Y本氏からのメール #2

UCSC Genome BrowserでBEDファイルを見る(続)

さて、UCSCカスタムトラックにBEDファイルをアップロードする方法の後編を書きます。
前回触れた通り、ファイルのリンクを作成して、それを指定する方法です。

本家の説明ページはこちら。

ファイルのリンクをどうするかですが、
何通りか試したうちのうまくいったもの２つを以下に載せます。

1.    GEO Datasetsにあるファイルへのリンクを指定する

ファイルのリンクを右クリックして、「リンクのURLをコピー」を選択します。

 コピーしたURLを”Add Custom Tracks”の
"Past URLs or Data"下のbox内に貼付けてsubmitすれば完了です。

この場合、ペーストしたリンク先は
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geosuppl/?acc=GSM850170&file=GSM850170%5FHela%5FhnRNPU%5FCLIP%5Frep1%2Ebed%2Egz
と表示されますが、これは
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geosuppl/?acc=GSM850170&file=GSM850170_Hela_hnRNPU_CLIP_rep1.bed.gz
と同じことです。

2. Dropboxのパブリックフォルダを利用する

真ん中のやつです。

ちなみに現在、新規のDropboxアカウントでは
publicフォルダはデフォルトで作成されないそうなのですが。。

Publicフォルダ内にBEDファイルを放り込んで
右クリックで「パブリックリンクのコピー」を選択します。

リンクをペーストしてsubmitします。

できました。 

また、Galaxyにファイルをアップロードすると、そのままUCSCに表示することができます。

Galaxyへのファイルの転送ですが、

大きいファイル(2GB以上)の場合はFTP経由が推奨されています。
 

 

非常に便利なサイトなので、興味のある方は一度のぞいてみると良いと思います。

ただ、この方法はファイルのサイズが大きい場合は

うまく表示される時とされない時があって不安定な気がしています。

このようにBEDファイルをアップロードするために、一通りやり散らかしたあと、

衝撃的なものを目にしました。

Huelga et al.　Cell Rep. 2012 Feb 23;1(2):167-78.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22574288 
のデータです。(これまた著者の方に感謝して引用させていただきます) 

BEDファイルがない。BOWTIEって？
 

Googleいわく、bowtieとはシーケンサーのデータをmappingするソフトで

xxx.bowtieはその結果が入っているファイルらしいですが
その手のものにはBAMだのSAMだの、

他にも色々な形式があるらしいことが分かってきました。
どうやらSAMからBAMに変換して、BAMからBEDに変換する手順があるらしい。
とりあえずBEDファイルが欲しいんですが、

Y本さん、なんとか見られるようになるんでしょうか、これ？

**********************************************************************************
差出人: Y
日時: 2012年8月10日 08:53:02JST

おはようございます。

前に話していた、CLIPのデータ、

どうやらファイルの情報が足りないせいか、

SAMファイルに変換してもだめみたいです。
**********************************************************************************

**********************************************************************************
差出人: H
日時: 2012年8月11日 13:29:30JST
 

そうでしたかー。

いっそSRAファイルのほうをFASTQ変換して
自力でbowtieに投げてやろうかと思ってたのですが。。
情報ありがとうございます。
**********************************************************************************
 
悩める素人2名。しかし、このメールでY本さんはピンと来たらしいです。

#3に続きます。


中川研　長谷川