に関わらずncRNAの研究分野でももっとも変化があったのは、新規のncRNAを見つける、という時代が終わって、ncRNAを、相互作用するタンパク質の複合体と共に機能解析をすすめていくというスタイルが出来上がってきたことでしょう。その中で浮かび上がってきたのは、ncRNAにもタンパク質同様機能ドメインが存在し、それらがタンパク質と複合体を作りながらモジュールとして働いている、ということで、これは今後非常に重要な概念になると思います。泊さんと廣瀬さんがそのあたりのコンセプトをまとめた総説をEMBO Reportに書かれていて、そのラインの研究を進めていく事で、一つの大きな流れを作り出す事が出来るかもしれません。というか作り出したいところです。

あと、技術進歩ということでいうと、ビジュアル大好きな僕が個人的に注目しているのが超解像顕微鏡です。光学限界なんのその。電顕とまではいかないまでも、一歩踏み込んだ解析が可能になりつつあります。超解像度顕微鏡を用いれば、Neat1の5’末端と3’末端がパラスペックルの表面にパッチ状に並んでいる事がこんなに奇麗に分かります。従来の顕微鏡では、これは同じ所に共局在していますね、ということしか言えませんでしたから、大きな技術進歩です。ちなみにこの画像を取ったのは3D-SIMという方式で、世の中にはもっと解像度が理論上高いPALMという方式も存在します。しかも、PALMで3D情報まで取れるという全く新しい顕微鏡が開発されているらしい、、、ということで、来月ドイツに行って見学してきます。衝撃の画像が取れたらまた紹介いたします。このような技術を駆使して、ncRNAの神秘に少しでも迫れれば。


というわけで、この５年間、下らん事ばかりかいてきましたが、色々ありがとうございました。この領域で得られた有形無形の財産を糧に、ncRNA研究分野とともに少しずつ成長していきたいところです。

中川

（おしまい）

Keystone Meeting @ Santa Fe ４日目

長かったようで短かったキーストンミーティングもついに最終日。こういう長期間のミーティングになると、顔見知りも増え、やあいっしょに仕事をしようかという仲間も増え、学生さんであれば変化球でちょっと甘酸っぱい思い出ができたりなんかしちゃったりするのかもしれませんが、合宿を乗り越えた一体感、みたいなものが生まれるのは、キーストンであったり、ゴードンであったり、海外長期小規模ミーティングの醍醐味であると思います。このあたりはRNA学会も、似た雰囲気があるのかもしれません。

最終日はこれといった話はなかったのですが（とかいうと怒られそうですが）、大規模解析、新技術、そういった話が中心でありました。琴線に触れない理由は明確で、もう全くぜんぜんかなわないな、という感が強いのです。次世代シークエンサー使いまくりの話はさすがに免疫が出来て驚かなくなってきたのですが、John RinnさんのところではlncRNAのノックアウトマウスを18個作って、そのうちの６つぐらいだったかで表現型がみられてたとか。
http://elife.elifesciences.org/content/2/e01749

こういう土俵で勝負をしても、なかなかかなわない。負けてたまるかと奮起するべきなのかもしれませんが、よくよく考えてみればどういう現象に興味を持つかというところが一番重要という考え方もあるわけで、とりあえずは目の前にいるかわいいマウス達が教えてくれているいくつかの表現型について、それが派手なものであろうと、そうでなかろうと、好きなのであればじっくり腰を据えて解析をするというのが正しい姿勢のような気がしています。

と、こんなことを出発の日の朝につらつらと書いていたらシャトルに乗り遅れそうになってしまいました。慌てて荷造りしてフー、間にあったと思ったら、空港に着いてからパスポートをホテルに忘れたことに気づきました！！なにやってんだか。。フライトまで２時間。ホテルまでの往復は２時間。うー、、、現在サンタフェに向かっているタクシーの中です。このブログで研究紹介を書いていると飛行機に乗り遅れるというジンクスができるかも。なんてのんきなこといってる場合ではないですねえ。。まあ、僕が焦っても早くつくわけではないですから。運ちゃん頑張れ！！80M/Hで疾走中！！

ホテルに到着！！イエーイ I get it!!不安のどん底から帰還したこの安心感。たまりませんね。クセになりそう（何が、、、）。偶然ですがちょうどフロントでは神戸のCDB RNA meetingにも来られていたRamesh PILLAIさんがチェックアウトするところで、一緒にパスポートの帰還を祝ってくれました。現在アルバカーキに向かうタクシーの中です。

で、どうなったかですが、フライトは逃したものの、なんとか今日中にサンフランシスコに到着できることになりました。次のフライトまで５時間も空いてしまいましたが、明日はHoward Changのところでセミナーをするので、たっぷり準備出来るというものです（やせ我慢）。

そして今気づいたこの事実。iPod touchをどこかになくした。。。大ショック。

教訓：出張中にncRNA Blog+を更新しようとしてはいけない。

Keystone Meeting @ Santa Fe ３日目

午前中は、出口の話。国内のRNA学会ではなかなか聞けないたぐいの医療応用の話ですが、基礎研究の行く先には必ず出口があるわけで、出口があるからこそ基礎研究でもお金がもらえる。ベンチャー作ったけどつぶれちゃってねえ、みたいな笑い話もありましたが、こういうセッションを入れるのはスポンサーの要望もあるのでしょうか。内容は、、、僕に言わせるんですか、それを、という感じでしたが、講演者の交代があって、なぜかJeannie Leeさんが出てきて（LNAを使うとXistが染色体からはがれる、というような所から始まって、このオリゴを使うRaNA（ラナ）というベンチャーがあるらしい）、「突然話をしてねって言われても。困ったわね。私、この手の話うまくできるかしら。全然準備してない学生の発表だと思って聞いてね。」とかなんとかいいつつ、まったくよどみのない講演。質疑応答はもはや恒例となったマングースDannyさんとのやり取り。うん。マンネリは大事です。水戸黄門の印籠みたいなものですね。吉本でいえばパチパチパンチみたいなものでしょうか。きたきたきた、これがないと落ち着かないでしょう。みたいな感じでしょうか。

と、サイエンスと全然関係のない話をしてもしょうがないので、今日のベストプレゼン。いつものことですがHoward Changさんでした。CHIRPを駆使して、ncRNAがモジュールとして機能していることを見事に示していました。なぜショウジョウバエで性染色体のdosage compensationに関わるroX1とroX2が配列が全然違うのに同じ機能を持つのか。どうやってそれらが性染色体を「ペイント」していくのか。長年の謎がすーっと解けていくようなトークはまさに別物でした。うーむ。何が違うのでしょう。とりあえずキーストンが終わったら彼のところに行って色々教えてもらってきます。この領域にも何かフィードバックが出来れば良いのですが、、、

ちなみにHowardさん、今度の分生（１１月、だいぶ先ですが）来日されます。塩見の美喜子さん主催のシンポです。

休憩時間は、長年のファンであったAnton Wutzさんとついにお話をすることが出来ました。髭もじゃらで、ダーウィンかっっ、と突っ込みを入れたくなるような容貌をされていましたが、Xist愛！という感じがひしひしと伝わってきて感動です。ちなみに、ものすごくローカルな話ですが、Xistの染色体局在を制御しているhnRNP U/SAF-Aというタンパク質は、抗体染色してもXiが強く染まるわけではありません。ところが、蛍光タンパク質との-fusionを作ると、Xiが特に強くそまるようになります。というか、染まるという論文があります。しかしながら、これが自前でやっても再現できない。何でなんですか？と質問したら、「リンカーとかなんとかのちがいと、おもうだろ、ん？それがちがうんだこれが。わかる？ん？クロンテックだったかな、なんかあるだろ、あのEGFPをつかっちゃだめなんだよ。うん。ストラタかなんかの、その蛍光蛋白使えばばっちりだぜ。本体のタンパク質じゃなくて、蛍光タンパク質の違いだなんて、全く思いもよらないよな。何でかって？わからんねえ、知らないねえ。いやわからんなあ。」と、しゃべるしゃべる。とっても親切に教えてくださいました。うーん。あの数々の素晴らしい論文はこの人が書いていたのか、、、イメージが壊れる瞬間。（なぜだか理由は分かりませんが）スラリとしていて寡黙で切れ者、ルパンの石川五右衛門のような人を想像していたので。とはいえ、良い方に壊れたといいますか、もっと秀才肌の方だと思って近づきがたく思っていたのですが、これからもっと色々気さくに聞けるような気がしました。

イメージが壊れると言えば、とんでもない勘違いをしておりまして。実は今回、共同研究でノックアウトマウスを送った研究者と初めて対面したのですが、完全に同姓同名の別の人と勘違いをしていて、男性だと思っていたら女性でした。うーむ。Google先生を信用しすぎると、とんでもないことになります。はい。こんなことで良いのだろうか。。。いけません。やっぱり、顔を合わせてのコミュニケーションは大事だなという当たり前のことを強く認識しました。

中川

Keystone Meeting @ Santa Fe ２日目

覚悟はしていましたがひどい時差ぼけで結局この二日ほとんど寝れていないのでもう真夜中のラブレターどころではないnatural high状態になってますが今日もexcitingな話が続いています。


今日のテーマで特に眼を引いたのが、発生に関わるlncRNAの解析。肢芽の発生であるとか、神経系の発生であるとか、あるいは細胞分化であるとか、昔取った杵柄ではありませんが妙にしっくり、ストンと頭の中に入ってくる話が連発。いやあ、なんといいますか、正直に言うとjealousyを感じまくり、ですね。アプローチとしてはそんなに変わらないのに、なぜこちらはこんなにno phenotypeで苦しんでるのにそっちはうまく行くんじゃーっ！しかし、やはり細かい工夫というのは皆さんされているのは事実で、機能アッセイをどれだけうまく組み合わせるか、また、どのよう現象に注目するのか、やはりそこが要であるのは間違いありません。jealousyを感じているといっても何せこちらは真夜中のラブレター状態の精神状態です。落ち込むというよりは、燃料満タンで片道切符で死ぬ気で突っ込んでいけばなんか僕でもまだまだ面白そうなncRNAにたどり着けるような気がしてきました。大事なのは根拠のない自信に違いない。根拠のない自信にあふれかえった人たちに囲まれていると、その気になってきます。K岡君も日本に帰ってくるらしいし、わが愛しのGomafuだって。。。
また、２年前のキーストンでもRNAから複合体を精製してくる技術がどんどん浸透していて近藤の彩さんが感激されていたのは記憶に新しいところでありますが、今回は精製法もバリエーションも増え、 RAP派、CHART派、CHIRP派が激突！とまではいきませんが、いろいろな人がそれぞれの手法についてやいのかいの言っていて中々面白かったです。僕はどちらかというと関わっている人々の人柄もあってCHART派なのですが、なんかソニーだからβを応援しているような気もしてきました。うん。次にやるときはVHSのRAPも試してみよう。（若い人は分からないか、、、）中々自分では技術開発をする時間はないのですが、猫の手があれば、色々試してみたいところです。ただ、どの手法も、DNAやRNAは解析できても、まだタンパク質の同定、という所まで入っていないような印象です。

論文でしか知らない人の人柄に触れることが出来るというのがこの手のコンサイスなミーティングの楽しいところでありますが、rRNAクラスタから出てくるRNAがRNA-DNA三重鎖を作るという論文が記憶に新しいIngrid Grummtさん。たまたま日本でもすっかりおなじみになったAndre Verdelさんと夕食を食べていたのですが、そろそろポスターに行こうかなという時間での会話。
Andre「ワインおかわりする？」
Ingrid「うーん。さっき中国人のポスドクが来てポスター見に来て、って言ってたのよ。どうしようかしら。」
Andre「どうしよう、ってなにが？」
Ingrid「ポスターのところにワイングラスを持っていって話を聞いたらたら失礼じゃない？」
Andre「そんなの気にしないでしょう。二つ持っていったら？」
Ingrid「いやだって失礼かもしれないじゃない。ボトルにしようかしら。」
Andre「ハぁ？ボトル」
Ingrid「いやだって私、ドイツ人じゃない。ドイツだったらビールを飲むと思っているんじゃない？」
Andre「あ、ビールのボトルのことか。うん、それならビール持っていったら？」
Ingrid「でも私ビール飲まないのよね。」

うーん。何を話しているんだかサッパリ分かりませんが、なんてチャーミングなおばちゃん（ん？失言）なのでしょう。先日Tokyo RNA Clubに来られた西倉さんのお話を聞いてきたときもこういうすてきな大人になりたいものだとつくづく思いましたが、こうなんというか、ちょっとお茶目のところがある人は素敵ですね。目指してなれるものではありませんが。

まだまだ色々面白いエピソードはありますが（Edith/DannyとJeannieのヘビとマングースの対決とか、、、）、半分以上作り話なので、今日はこの辺で。そろそろ寝ないと、いい加減頭が壊れますので。。。

中川

Keystone Meeting @ Santa Fe １日目

すっかり春めいてきて花粉が飛び始めそうな日本を離れ、やってきましたKeystone Meeting。しばし花粉の苦しみから逃れられると思っていたら、ここサンタフェでは既に花粉が飛んでました。前回はスキー場で花粉フリーの環境だったのに。。。眼がかゆくて仕方がないので、休み時間もホテルに閉じこもって仕事をするはめになりそうです。

今回も、lncRNA中心のお話。前回同様、２００人ぐらいの規模で、いつも通り密度の濃いミーティングになりそうです。論文未発表のデータがばんばん出てくるところがこのミーティングのすごいところで、道義上全てこういう場所で総てをばらしてしまうわけにはいかないのが残念ですが、自分の仕事にも、領域のメンバーの方々の仕事にも、役に立つ情報満載です。PRC2のかなりしっかりとした生化学的な解析もありました。うーむ。（豪州以外の）海外出張は時差ぼけで苦しむし、家を長期間はなれなければいけないのでいまいち乗り気ではないのですが、やはりたまには無理してでも出かけていって、世界の最前線の研究に触れるのは必要なのだなとつくづく思いました。また、前回も思いましたが、海外に出ると、初めて青い地球を見たガガーリンのような気持ちになれるのですね。ここのところSTAP騒動で震災直後のような不安で落ち着かない時間を過ごしていたのですが、しばらくは世間を離れ、研究活動に集中できそうです。幸せ。幸せ。

細かい内容はともかく、印象的だったのがThomas Cechさんの座長。ただ司会をするだけでなく、トークの後に個人的な印象を簡潔に述べたり、聴衆に向かって簡単な解説をしたり。特に面白かったのが、いわゆるpermutationについてのコメント。いつかBartelさんが来日されたときにTokyo RNA Clubで話されたCyranoの仕事をした2nd anthorが独立してその動作原理の研究をしているのですが、そこでpermutationを奇麗に使った仕事の話をされていました。Permutationは、RNAの配列に変異を入れて、もう片方のターゲットのRNA等に相補的な変異を入れれば、機能は保たれるということでRNA業界ではよく使われる「古典的な手法」なわけですが、「若いポスドクの人や学生の皆さん知らないかもしれないけど、こんな古くさい手法でも、RNAとしての機能を知るためにはとても強力な手段ですので、lncRNAの研究にももっともっと使ってみましょうよ」というCechさんのコメントは、まさになるほど、と思いました。おじいさんは古い技術が好きなんです。っと、微妙に失言ですが、温故知新ではありませんが、古典と言われる手法が切り札となることはたくさんあるのだと思います。最先端に触れるのも大事ですが、研究の歴史を知っている人の言葉を聞けることも、この手のミーティングの醍醐味ですね。

前回はJohn Mattick, Jeannie Lee, Kevin Morrisといった、ちょっと山師、おっと大失言、新感覚のRNA研究者がオーガナイザーだったこともあり、カジュアルなお祭りみたいな雰囲気がありましたが、今回はThomas CechやPhil Sharpといった重厚なRNA研究者がでーんと最前列に座っているので、ちょっと雰囲気が違います。これから３日間、随時報告をしていこうと思いますが、そういえば泊さんのところのJuan君もいましたので、彼にも何か書いてもらいましょう。いろいろ感じたところがあったと思いますので。

中川