ncRNA+Blog

lncRNAのパラドックス（２）

2012-01-28T20:19:00.006+09:00

前回の続きです。それほど大げさなことを言っている訳ではないのに名前を付けるとなんかすごそうに聞こえる法則として「地層累重の法則」というのがあったことを、かつて地学を履修していたひとは覚えているかもしれません。なんのことはない、「上にある地層は下の地層よりも新しい」、という、小学生にでも分かりそうなこの法則。でもこの法則が正しいということを前提にしないと全ての仮説がひっくり返ってしまうぐらい、重要な法則なわけです。lncRNAのパラドックスはそこまですごくない法則です。マーフィーの法則ぐらいどうでもよい法則ですが、体感的には実に良く当てはまるこの事実。

「機能的なlncRNAは、ほとんど検出されない。」

もしくは、これを言い換えて、

「ものすごくたくさんあるlncRNAは、ほとんど機能していない。」

たくさんあるlncRNAしか研究していない僕の研究室にこの冷酷なパラドックスは重くのしかかってきて今にもつぶれんばかりではあるのですが、そう簡単につぶれてなるものかとあがいていれば遥か彼方に光明がみえてくるという話になるはずなので、その辺は乞うご期待なのですが、実際のところ、強烈にabundantなMalat1も、MENepsilon/betaも、Gomafuも、ノックアウトマウスは一見正常。一方、誌上を賑わしているncRNA群は、往々にして発現量が非常に低い。

少し前までは、こんな発現量が低いものが機能するはずがない、などとちょっぴり思わなくはなかったのですが、最近は、実はそうではなくて、機能があるからこそ、発現量を低く抑えなくてはならなかった、と考え始めています。つまり、あまりにもその個性が強烈であったがために、つぶされてしまう、出る杭は打たれる、のように、結果として発現量が押さえられているという可能性もあるのではないかと。

H19という遺伝子は、インプリンティング（父方か母方か、どちらか由来の染色体からしか発現しない遺伝子発現制御）を受ける遺伝子としてはもっとも早くに同定されたものですが、胚発生時においてはアホみたいに発現している遺伝子です。ところが、このノックアウトマウスも、表現型がいまいちはっきりしない。過剰発現の結果からはガンに関係ありそうだという論文も古くは出ていますが、結局のところ良くわからない。多分業界のコンセンサスとしては、あんまり機能していない、という遺伝子です。核内のMalat1、細胞質のH19。年棒５億円ぐらいもらってるのに、一試合も出場できなくて打点０、みたいなlncRNA遺伝子です。

発現量が低いからこそ、その個性を発揮できる。そういう発想があってもよいのではないかと。たとえば、酵素活性みたいなものを持っているのかもしれません。一分子でも多くの基質分子に作用できると。もしくは、ゲノムの特定の場所に貼り付いて機能していれば、ゲノムのその「場所」のモル数は高々２ですから、そんなに数がいらない、というもっともらしい説明は、確かに納得がいくものでもあります。制御をかけるためには安定であってはならない、という理屈も納得がいきます。

このパラドックス、実戦的にはかなり重要で、機能を最優先して考えるのであれば、絶対的な発現量よりも、ダイナミックに変化するか否かで付き合う遺伝子を、解析の対象とする遺伝子を選んだ方が良いのかもしれません。発現量は二の次と。

話は変わりますが、将棋の棋士の指し手の中には、負けると分かっていてもこの手をさしてしまう。前の指し手の顔を立てるためにもここは同歩。なんてことも良くあるようです。そこには理屈を超えた情熱が、といえば格好良いですが、要は好きか嫌いか、もしくは意地の張り合いみたいなところもあるのではないかと思います。サイエンスもなかなか理屈では片付かないところがあって、ダイナミックな発現変化を示すものにとことん注目するべきだとは思いつつも、じゃあこいつらの機能解析は誰がするのだ、と、なぜかアマノジャクに発現量が多い方に出してしまう。いわゆる深情けというのでしょうか、そういうスタイルも、あるような気がします。

だいぶ話が脱線してしまいましたが、ともあれ、モル数が少ないlncRNAがどうやって機能するのか。その画期的なアイデアが、今年、２０１２年には出てくるのではないかと。そう予想してみたいと思います。

中川

発生生物学とncRNA

2012-01-20T05:53:00.004+09:00

発生生物学会の学会誌であるDevelopment Growth and Differentiationの、RNAの特集号が出ました。

発生生物学とRNA研究は相性が良いと個人的には思っているのですが、世間的にはそれは中田ヒデと原辰徳の組み合わせぐらい「はぁ？」という組み合わせのようで、別に仲は良くも悪くもないだろうけれどもあえて並べる必要性がサッパリ分からない、というように捉えられることが多いようです。実際のところ、発生生物学会とRNA学会の両方に属している人は少ない。実に少ない。五本の指で数えられる、などということは無いでしょうが、京大のA形さん、神大のI上さん、CDBのN村さん、発生学会ではないけれどもCDBに居るN山さん、、、あれっ、結構居るか。というか、キャラ立ちするひとばかりなのでたくさん居るように見えるだけなので、実際は少ない。せいぜい２、３％といったところではないでしょうか。生物学の研究には、ナノメートルスケールの結晶構造の解析からメートルスケールの比較解剖学まで、色々な階層があります。それぞれの階層の間にはそれなりに大きなギャップがあって、それをあえて埋めようとしなくても良いとも思うのですが、橋をかけてみたらなんだ意外と近いではないかと。そういう分野もあるような気がします。RNA研究と細胞生物学、RNA研究と発生生物学、あたりは、まさにそのような組み合わせではないでしょうか。

そしてこの特集号。DGD編集長の東北大の仲村春和さんとRNA学会長の塩見（春）さんの肝いりで実現した華麗なるコラボレーション、とまではいかないかもしれませんが、粒ぞろいのレビューが満載です。母性因子やpiRNAがらみで比較的RNA研究者にもなじみのある生殖細胞がらみの話や、だれもがあっとその美しさに声を上げあげたであろうテトラヒメナの大核小核の話、植物のサイレンシングの話にエピジェネティックスの話、当新学術のメンバーのムッキー中山さんとデレック後藤さんのレビューはfree articleで読めます。発生生物学会の学会員はタダで読めるので、図書館に無いときにはその辺に居る発生生物学会員にお声かけください。

このDGDなる雑誌。日本の発生生物学会が発行していた雑誌で、現在はBlackwellの方に組み込まれていますが、歴史的な経緯もあり投稿者のほとんどが日本人です。発生学会の人間にとって、でぃーじーでぃー、という言葉はなんとも微妙な、心のどこかがくすぐられる響きをもつ言葉であって、例えていうならば、片田舎の芋くさいねーちゃんが都会に出てビックリするほどきれいになって芸能界にスカウトされてとある映画の端役をきっかけに大きな注目を集めスターへの階段を上っていって今は押しも押されもされぬ大女優、その彼女が小学生だったときの初恋の相手、みたいな感じでしょうか。僕が大学院に入りたての時は季刊誌だったのが投稿数の増大に従い月刊誌になったは良いけれどもだんだん投稿数が先細りになって、なんだこれどこの業者のパンフレット？ぐらいに薄くなっていた頃、「DGDは生かすか殺すかせなあかん！」なんて過激なことをおっしゃる先輩方も居ましたが、現編集長の仲村さんのご尽力で、一時はインパクトファクターが１ぐらいまで落ち込んでいたのが、最近はようやっと２を超えてきたようです。と、こういう話を本当はあまりしたくないのですが、DGDのような国内の学会誌はインパクトファクターという物差しではかるのが一番ふさわしくないとは思うのですが、これだけ世の中がグローバル化されてくると、そういう基準が入ってくるのはある程度致し方ないことなのかもしれません。この辺りはまた何かの機会に考えてみたいと思っています。

ともあれ、このレビュー集。お時間のあるときにアブストラクトだけでもざっと目を通していただければ幸いです。

中川

lncRNAのパラドックス（１）

2012-01-15T21:13:00.005+09:00

今はどうか知りませんが、僕がかつて籍を置いた大学では教養過程で誰もが必ず一つとるコマのひとつに論理学というのがありまして、それはおそらくその単位がいわゆる「楽勝」に分類されていたからというのが大きいのでしょうが、それ以上にこの論理学、という言葉の響きがちょうどアノ年頃の学部生の矜持を微妙にくすぐるものであったという要素も多分にあったような気がします。大学生協の本屋のやり手ジジイ、いや、店長はその辺りを良くわかっていて、まるで授業の進行に合わせるかのように折に応じて最新の、あるいは数年前の新書を平積みにだしてくる訳です。論理学というのは文系の科目に分類されていたような気がするのですが、内容はどう考えても数学だったような気がします。その辺り良く覚えていないのが情けないところですが、ともあれ、論理学の講義でさんざん出てきたパラドックス、という言葉に神秘的な、provocativeな響きを大いに感じ、一度はこういう言葉を使ってみたいなと思ってン十年。も経ってはいませんが、今現在、実際に仕事をしていてつくづく思うのが、

「lncRNAのパラドックス」

です。これはどういうパラドックスかといいますと、厳密にいえばパラドックスでも何でも無いのかもしれませんが、

「機能しているlncRNAは、ほとんど検出できない」

という、体感上の、ちょっと奇妙な事実です。

僕自身はこれまでlncRNAの機能を考える上で、タンパク質に翻訳されないのであれば、すなわち一本のmRNAが数百数千個のタンパク質として働きうるという増幅作用が無いのであれば、機能的なlncRNAはすべからく発現量が多いであろう、従って、発現量が多いものから機能解析をしてゆけばlncRNAが関わっている未知の生理現象を垣間みることができるのではないか、という単純な発想のもとチビチビKOマウスを作ってきたのですが、どうもこれが「一見」芳しくない。Gomafuに始まり、Malat1もNEAT1も、少なくとも胚発生過程には異常は見られませんし、大人の個体もぱっと見た感じは正常です。

しかるに、ばんばん、世の中にはlncRNAの重要な機能を見つけたという論文が出てくるわけです。特に、今世代シークエンサーやマイクロアレイを駆使した論文は、HOTAIRを嚆矢として、ここ数年、矢継ぎ早に、いわゆる色っぽい雑誌にお目見えしています。これははっきり言って悔しい。そして、つい最近発表されたCyranoですか。つい先日来日されたBartelさんのTokyo RNA Clubでの話を聞いた時は、悔しいを遥かに通り越して、もういいや、という諦めの境地でもあったのですが、常々どうしても納得がいかなかったのは、なんでこう誌上を賑わす遺伝子は、ほとんど発現していないものばかりなのか、ということです。細胞あたり一分子で機能している、なんて馬鹿げているではないか、と。

とはいえ、ふと思い出してみると、遥か昔学部の授業で使っていた、某ブログで有名なY先生が編集された生物物理学演習とかいう本の中には、転写因子（たしかlacオペロンがらみのなんちゃらだったとおもうので原核生物のですが）は一細胞あたり数分子しか無い、というモル計算の問題がものすごく最初の方に出てきていたような気がします。あまりにも難解な本で、というかちょっと時代がずれている本だったので最初の２、３ページの問題を見てすぐ挫折したのを覚えているので、極めて最初の方の問題であったのは間違いないです。なんか話が毎度のごとくそれてしまいましたが、重要な分子は、細胞に一個か二個あればよいのだと。特に、個々の遺伝子などというのは細胞あたり高々２分子しか無い訳ですから、その制御に関わるものは、別に少なくても構わないというのは、たしかに納得のいく議論です。

で、そのあたりどうなんでしょう、というのをBartelさんにぶつけてみたのですが、以前のレポートにもあったように、ちょっとしばらく間を置いて、首をひねって、慎重に言葉を選びながら、うん、たしかにCyranoは発現量は低いと。それはすごく気になるところだと。しかしそれはXXXX,,,

ここからさきは秘密でも何でも無い、いきなりペラペラしゃべりだしたのでただ単に英語力不足のために何を言ってるか分からなかっただけなのですが、Bartelさんほどの方でも、なにかしら、気になる所では、あったようです。

このパラドックス、どう考えたら良いのでしょう？（つづく）

中川

ポスドク募集のお知らせ

2012-01-12T16:35:00.004+09:00

5th Tokyo RNA Club でも講演して下さった Jhumku Kohtz さんからポスドク募集の
お知らせが届いています。long ncRNA 分野ではピカイチの仕事をされている方です
ので、将来を託す研究室を決めかねている方は、ぜひとも御検討下さい。

以下、転送です。

影山裕二＠神戸大

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Postdoctoral and Research Associate Positions funded by the National Institute of Mental Health are available to study mechanisms of long non-coding RNA transcriptional regulation of interneuron genes in developing and adult mouse brain. Studies will be performed at Children's Memorial Research Center & Northwestern University, Feinberg School of Medicine, Chicago, IL., USA. PhD and B.A. applicants who have expertise in biology, biochemistry, neuroscience, or chemistry will be considered. Starting dates are flexible, but ideally will be June 2012. Please send your CV, including contact information for two references to j-kohtz@northwestern.edu.

Relevant publications:
Feng et al. (2006) Genes and Development, 20:1470-1484.
News and Views, Lall, S. (2006) Nature Structural and Molecular Biology 13, 574.
Bond et al. (2009) Nature Neuroscience 12: 1020-1027.

Tokyo RNA club the 10th meeting

2012-01-12T10:40:00.004+09:00

みなさま

遅ればせながら明けましておめでとうございます。

さて、少し先の話ですが、3月21日(水)にTokyo RNA club the 10th meetingを開くことになりました。ゲストはUT SouthwesternのQinghua Liu (ちんふぁーりう)さん、TRCには2回目の登場です。今回はいつもの慶応ではなく、東大農学部の弥生講堂アネックス「セイホクギャラリー」で行います。今のところ14:30頃スタートの予定ですが、詳細が決まったらまたアナウンスします。ぜひふるってご参加下さい。

Qinghuaさんは、ハエDicer-2のパートナータンパク質であるR2D2を生化学的に単離・同定し、Dicer-2には長いRNAを切断してsiRNAを作る役割と独立して、siRNAをArgonaute2に取り込ませる働きを持つということを初めて示した人です。彼は、未知タンパクの生化学的単離(いわゆる古典的な「ものとり」)が得意で、その後もRISC形成を促進させるエンドヌクレアーゼ複合体のC3POなど、次々と重要な因子を発見してきました。最終精製産物のゲルの写真は本当に美しく、いつもうらやましくてうっとりため息をついてしまうしまうぐらいです。今の世の中、「ものとり」がちゃんと出来るひとはとても少なく、伝統工芸・世界遺産みたいなものだと思います。今度のTRCでは、ぜひその秘伝のテクニックを伝授してもらいたいものです。

では、今年も本領域がますます発展する1年であることを期待しています。

領域代表
東大分生研・泊幸秀

今世代シーケンサ

2012-01-08T22:58:00.004+09:00

あけましておめでとうございます、河岡です。
今年もよろしくお願い致します。

下で中川さんが次世代シーケンサのことについて書かれていますが、年末は、まさに次世代シーケンサがはきだしたデータ群と1週間ぶっとおしで格闘して知恵熱を出し、喘息発作を併発し、さんざんでした。

その次世代シーケンサ、次世代っていう言い方自体が？となるくらい、汎用されるようになってきていますね。あと数年したらもっと当たり前になってくるんでしょう。ともあれ、技術そのものに振り回されてしまうのは悔しいので、どんな技術でも使い倒せるように精進していきたいです。PCRの原理が分からないのにバンドやグラフを見せられて納得することはできませんから、少なくとも、その実験原理や解析手法の実際、どういうことができてどういうことができないのか、そのあたりだけでも常に把握しておきたい、と思っています。

あと、やはり、使いこなせるようになってきて思うことは、新しいことを身につけて物事を新しい側面から眺められるようになる、というプロセスそのものが刺激的で楽しい、ということです。目の前に技術革新が転がっているいまは、知的好奇心には何と素晴らしい時代か、と思います。

全然関係ない話ですが、先日、弟が、誕生日プレゼントだといってなんと1万円ぶんの図書カードをくれました。本が大好きな僕にとってはもっとも嬉しいタイプのプレゼントです。今日、うきうきと大きな本屋まで行って、カード片手に本を選びました。

悩んだ末に、結局、「How Humans Evolved: ヒトはどのように進化してきたか」という本を購入することにしました(9000円!!)。プレゼントがなかったら絶対に手が出ない額です。アメリカの大学の人類学の教科書の和訳本、ということです。他にも欲しい本はいっぱいあったのですが、なぜこれを購入したかというと、題名を見てふと、人類の歴史を全然知らんなあ、と思ったからです。こなすべきタスクはそれなりにたくさんあるのですが、時間を見つけて読み進めて、面白かったらリポートします。

僕は今年の3月末に渡米します。普通に考えたら2012年は結構な変化の年になるのでしょうか。とはいえ、変わるのは場所だけで、自分自身が劇的に変わるとも思えないので、気張らず、今まで通り、自分が面白いと思うことを研究していきます。見かけの分野は若干変わりますが、どうか忘れないでください。

２０１１＆２０１２

2012-01-08T21:18:00.004+09:00

いつの間にか年が明けて時代は２０１２年に入っていました。

　昨年はどんな年だったのか、おそらく全ての方にとって色々な意味で生涯忘れ得ぬ一年であったとは思いますが、非コードRNA業界、特に長鎖関連の非コードRNAに関して言えば、予想に違わず、次世代シークエンサーによる解析が当たり前のように使われるという傾向にますます拍車がかかってきた年、だったような気がしています。一昔前の論文とデーターの並べ方や作法を明らかに異にした論文が、２０１０年はぽつり、ぽつりと見かける、といった感じだったのが、昨年はまたきたまたきた、という感じで、ぱっと見には生物関連の論文かどうかも分からないような論文すらしばしば目にしたような気がします。ゲノムにリードを貼付けた図はもはや業界標準。なにやらいろいろな線やベクトルが飛び交っている図を見ると、もう隔世の感があるというかなんというか、、、次世代シークエンサーを使ったからといって全ての疑問に答えが出るわけではないのでしょうが、そもそも配列データーをなんぼ眺めていてもタンパク質の性質が分からないように、それは生命現象のごく一部を示すにすぎないのはそうなのですが、データーの解析も含め、今日び行われている遺伝子発現・配列解析にある程度の素養を身につけなければ話にならない、という時代にさしかかりつつあるのかもしれません。ただ、どの程度身につけることが出来るかというと、ネイティブかどうか、というところがかなり分水嶺になるところで、ウエスタンブロットやらノザンブロットやらで青春時代を過ごしてしまった世代にとっては、なかなか使いこなすのが難しい技術、でも、大学院に入った時からプログレスレポートでガンガン統計処理のデーターを見慣れている世代にとっては、まな板に水を流すようにすんなりと入ってくる技術なのではないでしょうか。このような状況はもしかすると組換えDNA技術が出てきたときに似ているのではないか、と、ふと思ったりもします。僕自身が大学院に在籍していた時の研究室のボスは、いわゆる組換えDNAの実験を全くされたことのない方で、内容は当然理解されていたでしょうけれども、セミナーで技術的なdetailのディスカッションになった時などは、第二外国語を聞いているぐらいの感覚だったのではないかと、今にしてみれば思います。ちなみに、もうすこし現場のことを分かってくれーと思う一方、ちょっと距離を置いたコメントが妙に身にしみたりするのですよね。ネイティブになるのも良し、ネイティブになりきらないのもまた良し、なのかもしれません。

　それにしても時代の進歩というのは大したものだとつくづく思います。いつかここでも懲りずに披露してしまった下ネタの繰り返しになりますが、ちょっと前まで駅のトイレなんてよっぽどのことが無ければ入る気がしなかったのが、今では下宿でするぐらいなら駅で、、、なんて人も居るのではないかと思うぐらいきれいに整えられています。いろいろ厳しいご時世で、というのは新聞を読んでいなくても巷の誰もかもが口にすることですが、果たしてそうなのかと疑問に思うこともしばしばあり、少なくともサイエンスの質だけ考えれば、ハード面もソフト面も昔に比べれば２０年前の状況よりも遥かに恵まれているような気がします。一週間寝食を忘れて実験にいそしんで、出てきた結果がたった3kbのcDNAの塩基配列を決定しただけ、なんてことが日常茶飯事だった訳ですから。あの頃は、大きいことは良いことだ、みたいな雰囲気もあったような気がします。たくさん働いて、たくさんお金をつぎ込んで、ガンガン進んでいけば何かが見える。体育会系のクラブの悪い風習の一つにとことん飲めるやつがエラい、みたいな変な風習がありましたが、またそういった風習は一回生の頃は大嫌いでも四回生になると大好きになっていて極めて厄介なのですが、本来の目的〜体を鍛えるなり試合で勝つなり〜といったところから外れて祭りの狂乱よろしく内輪の共同幻想だけが一人歩きしてしまうと、なんだか悲しい気分になってきますよね。あの頃は良かった、とか言ってる大人を信用してはいけないというのはマルクスも言っておられますが（言っていないっっ！！）、バブルの頃は良かったとかいう人を見るたびに、５０を超えて下ネタ芸をやって喜んでいる性悪おっさんのように見えてきてしまうのですよね。

　だいぶ話がそれてきてしまいましたが、ちょっと前までは、たとえば理研が研究所をあげて進めていたプロジェクトが、共同研究ベースであれば手のひらサイズでそんなビッグラボでなくても手の届くところにあるというこの現実は、種子島に鉄砲が伝えられたとき以来の衝撃であるような気がしています。さてそれをどう使うか。馬鹿と鋏は使いようですから、若い世代の人たちはがんがん火縄銃を使いこなして騎馬隊をやっつけたら良いのだと思います。若くもなく大御所でもない僕らの世代がやることは、、、的になることだったりして。まあ、時代の最先端を行く武器の的になるのであれば、よろこんで撃沈されたいところです。

　今年はどんな年になるのでしょう。個人的な予言でいいますと、「長鎖非コードRNAのパラドックス」が解決される手がかりが得られる年になるのではないかと。「長鎖非コードRNAのパラドックス」とはなんぞや。学会もなく班会議も無い冬の時期にこのブログへの投稿数が減ることを考慮して（そうでなくても閑古鳥が鳴いているという突っ込みはさておき）、これはもったいぶって次回に詳しく書きこみたいと思います。

今年もよろしくお願いいたします。新年の挨拶まだですかー（＞領域代表＆つわものたち）

中川

ncRNAネイティブ

2011-12-24T10:09:00.002+09:00

分子生物学会のシンポジウムはおかげさまで盛況のうちに終了することが出来ました。
長鎖ノンコーディングRNAがらみのシンポジウムは最終日の午後だったこともあり、どれぐらい人が集まるか心配だったのですが、予想外、のたくさん方々に足を運んでいただいて、正直ビックリしました。特に海外スピーカーの方のネームバリューというのがかなり大きかったのかなと思いますが、生マティックさん見れると思ってきたのにいないじゃねーかよー、別枠すっぽかしてきたのにどーしてくれんだよー、という不満の声もちらほらと聞こえてきましたが、Mattick研のバイオインフォを一手に行き受けてきたDingerさんが来てくれたということで、ご勘弁を。実際、レビューばっかり書いているけどあの人誰？、という失礼な印象をもたれがちなMattickさんのところからばんばんオリジナル論文が出始めたのは、彼が加入してからのような気がします。

リッキー黒川さんがいみじくも最後の締めでまとめておられましたが、長鎖ノンコーディングRNAの面白い特色の一つは、様々なバックグラウンドを持った人たちが集まってきてああでもないこうでもない、とやっているところのような気がします。ちなみに学会のシンポジウムのclosing remarkというのはほとんどの場合わらわらと席を立つ人が多く、なんとも落ち着かない雰囲気になるのが常なのですが、さすがは黒川さん。骨太の締めの言葉にほとんどの人が耳を傾けてました。このあたりの貫禄というのはなかなか身につけようと思っても身につかないですね。

様々なバックグラウンドは全くその通りで、それぞれの人にこの分野に入ったきっかけというのをお伺いして、結構興味深かったです。Dingerさんは、なんと古細菌の生化学がオリジン。全然バイオインフォじゃありません。ニュージーランド出身の彼は、大学院時代は地元の海の鉱泉にすまう古細菌の研究をしていて、進化に興味があって、おとなりはオーストラリアのMattick研に飛び込んだとか。Mattickさんはイントロンの研究をしていて、イントロンが捨てられてしまう、というのが気に食わなかったとか。それでタンパク質をコードしない領域に目が向いていったそうです。Kanduriさんはクロマチンの研究。太田さんはDNA修復。黒川さんは転写。廣瀬さんはじつはいろいろ隠れた過去が、、、あるわけではありませんがRNAプロセシングのin vitroの系の研究。僕はニワトリ屋。そもそも研究分野としてもかなり新しいのでまったくもってその道の専門家、というのは居ないわけですし、だれでもそこに飛び込んでいけるというのが魅力の一つなのかな、という気もしています。誰も母国語を話していない国で研究している感じです。

とはいえ、これからはノンコーディングRNAネイティブ、の人たちがどんどん入ってくるのでしょう。個人的には、John RInnさんやHoward Changさんたちは、ncRNAネイティブ、というような気がします。古くさい常識にとらわれないあたり特に。若い学生さんたちの中にもすくすくと人材が育っていっていると思います。あと１０年ぐらいしたら、すっかりncRNAネイティブの人たちの時代になっているのかもしれません。

中川

第8回 Tokyo RNA Clubのレポートその2

2011-12-16T16:33:00.004+09:00

「『I君、S君、早くアップしなさい。早くしないと領域代表に言いつけるぞお』って中川さんが書いてるよ」と領域代表のＴさん（注1）に言われ，小学生のような心を持つ僕（注2）は，脅しに震えて第8回Tokyo RNA Clubレポートを書くことにしました．

12月8日（木）に開催された第8回Tokyo RNA Clubは大盛況でした．"Tokyo" RNA Clubであるにもかかわらず，わざわざ京都からトークを聞きに来られた方もいると聞いてびっくりです．そろそろ，Japan RNA Clubと呼び名を格上げしてみてはどうでしょうか？　会場には熱気があふれ，人があふれ，コーヒーブレイクのコーヒーがあっという間になくなって，僕は飲みそびれました．無念です（注3）．

さてさて，脅されたもう一人＝岩崎君が各トークの内容をしっかりまとめてくれたので，僕はちょっと違う視点から今回のTRCをレビューしたいと思います．

今回のTRCはメインゲストの一人，David Bartelさんの講演で始まりました．実はトークの前に，僕と岩崎くん，中川さんは，BartelさんとガールフレンドのSabbyさんを交えて，5人でランチを食べに行ってきました．中川さんとBartelさんのlincRNA話に，論文誌のエディターをつとめるSabbyさんもいくつも質問を飛ばし，非常に盛り上がった結果，気づけば「トークの開始時刻に間に合わないんじゃ……？」という時間に．みんな小走りで会場に戻り，そのまますぐにBartelさんはトークを始めることになったのですが，そこはさすがのBartelさん．慌てて帰ってきたばかりなどとは微塵も感じさない発表なのでした（注4）．

学会で，セミナーで，あるいは授業で誰かの話を聞く時に，皆さんはどんなことを楽しみにしていますか？　こんなことを聞くと「トークの内容に決まってんだろ！」と怒られてしまいそうなのですが，僕はひそかに「どんなスライドなのか？」ということを楽しみにしています．スライドのデザインや構成には，発表者のパーソナリティがはっきりと浮かび上がると思っているからです．Bartelさんのスライドは，白背景に黒のゴシック体フォント（注5）という，パワーポイントのデフォルト設定でした．背景に写真や色をつけることもなく，タイトルもスライド上部に最大2行で書いているのみ．シンプルで奇をてらわないオーソドックスなデザインは，しかし，Bartelさんの研ぎ澄まされたロジックに呼応するものだったと思います．

そういえば，懇親会の場で学生に囲まれて質問攻めにあっていたBartelさんは，意外にも質問に流暢に答えていたわけではありませんでした．むしろ，自分の話を何度も途中で止め，考え込み，少しの沈黙の後に言い直す，という姿が印象的でした．1つ1つの論理的なつながりを考えながら，ゆっくりと言葉を紡ぐBartelさんの姿から，常にシンプルな答えを導こうとする強い意志を感じた第8回Tokyo RNA Clubなのでした．

佐々木

注1：ボス．無類の辛い物好き．
注2：東大・分生研の泊研究室で日夜，生体高分子とにらめっこしています．
注3：でも懇親会の料理は非常に豪華でした．満足です．
注4：しかも，始まるまでのわずかな時間にスライドを差し替えていました．
注5：たぶんHelveticaだったと思うのですが，自信はありません．

第8回 Tokyo RNA Clubのレポートその１

2011-12-15T09:40:00.002+09:00

先日のTokyo RNA Club（12月8日）のレポートを仰せつかりました、分生研泊研のいわさきです。個人の独断と偏見が多少コンタミしているかと思いますがご了承ください。

まずはいわずと知れたRNAサイレンシング界の大御所David Bartelさんの発表がありました（僕から見ればボスのボスのボスにあたります）。彼の発表はDroshaがどのような基質特異性をもっているかの最新の知見を紹介されていたのですが、その手法がなんとも賢い。Droshaとその基質としていろんな種類のRNAを一気に混ぜ、反応させます。その後に反応が上手く進んだRNAだけをシーケンス出来る様な手法を用いて、もはやおなじみdeep sequencerでババッと読んでしまう。そうするとDroshaで上手く反応が進んだ基質の特徴がわかるという寸法です。生化学とインフォマティクスの美しい組み合わせ。うーんカッコイイです。

２番目の発表は菅先生です。環状人工ペプチドを合成させる人工翻訳系を駆使し、特定のタンパク質に強く結合する環状ペプチドをスクリーニングする仕事とその応用例に関しての仕事です。これまた圧倒的な仕事の数々。もうこれだったら、どんなタンパク質に対しても阻害剤、薬剤が作れちゃうじゃん、とわくわくしてしまいます。特に僕個人が感動したのは、目指す「系」を構築するのに10年かかった、という話です。そこの10年があったからこそ今のものすごい成果があるわけだと思いますが、もし自分だったらそのような忍耐と信念をもって研究できるか、ということを思うと頭が下がりっぱなしです。うーん、カッコイイですね。

3人目は東大宮園研の鈴木さんです。ヌクレアーゼの一種であるMCPIP1というタンパク質がpre-miRNAのループ部分を分解することでmiRNAの生合成を負に制御するというお話を発表されていました。（詳細は最近Mol Cellに発表されています。）これまでもいつくかのRNA結合タンパク質が直接miRNAの前駆体に結合し、miRNAの生合成を阻害したり促進したりという例は知られているので、MCPIP1のように今後もたくさん見つかるのではないかなと、またそれらが疾患に関係づけられるのではないかなーと期待させていただける発表でした。

4人目は我らが研究室の岩川さんです。植物のmiRNAは当初標的RNAの切断しかしない、と思われてきました。しかしながら最近の研究によって動物の様に翻訳抑制も引き起こすのではないか、ということを示唆する報告がされています。それではそのメカニズムを研究してやろう、ということでmiRNAによる翻訳抑制を再現できるin vitro系を自分でつくって解析したというお話です。自分で系をつくって、自分で解析する、という言わば生化学の王道です。

5人目はValerio Orlandoさんです。ショウジョウバエやヒトでRNAサイレンシングは細胞質内で転写「後」に働くものである、というのは誰もが疑いない所となっていますが、酵母や植物で起こるように転写レベルも制御しうるのではないかというお話でした。確かに以前から、ショウジョウバエやヒトで転写レベルにサイレンシングが起こるということを支持する報告はいくつかあるのですが未だあまり市民権を得られていないなーというのが現状だったと思います。Valerio Orlandoさんの報告(最近Natureに発表されています)でさらにこのあたりの議論が活発なってくるのでしょう。

当研究室佐々木氏が「いわさきくんが真面目なことを書くなら、僕はちょっと違った視点で書いてみるよ」とのことなので、そちらの方もご覧になっていただければと思います。（近日アップ予定？）

いわさき

班会議

2011-12-13T21:01:00.000+09:00

九州大学の佐渡さんのところで仕事をしております坂口と申します。X染色体不活性化の分子機構を解明することを目標に仕事をしております。このブログに文章を投稿することになりまして，今度とも宜しくお願いします。
平成23年11月25日―26日に東京大学で班会議があり，昨年（2010）に引き続き出席させていただきました。偉い先生方がお越しになられていましたが，とてもフランクな雰囲気の中で執り行なわれて，大きな学会には無いものでした。
一日目；武田先端知ビルというところが会場でした。発表が始まると，なぜか同じスライドが左右2つ並んで投影してあり，右のスクリーンを見ながら説明を聞いていても，レーザーポインターで示してくれない。で，ふと左のスクリーンに目をやると，ポインターがせわしなく動いていてそれに気づくまで数分間。当然発表者はどちらかにだけしかレーザーポインターをあてられないですが，発表者によって左か右かが変わるので，どっちを見なくてはならないのか，始めの一歩が肝心でした。そして，座長が佐渡さんに代わり，ある発表が終わったあと，数秒間の沈黙。あれ？座長は？と思った瞬間，佐渡さんが慌てて壇上へ。久しぶりに慌てる姿を見ました。続いてポスター発表。non coding RNAのテーマとはちょっとずれた研究内容について発表させていただきました。興味を示してくれた人に感謝です。一日目の終わりの懇親会。お酒が入りながらのポスターの説明は，シラフの時でさえまともな日本語をしゃべれないので更に拍車がかかり，何を言っているのか自分でもよくわからなくなり，今後の課題としようと思いました。懇親会後は，東大の中の洒落たBARと学外の居酒屋に行きまして，普段なら朝4－5時までのところ，佐渡さん，N山さん，Deレックさん，ジンムさんが次の日に発表ということで，おとなしく12時にお開きとしました。
二日目；きれいな銀杏並木を見ながら会場である工学部の講堂へ向かいます。講堂へ入ってスクリーンを見ると今日は1つ。これなら惑わされなくて済みます。発表は滞りなく進行し，時間はプログラムどおり，ほぼ定刻。会議終了後は，飲み会に誘っていただき，これからという時に，飛行機の時間の関係で18時半においとましました。
今回が2回目の班会議出席ですが，昨年同様non coding RNAの分野は現在とても熱く，そしてこれからもっと熱くなるのは間違いなく，時代の流れに乗り遅れないようにしなくては，と思いました。
来年は佐渡さんが世話役とのこと，サポートがんばります。

9th Tokyo RNA club

2011-12-09T08:59:00.004+09:00

第8回 Tokyo RNA Clubの熱気もさめやらぬまま、来週月曜日（12月12日）は第9回 Tokyo RNA Clubが開催されます。第8回のレポートは近日中にアップされるはずです。というかI君、S君、早くアップしなさい。早くしないと領域代表に言いつけるぞお、と小学生みたいな脅しをかけときます。

今回はChandra Kanduriさんの紹介です。

長鎖ノンコーディングRNAの生理機能として最も良く調べられているのは、エピジェネティックな発現制御に関わる一群の遺伝子でしょう。この研究分野のさきがけとなったのはX染色体の不活性化を制御するXistで、これはもう超有名なスーパースター、印籠を見せるだけで人々がひれ伏す水戸のご老公なのですが、助さん格さんなみに有名なのが、インプリンティング領域から転写されている長鎖ノンコーディングRNA、AirnとKncq1ot1です。

母方のゲノムと父方のゲノムで遺伝子の発現が違う、いわゆるインプリンティングを受ける遺伝子座は現在マウスで100ぐらいが知られていますが、興味深い事に、そのような領域ではしばしば長鎖ノンコーディングRNAが転写されています。AirnはII型のIGF受容体のアンチセンスRNAとして、Kcnq1ot1は電位依存性KチャネルのアンチセンスRNAとして、それぞれ同定されていますが、どちらもその領域の母方、もしくは父方ゲノム特異的な遺伝子発現を制御しています。KanduriさんはKncq1ot1遺伝子についてこれまで詳細な解析をしてきており、レポーターのベクターを用いてインプリンティングに必要なドメインを同定してきたり、そのノックアウトマウスを使った解析をしてきたり、最近ではKncq1ot1がクロマチン制御因子であるG9aやPRC2と相互作用していることを示したり、と、まさにKncq1ot1とともに歩んできた、方であります。長鎖ノンコーディングRNAはクロマチン制御因子をゲノムに呼び込むことで遺伝子発現制御をしているーこの考え方は最近広く受け入れられつつあると思うのですが、そのアイデアの確立に、間違いなく大きな貢献をされたのが、Kanduriさんであるといって良いかと思います。

ちなみにKncq1ot1って、どう読むのでしょう。僕自身は「けーしーえぬきゅーわんおーてぃーわん」と言っていますが、見るからに舌をかみそうな名前ですよね。ところが不思議なもので、けーしーえぬきゅーわんおーてぃーわん、けーしーえぬきゅーわんおーてぃーわん、けーしーえぬきゅーわんおーてぃーわん、と念仏を唱えるように繰り返していると、いつの間にかこの名前がしっくりと来るようになるのです。九九を覚えるようなものですね。で、やっと覚えたこの名前、Kanduriさんが全然違う呼び方をしていたら、、、ちょっとショックです。

ちなみに、Kncq1ot1は転写産物が大事なのではなくて、その領域をRNA polymerase IIが走ることが大事だ、と言っている論文もあります。Kanduriさんらのノックアウトマウスを使った論文やクロマチン制御因子との相互作用を示した論文を真っ向から否定しているような論文ではありますが、実際のところ、転写産物そのものが大事なのか、転写されること自体が大切なのか、を見分けるのは非常に難しいことではあります。この論文では例のごとくRNA干渉を使ってKncq1ot1（ほら、すらっと言えたでしょう？）をノックダウンしているのですが、一体真実はどうなんでしょうか。Xistについても、これだけ論文が色々発表されているのに、まだ統一見解が出ていないところも色々とあるようです。学問とはかく奥深し、といったところでしょうか。

その他にも、第9回Tokyo RNA Clubには様々なゲストが来られます。小さなncRNA関係では、Elissa Leiさん、Isidore Rigoutsosさん、Markus Hafnerさん、と、あれっ？どこかで聞いたことのある名前だな、という方々がわんさかわんさか。国内からは東工大の相澤康則さんが来られます。懇親会もありますし、皆さんぜひお越し下さい。

中川

出張ダイエット失敗。

2011-12-03T13:44:00.006+09:00

　先週、領域会議がありました。九州から久々に東京（地元）へ。そして約1 kg太りました。20代前半とは一線を画す基礎代謝の低下を感じる今日この頃、微々たる変化とはいえ侮ることはできません。そもそも出張すると普段とは寝食のリズムが多少変わるので、体重の増減（しかも1kg）など所詮誤差なのかもしれません。が、実験室を往復するのと出張、どちらの方が運動量が多いのか、に加え、ちょっとした心掛け次第で出張ってむしろ痩せられるんじゃないか、と気になってきたので、ゆるく振り返って考えてみます。

　一日目

　海外Q州から東京は遠く、飛行機での移動。フライトは8:00。福岡空港は市街地に本当に近いのでチャリで行く事が出来ます。（約25分の運動。）何だかんだで出発ギリギリの時間に保安検査所に行くと、そこは朝ラッシュによる長蛇の列。うっかり受付時間を過ぎたにもかかわらず運悪くCAさんに絶妙な放置プレイをかまされた結果、

「お客さまこちらです」という名目の300 mダッシュを要求される。ダッシュはラボではそうそうできる事ではないので、大変良い運動でした。

　当然朝ごはんなど食べてないわけですが、極度の飛行機恐怖症である私は登場と同時にすかさず発作発動。それにより食欲はほぼ0、空港で買ったスタバのラテしか飲めない。大変良い食事制限でした。

　無事東京につき、気付けば昼ということで、東大近辺のパスタ屋へ。ランチセットにはサラダが付いてきました。空腹時に糖度の高いものを食べると一気に血糖値が上がって何か良くないらしい、しかし、花田勝がちょっと前にテレビで言っていた「サラダとか野菜の後にメインディッシュを食べる、これで自分は痩せた」という言葉を頑なに信じる私はサラダを食べきった上でパスタへ。ここで食べ過ぎは禁物（というか発作の影響が残りまだ微妙に食欲なし）なのでお残しする（パスタさんごめんなさい）。というかそもそも一人前って普通の女子には量多いと思います。何はともあれgood jobな判断。

　その後会場に着くも、ミーティング開始まで約１時間の空きがあり、すかさず、東大内をうろうろする。約40分の散歩。

　そして、いよいよ班会議が始まり、色々なアツいお話が始まる。どんなに喋り手がうまくても発生させてしまうふとした聞き逃し、聞き間違いはするまいと、緊張感を持って集中。糖分消費＠脳。

　また、ポスター発表をきっかけに、brainstormingしていただいたり、motivateされたり、自分の説明下手さと圧倒的な勉強不足に凹んだり、他の人のポスターを見て励まされたり、わくわくしたりしました。糖分消費＠脳。

　ここまでとってみれば、体の運動量、メンタルおよび頭の運動量、摂取量ともに、ダイエッターの私には非常に素晴らしい内容が続いていました。

　明確な異変に気付いたのは、佐渡さんが座長をし始めた頃ぐらいのことでした。

　くしゃみが止まらない。

　最初は、普段とはちがうホコリの存在するであろう環境に対して、軽いアレルギー性鼻炎反応が起こったものと思っていました（ネコ、ホコリに抗体有）。が、コレはちょっといつもとは違った頻度のくしゃみ。くしゃみってこんなに出るものなのか？そう言えばのども…痛いっていうんじゃないかコレは…、アレ、そう言えばなんかダるい気が…。

　というわけで風邪でした。

　もう体重どころじゃない。病弱な私にとって、風邪等の体調不良が起こった場合の対処は、すみやかに完治させるために寝食リズムを万全に整える方向にpriority siftすること。

　即ち、風邪からくる食欲不振への対抗策として、ごはんをしっかり食べる、が含まれるという悪夢のシチュエーション。

　絶望一直線と思いきや、しかし、素晴らしい事に、くしゃみは意外とカロリーを消費するのです（ってテレビで言っていた気がする）。google先生に聞くと、2~4 kcal/回はあるんじゃない？的な（不確かではある）検索結果が。と言う事で安く見積もってもかなりの運動をしたはず。牛乳が嫌いな私はもうくしゃみで肋骨折れるんじゃないか、と心配しましたが杞憂でなによりでした。（500 kcalの消費）

　さりとて、せっかくの会を風邪にかまけてぼんやり過ごしてはもったいない、と、ときどきこっそりホールで一人鼻をかみまくって休んだりしながら、楽しい懇親会をとても楽しく過ごし、二次会へ。東大のオシャレ・barは大変オシャレで、こんなん学内にあるなんて、やっぱ東大はすごいんだな…、と思いながら、N先生の絶妙な話さばき、つっこみを拝見したり、天皇陛下の先祖に近しいと思しき方に謁見したり、プラナリアは水が汚いと溶ける、というすばらしい情報を手に入れたり、大変楽しく（メンタルは）元気になれるような時間を過ごしました。しかし、風邪は一向に良くなるはずもなく、あえなく3次会は辞退。無念。

　さて、夕食のカロリーは、懇親会は揚げ物をやや控えたのでまぁまぁ抑えめな感じに。しかし、二次会で脂質分の高い豆類を食べ過ぎた気が。いやしかし酒にはつまみがどうしても欲しくなると思います。ビールとフレンチフライを過剰摂取してもまったく太る気配のない佐渡さんが激しくうらやましいです。

二日目

　風邪をひきずりつつ、引き続きアツいお話を聞く。糖分消費＠脳。

　昼食はあきらかに東大生以外の人だらけの食堂で赤門なるものを食す。風邪で味が分からない。しかし、トウガラシ的なものを感じたので、とりあえずカプサイシン的効果はあったものと信じる。

　のどがアカン感じになっていたので、常時のど飴を投入し続けた結果、200円くらいで袋いっぱい入っているのど飴を一日で完食。意外とすさまじいカロリー。コレはいけなかった。

　無事会は終わり、帰る前に飲み屋に誘っていただき、そこはかとなくカロリーは低いが栄養のありそうなものを食べつつ、田畑の手入れは重労働という話や、キャッチなタイトルで人を引き付ける事は生き抜く上でとても大切だと言う貴重なお話を聞く。

　そして、飛行機へ。

　いそいそとチャリをこいで帰宅（約30分の運動）。大変良い夜運動でした。

　反省すべきは、家に付いた後に食べた、持って行ったにも関わらず食べなかったおやつたちでしょうか。まぁでも風邪なので仕方ない。

　雑感を混ぜつつまとめてみると、

・出張すればそれなりにいつもより運動量が上がる気はする。

・しかし夜は飲むので、普段は気をつけている深夜の摂食行動に繋がり危険。

・原因は特定できないがとりあえず今回の出張では太った。

・ダイエット中に風邪をひいてはいけない。

・そもそも、普段ラボに居る時も、実験量ややり方次第で運動量は変わる。ベンチは座ってる事も多いが激しく動きまわる事も意外とある一方、出張先では移動の労力を除くと、目的地到着後は座って話を聞いている時間が割と長い。

　ということで、本題であっただろう、ラボに居るのと出張するのとどっちが痩せる要因が多いのかについては良くわかりませんでした。

　ちなみに、鼻水と帰ってきてから現れた咳の症状は若干長引き、居室の隣の人、向かい側の人、斜め前向かい側の人、二つ後ろの人が、のどの痛みを訴えたり、妙に咳込んだりしている気がするのですが、自意識過剰や被害妄想等は体に良くないし、一応謝罪もしたので、あまり気にしない事にします。私は元気です。

　なにはともあれ、班会議はinspireされる事が本当に多く、とても充実し、楽しい時を過ごす事が出来ました。こんな中学生みたいな感想書いていいのかと思いつつ、来年の会議もスムーズに運営されるよう、必要な場面でしっかり働こうと思います。

九大・生医研 D1 酒田祐佳

Tokyo RNA clubまつり

2011-11-30T21:25:00.005+09:00

師も走る１２月になりました。１２月と言えば分子生物学会、分子生物学会と言えばTokyo RNA Club。今年も豪華ゲストを招いて信濃町は慶応大学でTokyo RNA Clubが豪華に、しかも２週連続で開催されます。第一弾は１２月８日。メインゲストはDavid BartelさんとValerio Orlandoさん。第二弾は分子生物学会前日の１２月１２日で、メインゲストはMarcel Dingerさん、Chandra Kanduriさん、Elissa Leiさん、Isidore Rigoutsosさん、Markus Hafnerさんです。第一弾の方は分子生物学会とは直接関係ありませんが、第二弾のゲストは学会のシンポジウムの招待講演者でもあります。

さて、このうち、MarcelさんとKanduriさんは学会最終日の午後という、おそらくものすごく集まりが悪くなるであろうシンポジウムで話をされるので、ちょっとここで宣伝を、、、

まずは今回はMarcelさんから。実は今回のシンポジウムでは、Marcelさんの元ボスであるJohn Mattickさんが来られることが決まっていたのですが、年明けにシドニーにある研究所のヘッドになる話が急に決まったとかで、ブリスベンからの引っ越しやらなんやらで、てんやわんや、すまん、本当に行きたかったのに、と、いわゆるひとつのドタキャンをされてしまいました。まあ大御所には良くある話だよねー、というのは、そういう面もほんのちょっとはあるのかもしれませんが、こればっかりは仕方がありません。それよりも、エコノミーでスイマセンというお願いにも関わらず、行く！行く！！絶対行く！！！サンキューベイビーと、最初は言ってくれていたJohnさんに、僕自身は深く感謝しています。

Johnさんがキャンセルされたということで、他に誰か良い人はおられますか？と聞いて、間を入れず推薦されたのがMarcel Dingerさんです。John Mattickさんという方は、長鎖のncRNAの研究の業界ではちょっとしたlegendになっているにちがいないと思うのですが（僕自身は業界歴が短いので定かではありませんが）、それほど長鎖ncRNAが人口に膾炙していなかった頃から盛んにその重要性についてちょっぴりprovocativeな主張をしておられていて、ようやく最近になってその予言が多くの研究者の結果、特に大規模ゲノムワイドな解析のちょっぴりprovovativeな結果によってサポートされるようになってきていて、そういう意味では、間違いなく僕の中ではscientific heroです。ただ、実際にあったことも無いし、論文しか読んでないし、というか総説しか読んでいないし、でも一目会いたい、会って話をしたい、その夢がもう少し叶うというところで、、、お楽しみはまたこの次です。

とはいえ、このMarcelさん、これがまた論文でしか名前を知らなかったのですが、Johnさんのところから出てくる論文には必ず名前が二番目か三番目に入っている、ということで、ずっと脳内旧知の仲の人でした。これまでにも何か機会があれば日本に来てもらいたいなあと思っていたいたので、ひょうたんから駒、ではないですが、Johnさんの代役なんていったら役不足！かもしれません。Johnラボのバイオインフォマティクス解析を一手に引き受けていたのがMarcelさんで、今の時代、そういう人がどれだけ貴重な存在になりつつあるのかは、自分でプログラミングをして挫折した人ならとても良くわかると思います。１００行のスクリプトを書くのはngオーダーのエタ沈より百倍難しいです。石器人にとっては。

このMarcelさん。実はホームページもFacebookのページもこっそり公に持っておられます。WikipediaなんかもncRNA関連の管理人になっているみたいですね。今風に言えばクラウドnativeとでもいうのでしょうか。ラボに居たらピペットマンとピンセットしか握らない僕からすると、完全に新感覚の人です。ですので、とっても楽しみ。世代的にも極めて若いし、ぜひぜひ、若い人も、そうでない人も、Tokyo RNA Clubに、また、分子生物学会の最終日のシンポジウムの方に足を運んでいただければ、と思います。

次回は、もう一人のシンポジウムの海外招聘講演者、Chandraさんのお話です。

ちょっとその前に、つい先日行われた領域会議の感想戦が、学生さんとか、ポスドクさんとか、あたりから、ある、はずです。

中川

ポスドク募集！！！！！！！！って

2011-11-17T21:09:00.005+09:00

海外ポスドクの話題が出ていましたが、海外から日本へ、熱い視線のポスドク募集がちらほら来ています。

このあたりとか、このあたりとか。前者は僕の知り合い、後者はムッキーこと筋肉ムキムキN山さん（伏せ字の意味なし）の知り合いです。ですので一応公式（？）ブログのここに貼付けても良いかな、と。

　海外に限らず、ポスドク先を探す場合、大きく分けて自分で何らかの奨学金に応募して行く場合と、先方の研究室の人件費（ポスドク用経費）を当てにしてゆく場合の二つがあります。僕の知り合いはほとんど前者ですし、僕自身も実際そうでした。別にこれは奨学金とれたぜベイビーなどと中学生でもしないであろう自慢をしたい訳では全然なく、むしろ僕自身のことを振り返ってみれば、「ポスドク募集！！」という広告を出している研究室に飛び込むだけの勇気がなかった、ただそれだけのことのような気がします。往々にして、ポスドク募集をしているラボというのは、ポスドク候補の学生さんが見向きもしないラボなんですよね。っと、大失言かもしれませんが、数年前大々的にポスドク募集をしていた僕自身が言うのですから、一厘の真理ぐらいはあるでしょう。飛ぶ鳥を落とす勢いの研究室には、次々とポスドクに行きたいーっつ！！というラブレターが殺到し、山積みにされ、２、３週間興味を持たれずに放置されれば地層的にはオルドビス紀ぐらいまでいってしまうと聞き及んでいます。そういったラボには勿論ポスドクを雇用するに十分な予算がある訳ですが、その多くは、得体の知れぬ新人ではなく、奨学金を持ってきて研究していたけれどもその期限が切れてしまった、でもぜひうちで継続して研究してもらいたい、という人を雇用するために使われている、従ってポスドク募集のような広告をわざわざ出さない、というようなイメージがあります（まちがっていたらごめんなさい、というか例外多数あると思いますが）。ポスドク募集！！！のびっくりマークの数に応じてブラック度が増すと言いますか、ちょっとヤバそうな雰囲気を勝手に想像し、知らず知らずのうちに避けてしまうという心理効果が働くが故に、ポスドク募集！！！！！！という広告の出ている研究室にポスドクで行った知り合いがほとんど居ない、ということになっているのでしょう。

　ポスドク募集！(n)の広告を出すラボというのは、然り而して、立ち上げてほやほやのラボが実に多い気がします。そこに行くというのは、ベンチャー企業に就職するのと似たところがあるのかもしれません。ハイリスク・ハイリターン。といけば良いのですが、ハイリスク・ノーリターンだったりして。っと、大失言かもしれませんが、数年前大々的にポスドク募集をしていた僕自身が言うのですから、二、三厘の真理ぐらいはあるでしょう（しつこい）。

　誤解されないように最後に補足しますが、ポスドク募集！(n²)の広告を出しているラボは、切実に一緒に仕事をしてくれるメンバーを渇望しているのは事実だと思います。お金は寂しがりやだから金持ちは益々富むわけですし、ポスドクも寂しがりやだから大きなラボはますます膨張するのかもしれません。だからといって、小さなラボが面白くない訳では決して無い。とうちのラボの披露目をしている場合ではありませんが、興味がピタリと合うようならば、どんどんそういうところに飛び込んでいっても良いと思います。お金を自分で持っていこうが、先方のお金で雇用されることになろうが、ポスドク先で微分不可能な成長を遂げて脱皮しなければいけないのは変わらない訳ですから。

中川

うらやましい論文

2011-11-13T08:31:00.007+09:00

ついに、というか、満を持して、というか、噂の論文が世に公開されました。

転写因子の分野の大御所、Rosenfeld研からの仕事です。

普通にウェブで公開されているのでその図を貼付けても良いのでしょうが、いちおう書き直したまとめがこちら。もっとまともな図はリンク先をご覧ください

ポイントは、血清刺激によって発現がオン、オフされる一群の遺伝子がある訳ですが、それらの遺伝子座がポリコーム体と核スペックルという核内構造体を往復することによって発現制御がなされている、というところです。しかも、その際にPC2と言うタンパク質のメチル化のオンオフが伴っており、それぞれの核内構造体に存在するノンコーディングRNA、TUG1とMALAT1が遺伝子発現制御に必須の役割を果たしていることを示しています。遺伝子座そのものを核内で移動させることによる転写制御があり、そこにノンコーディングRNAが関わっているという、非常に興味深い報告です。

　正直言って、こういう仕事を出したいなあ、とおもっている論文を他のラボから出されてしまうと、とても悔しいですね。遺伝子の機能と、分子レベルのメカニズムと、そして細胞生物学レベルでの知見がぴたりと合うような仕事というのは滅多にお目にかかれるものではありません。Gomafuもこういう形でまとめられれば良いのですが、、、

　ただ一点、どうしても引っかかるのは未発表のMalat1のノックアウトマウスの表現型で、これがいまのところ何一つ見えていないのですね。僕の所を含めて世界で３ラインほど作られているようですが、どこも同じような状況のようです。これをどう考えるのか。Malat1の劇的な機能を示した論文は以前ここでも紹介したPrasanthらによるものなどありますが、いずれも培養細胞株を使ったものです。培養細胞、特にガン由来のものではMalat1は過剰発現している傾向にありますから、細胞株になるときにMalat1の機能が必要だった、だから細胞株でMalat1をたたくといろいろな表現型が出てくる、という解釈をすることも出来るかもしれません。

　もう一つの可能性は、これはつまらん方の可能性ですが、核内にAgo-siRNAの複合体を「異所的に」持ち込んでしまうことによる二次的な影響です。siRNAは高等真核生物においてはヒストンのメチル化等は引き起こさない、というのがコンセンサスになっていると思うのですが、特に核内に大量に存在するMalat1ようなノンコーディングRNAに対してsiRNAを使った場合、本来核内には「無い」はずのAgo-siRNAの複合体が、核スペックルなり、なんなりに異所的にたまってくることが予想されます。そうするとなにか別のことが起きないのかな？という気もしてくるのですが。高等真核生物においても「siRNA (miRNA)ーエピジェネティック制御」があるのではないか、という可能性は、有名雑誌に掲載された論文がリトラクションされたこともあり、完全に無視されている状況ですが、あの話にも一分の真実は含まれていたのかもしれないと、思うこともあります。

　核内のノンコーディングRNAに対してsiRNAを使うのが本当に正しいアプローチなのかについては、いちど、きちんと検証してみなくてはいけないと思っているのですが、なかなか手が回らないのが現状。。。です。

中川

行くゼ海外

2011-11-01T10:55:00.002+09:00

こんにちは、河岡です。中川さん、泊さん、三嶋さんがそれぞれ海外留学について書かれた、
「ああ海外 (http://ncrnablog.blogspot.com/2011/01/blog-post.html)」
「されど海外 (http://ncrnablog.blogspot.com/2011/01/blog-post_15.html)」
「やはり海外 (http://ncrnablog.blogspot.com/2011/01/blog-post_19.html)」。
実際に海外留学をされた先達からのメッセージに引き続くかたちで、海外留学を決めたいち学生の目線で「行くゼ海外」を書いてみようと思います。数年経てば状況がまったく変わってしまう昨今、リアルタイムの情報が役に立つことがあれば幸いです。

僕は、来年3月に卒業してすぐの4月から、アメリカはニューヨーク州ロングアイランドにある某非営利研究所の研究員として、がんを研究することを決めました。海外留学について具体的に考えはじめたのは博士課程に入ったときです。僕は5-30年くらい先までものごとを妄想する性質があるので、海外留学をするかどうか、というよりは、博士号を取得したあとにどうしよう、ということを考えたときの選択肢のひとつとして、という感じでした。最初のころの悩み方は、ざっくり述べると以下のような感じです。

(1) 国内か国外か
(2) 分野を変えるか変えないか
(3) ビックラボかスモールラボか
(4) ポスドクか、(あれば)よりパーマネントっぽい職か
(e.g. 国内で分野を変えずにビッグラボでポスドクをする)

まあ、僕のぐだぐだした思考回路をたどってもしかたがありません。しばらくして、悩み方がおかしいことに気がついて、最終的には、以下のような結論にたどり着きました。

「エキサイティングでさえあれば」
(1') 場所はどこでも良い (どの場所でもできる!!)
(2') 分野は何でも良い (どの分野でもできる!!)
(3') ラボの規模もどうでも良い (アクティビティはラボの規模に左右されない!!)
(4') いまは定着する時期ではなく、来るべきときに向けて地力をつける時期 (少なくとも現状維持を優先するときではない!!)

エキサイティング、というのはあらゆる意味においてです。僕は単純なので、海外留学に単に憧れていました(海外生活かっこいいじゃん、くらいの)。なので、単純にそういうレベルのエキサイティングさだけを求めれば、海外に行こうぜ、となるわけです(実際はそうは単純にはいかないですけれど)。分野は、経験値なんて考慮しないで考えれば良いし、規模なんてどうでもいいです。4)はちょっと性質が違いますが、今回は置いておきます。定着=守り、ということではまったくないです。

結果的には、留学先はほんとうにゼロベースで探した、と言って良いと思います。フェローシップをもって、ということを決めていたわけでもないので、いわゆるひとつの「ポスドクハント」をしたと思います。

(a) 興味のある大学や研究所をリストアップ
(b) 生物系のファカルティのページは「全部」みる
(c) ファカルティページに少しでも興味をもったら論文を最低1報読む
(d) イイ、と思ったら、「本気でラボに参加する気になって」、その町をgoogle mapでみて、不動産情報や物価なんかを調べて、生活を想像してみる (これは僕にとってはかなり重要なプロセスです)
(e) 時によって気分が変わるので、同じプロセスを最低3回は繰り返す
(ファカルティ単位でいったら100以上はチェックしたと思います)

ちなみに、より深くチェックした「分野」は以下です。
相互排他的ではありませんが(実際、僕のやりたいサイエンスはある一群に集約されています)、ざっくりとしたイメージで分けました。しつこいですが、ここでも、各分野を本気でやるつもりで結構勉強しました。具体的には、レビューを読んだり、和書を購入したり、その分野のひとの話を聞いたり、です。要するに自分がどんな問題にアプローチしたいか、ということを考えたわけで、このプロセスでだいぶ自分の興味の指向性を知ることができました。

(い) 非コードRNA (small RNA)
(ろ) がん
(は) システムバイオロジー
(に) 生殖細胞/幹細胞
(ほ) 神経科学
(へ) 発生

加えて、用いる生物も熟慮しました。これも、決断前にじかに見ていない生物はいません。やっぱり好きな生物でないと、と思っていたわけです(最初はいちばん嫌だった(iv)をやるという奇妙)。実際に見学をさせてくださった国内のラボがいくつかあります(本気で国内、と思って見学を積極的にしていた時期もあります)。ありがたいことです。

(i) ゼブラフィッシュ
(ii) 線虫
(iii) キイロショウジョウバエ
(iv) マウス

最終的にアプリケーションを送ったファカルティは6つ((ほ)と(へ)、そして(i)以外)。ひとつはまったく返事が来ず、ふたつは少しのメールのやりとりでダメ、ひとつは結構長い間メールしていたけどダメ、ふたつは面接に呼んでくれて、また、オファーをくれました。面接に至るプロセスも二者二様。かなり性質の異なるふたつのラボでかなり悩みましたが、これまで自分が考えてきたプロセスをきちんと見直して、決断をしました。国外で分野を変えてスモールめのラボでポスドクをする、マウスでがんをやる、と、こういうわけです。

思い返してみれば、自分はこのプロセス自体を楽しんでいたように思います。また、このプロセスそのものによって自分が成長したと感じました。かなりいろんな分野の知識が入りましたし。結果論から言えば、自分のビジョン/ポリシーに照らして自ら自分の人生の舵をとる限りにおいては、悩み(1)-(4)なんてどうでもいいのだと心から思いました (誤解を恐れず言えば、この時代、海外留学自体はすごくもえらくもなんともないと思います)。情報と選択肢が溢れ返っているからこそ、ビジョン/ポリシーを持つことが最も重要だと再認識しました。

大事なこと。自分ひとりで考えたみたいに書いていますが、いろいろな方々のサポート/後押しがあっての決断でした。また、こういう方向に思考したのも、当然環境依存的であったと思います。感謝してもしきれません。

各種情報が欲しい、もっと詳しい話がききたい (エキサイティング、の他にも、向こう15年を考えたときに、といういわゆる戦略的((4)に関連)な理由も結構ありました)、という方がいましたら、遠慮なくご連絡ください。来年度以降、この領域で培った経験を活かし、活躍の報を届けられるように頑張ります。

河岡

公募研究

2011-10-13T11:21:00.004+09:00

当領域では現在2回目の公募研究を募集しています。中川さんの言うとおり、様々な研究者との、(それこそお酒を飲みながらの)何気ないほんのカジュアルな会話が発端となり、自分一人では気づかなかったような新しい考え方や手法、ひいては自分一人では到底なし得なかった様な共同研究につながることは決して珍しくありません。このような交流こそ、グループグラントの一番の醍醐味であり、領域終了後にもずっと残る大きな財産となると思います。「非コードRNA」をキーワードとして、ぜひぜひ幅広い分野からの新しいアプローチを用いた意欲的な公募提案と、1+1が3にも10にもなるような新しい交流を、心よりお待ちしています。

領域代表

泊幸秀

公募の季節

2011-09-30T06:06:00.001+09:00

せっかく再会したカイコの連ドラの直後の投稿すいません。旬のある話なので、、、ぜひページの下の方のエントリーの方から先にお読みください。

さて。

世の中の至る所に壁はあります。我々の業界ならば、まずは自分の心の壁、研究室の壁、研究領域の壁、分野の壁、などなど。かつては助手、助教授、教授、と同じ箱の中でキャリアを重ねながら研究を進めてゆく文化もあったようですが、このごろではそのような道筋を辿る人はかなりレアで、いろいろな研究室で経験を積んでゆくことが、己の視野を広げるためにも、また自分の関わる分野を発展させるためにも必要である、ということが広く受け入れられつつあるような気がします。そもそも研究室を変わらなかったにせよ、次々と開発される新しい技術なり解析手法なりを積極的に導入してゆかなければ、なかなか新しいことが分からないというのが現実です。また、いろいろな研究室を渡り歩いて多様な文化を吸収したとしても、いざラボを持ってから自分の研究室の中に閉じこもってしまったら何の意味もありません。

　いろいろある壁のなかでも、研究室の壁というのは意外と大きいような気がします。特に学生さんが１０人も２０人もいる大きな研究室の場合、その研究室の中だけでそれなりに多様な社会が出来てますから、あえて外に空気を吸いに出かけなくても息苦さを感じることは少ないかもしれません。メンバーが二人でお互い仲悪かったらいやでも外に友達を作るでしょうが。そういう剣呑な雰囲気でなければ、他の研究室の人と交流するとしても、せいぜいソフトボール大会や駅伝大会ぐらい、という人は珍しくはないのではないでしょうか。同じ学部であったり教室であったりすればその手の交流会で顔をあわす機会がなんとかあるにせよ、学部を超えて、さらには大学を超えて交流、ということになると、かなりこれは難しいことになってきます。

　交流というのは社交的な人の場合自然に生まれるものですが、人見知りが激しかったり、孤独僻があったりすると、そうそう生まれるものではありません。また困ったことに研究者には、自分がそうだから良くわかるのですが、そういう傾向を持った人が、またそういう傾向を持っていることをむしろ誇りに思っている厄介な輩が、特にオス個体で実に多い。交流の場というものを無理矢理にセッティングしないと、きっかけすら生まれないことが多いのが現実です。

　そういう意味では、新学術であったり、ちょっと前でしたら特定領域であったりといったグループグラントは、この上ない交流の環境を提供してくれているような気がします。お金に群がるだけなら樹液に群がるカナブンと変わりませんが、こちとら人間様。同じサイエンスを志すものが集まれば、やはりそこには様々な交流が生まれるはずです。かつて、RNAのアの字も知らなかった頃に特定領域のRNA情報網に参加させてもらって、どれだけ色々なことを教えてもらったか。大きなカテゴリーでは同じ分子生物学に属していても、それぞれの研究分野ではデーターの並べ方や実験の進め方に特定の作法があります。裏千家と表千家みたいなものですね。思いもしなかったテクを持っている人がいたり。自分の中ではほとんど役立たずと思っていた知識や手技が他のラボではどうやら役に立つこともあるらしいことが分かったり。当新学術でも、着実に共同研究の芽は生まれ始めているような気がします。

　秋、公募の季節です。どのような新しいメンバーが参加してくださるのか、今からとても楽しみです。僕自身も壁を越えて、色々なことに挑戦してゆきたいと思っています。

中川

カイコドラマチック(10)

2011-09-29T23:14:00.002+09:00

だいぶ間があきました。
コンプリートせずに終わるのもなんなので、不定期更新。。。
問題集はさいごの1ページを必ずやらない、というタイプでした。
宣伝ですが、トリミング論文オープンです!!ぜひご覧ください(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21925389)。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

今回は性染色体に由来するpiRNAのお話です。
カイコの性はW染色体という性染色体の存否によって強力に決定されます。
Wがひとつあると、Zがいくつあろうと雌になります。
そこで、多くの研究者が、「Wのには雌決定遺伝子がある！」と考え、精力的に研究を行ってきました。
ところが現在まで、Wに存在するはずの雌決定遺伝子はおろか、単一のタンパク質コード遺伝子さえも見つかっていません。
それどころか、Wに由来する転写物さえ、ひとつも見つかっていませんでした。

なぜか？実は、Wには厄介な特徴があります。
Wは、トランスポゾンや反復配列に占拠された染色体なのです。
Wの断片配列をのぞいてみると、トランスポゾンのなかのトランスポゾンのなかのトランスポゾンのなかにトランスポゾンがはいっている、なんていう、とんでもなく複雑ないれこ構造になっていることが分かります。
しかも、似たような配列が常染色体にも散らばっているために(トランスポゾンですねえ)、雌ゲノムDNAをゲノム解析に供してしまうと、配列のアセンブリが困難になります(なので、カイコゲノム情報は、雄DNAに由来しています)。

piRNAの多くはトランスポゾンに由来していますので、Wが実はpiRNAのソースなのではないか？というのはそう難しいアイデアではありませんでした。
そこでまず、雄と雌のpiRNAをシークエンスして、単純にその組成を比較してみました。
すると、見つかるわ見つかるわ、雌にたくさんあって雄には少ない、あるいはないpiRNAがやまのように見つかりました。
そして、それらは、Wに存在するトランスポゾンに由来することが多いことが、すぐに分かりました。
逆にいえば、piRNAの組成をみると、そのトランスポゾンがWにいるかどうかが分かりそうだ、ということをがいえます。

そこで、カイコの遺伝資源を活用しよう、ということで、Wが小さくなった系統とか、Wの一部が雄の染色体に転座した系統などのpiRNA情報をみることで、性を決める領域に偏って存在するpiRNA、トランスポゾンの存在を突き止めました。実は、これらのpiRNAがどのような役割を持ちうるか、ということに関しては、弱いながらも種々の傍証があって、それらを含めたもりだくさん論文を投稿していたのですが、蹴られに蹴られました。
piRNA屋さんにはカイコわからね、といわれ、カイコ屋にはpiRNAよくわかりません、と言われる感じで、もちろん、論文書きの能力のせいも(多々)あるのでしょうが、ぼこぼこでした。
しょうがないのでなるべくデータをへらして、メッセージをシンプルにして、もういいや、何部作、みたいな感じにしよう、ということで、ついこのあいだようやく第一部が受理されて、いまin pressです(領域のHPにはアップされています)。

いまだ謎だらけのW染色体ですが、piRNAという方向から、すこしだけその実体が分かってきました。はてさて、性を決める、という大きな能力が何によって達成されているか、というのはいつ分かるのでしょうか。。。

ほんとうはここで終わりかな、と思っていたんですけど、もうすこし書けることがありそうです。随時、不定期更新ということにします。

(たぶんつづく)

第７回 Tokyo RNA Clubが開催されました

2011-09-15T22:36:00.006+09:00

力のこもった宮田さんの投稿に続いて、もうひとり若手の会に参加した学生さんからのメッセージ、近日中に掲載予定です。

ちょっとその前に、、、

先日、東京は信濃町で第７回目のTokyo RNA Clubが開催されました。今回のホストはおなじみ慶応大学の塩見の春さん美喜子さん。お題は、侵略者への対抗策としての小さなRNA。ショウジョウバエでRNAサイレンシングがウイルスに対抗する「免疫」として働いているという一連の仕事をしてこられたUCSFのラウルさんのトークを皮切りに、農業生物資源研の吉川さん、名大の佐藤（豊）さん、川沿いの照英さん、いやUC RiversideのShou-weiさんたちが、背骨の無い生き物（含植物）でのRNAサイレンシングについて最新の持ちネタをいろいろ話してくださいました。小さなRNAの話は毎週のように新発見が相次ぎなかなかフォローしきれない、というか全くフォローしていないのが実情なのですが、たまにこのようにまとまった話を聞くと今更ながらそのアクティビティーの高さに驚いたり感心したり。長鎖のノンコーディングRNAもいつの日かそれだけでまとまった会が開かれれば、と常々思っていましたが、来る１２月の分子生物学会で、埼玉医科大学のリッキー黒川さんが長鎖ノンコーディングRNAの話題に絞ったシンポジウムを開催されます。ドンキホーテの８階で応援していたアイドルがテレビデビューするのを見るというのは多分こういう気分なのだろうなあ、と、何となく思っているのですが、それは余談。

Tokyo RNA Clubは元々は塩見春さん美喜子さんの声かけで首都圏のRNA研究者が定期的に集まって親交を深めましょう、その中でなにかしらの文化が生まれれば良いですね、という趣旨で始まり、今のところ日本で開催される何らかの学会や研究会に来日された海外ゲストとの親睦会を兼ねた国内の若手研究者の登竜門、みたいな感じで回が重ねられているようです。一昔前は海外のゲストと本当の意味で膝を突き合わせて話をする機会などというのは良くて一年に一回、僕自身の大学院生活を振り返ってみても２、３回しかなかったような気がするのですが、このごろでは様々な催しで海外の一流研究者の息遣いを間近に感じられる機会が圧倒的に増えてきました。非常に素晴らしいことだと思うのですが、そのぶん希少価値は薄れてきてしまったという見方もあるのかもしれません。とはいえ、研究者同士の交流に希少価値という要素を持ち込むというのも変な話ではあります。

大変個人的な話で恐縮ですが僕自身思春期を男子校というかなり異常な環境で過ごしたので、大学に入って同じ生活空間に女性がいるというその状況、ただその状況に舞い上がって、今から思えば何をあんなに必死こいていたのだろうと思う無理をあちらこちらで重ねていたような気がします。NHKラジオのフランス語講座のテキストも、毎年購入していました。４月号だけですが。かわいいもんと言えばかわいいもんなのですが、全ての行動基準が、本来の目的をはずれているというのは、あまり健全な姿とは言えません。さすがに大学院に入る頃にはそのような状況には慣れてきましたが、今度は逆にサイエンスにおける欧米という、また別の希少価値が待っていました。

希少価値に対するときめきというのは非常に大きなモティベーションにはなりますが、それほど長く続くものではありません。物事が当たり前になってから何が出来るか、何をするか、というところが結局のところ一番大事なことであるような気がします。良い仕事をされている方々の「凄み」というのは、日常の中で当たり前のように高いモティベーションを持続して持っておられるところだと思います。大学院に進学することも珍しいことではなくなってきましたし、博士号を取るということも、それほど珍しいことではなくなってきました。海外の研究者とも、機会を求めさえすれば、国内に居ながらにしていろいろ接触できる時代にもなってきました。Skypeなんてものもありますし。technology greatです。分かりやすい刺激が無いということは、むしろ本当の意味で自分のやりたいことを見つめるための、最高のコンディションなのかもしれません。

中川

RNAフロンティアミーティング2011（若手の会）と“脱皮”

2011-09-10T16:00:00.001+09:00

初めてこのブログに登場させていただきます。京大ウイルス研・大野研究室・博士課程学生の宮田淳美と申します。

私は、8/30から9/1まで、愛知で行われた「RNAフロンティアミーティング2011（若手の会）」に参加させていただきました。特別講演も入れて63個のトークがあり、うち39個は学生によるものでした。学生の皆さんの発表は、みな完成度が高く、同じ学生として大変刺激を受けました。また先生方のハイクオリティな質問が飛び交うなか、学生の皆さんも果敢に良い質問をしていて、すごいと思うと同時に、自分も頑張ろうという気持ちが生まれました。

私はM1で初めて若手の会に参加したときから思っていますが、学生の皆さんは、是非とも若手の会に参加すべきです。特に“質問する姿勢を身につける”という点において、非常に良いトレーニングになります。若手の会には学生の質問をencourageする雰囲気があり、周りが「我も、我も！」と質問しているのを見ていると、自然と「自分も質問したい（できる）」という気持ちになってきます。私は今回、M1で出席して以来、7年ぶりの参加でしたが、7年前と比べて、学生の皆さんが自ら質問する姿が自然になっていました。これはきっと、企画者の先生方が長い年月かけて、学生の皆さんをencourageしてこられた結果だろうと思います（質問することの大切さについては、November 4, 2010, 影山先生の「学会での質問」をご参照ください）。

さて、今回私は、中川先生からブログへの投稿を依頼していただき、「私だからこそ書けることは何だろうか」と考えました。“M1で初めて若手の会に参加してから7年ぶり”。先でこう書いたので、もうおわかりだと思いますが、私はD6です。そして実は、今回が初めての学会口頭発表でした。今回のブログでは、こんな出来の悪い、そして諦めの悪い私が、人生初の学会口頭発表を終えたいま考えていることを、中川先生が前回のブログ「夏休み」で書かれた“脱皮”という言葉をキーワードにお話ししてみることにします。

私は今回、「マウス細胞内における28S rRNA上に生じた紫外線損傷の修復」という演題で発表させていただきました。RNAには変異原によってDNAと同様の損傷が生じます。また変異が入ったDNAを元に異常なmRNAが合成されたりもします。これらの異常なRNAに対処する機構として、細胞はNMD, NSD, NGD, RTD, NRD etc…といった多様な分解機構を備えています。しかし修復機構については、まだ数例しか報告されておらず、Mammalにおけるin vivoでの報告例は見当たりません（もしご存じでしたら、教えていただければありがたいです。よろしくお願い致します）。私は今回、「マウス線維芽細胞（NIH3T3）に紫外線を照射したとき、28S rRNA上に紫外線損傷が生じ、その一部が修復されている可能性がある」という新しいRNA修復の現象を見つけたので、その解析結果をご報告させていただきました。そして皆様に興味を持っていただくことができ、光栄にも、ベストプレゼンテーション賞をいただくことができました。

しかし今回の報告に至るまでの日々は、本当に大変なものでした（私が「新しいRNA修復機構を見つけたい」と考えるに至った経緯や、今回の発表までに経験した苦労などは、いつか書かせていただく機会があるかもしれないので、今回は省かせていただきます）。

今回の特別講演でお話しくださった、渡邉嘉典先生と塩見美喜子先生のお話も、たくさんの素晴らしい研究成果の裏に多くの困難があったことがうかがわれるお話でした。また、美喜子先生がお話しされた、「Joan SteitzがFrancis Crickのラボに居たとき、Crickから『ベンチは男のものだ』と言われて、ベンチを与えてもらえなかった」というエピソードも、非常にショッキングなものでした。

しかし、先生方は、どんな困難に遭っても、研究することを諦めませんでした。
『知りたいことがあるから、とにかく諦めない。』

渡邉先生は、とにかく興味を持った“減数分裂”という現象を、どんな困難に遭っても諦めずに追い続けてこられたのだとわかりました。美喜子先生は、数年間のテクニシャン時代や、“結婚・出産・子育てと研究の両立”という難しい問題を経験されても、柔軟に対応し、かつ、ひたすら真摯に研究に打ち込んでこられたのだと感じました。Joan Steitzも、ベンチを与えられないという、あまりに酷い目に遭いながらも、研究をやめず、素晴らしい研究成果を発表し続けています。皆さん、なんとすごいのだろうかと感動します。

私自身も、自分のこれまでを振り返ってみて、「これまでよく研究テーマ・研究自体を諦めなかった」と思うほど辛かったですが、それでもなお今、「やっぱり、私はこの研究に出会えて幸せだ」と思っています。私に関していえば、もちろん自分に至らないところがあるから苦労してきました。でも、「やはり苦しい経験から何かを学んで、“脱皮”をして大きくなることこそに意味がある」、「またそういう姿勢を保たなければならない」というのが、私の得た結論です。「自分には能力が無いかもしれないけれど、それでも、この現象について知りたい」、「この現象を追究していくだけの研究能力を身につけたい」、今はそう思います。“脱皮”を繰り返しながら、少しずつでも大きくなっていけば、一生を終える瞬間までに、何かを成し遂げられているかもしれません。またこの世界について、自分なりの理解が深まっているかもしれません。研究することは、哲学を構築していくことに通じますから。

最後に素敵な話を一つ。
京大名誉教授の由良隆先生（1992年退官）、伊藤維昭先生（2007年退官）は、今も場所を探して、自ら実験されています。由良先生は、「老眼でよく見えないんだよ～」とおっしゃりながら、大腸菌プレートをつつかれていました。伊藤先生は、ウイルス研のRI室で毎日のように実験されていました。先生がRI室を使う頻度が高かったため、掃除当番が当たってしまうほどでした。さらに由良先生は、2007年にFirst AuthorでPNASに論文を発表されました。私が由良先生に「この前First AuthorでPNASに論文出されていましたね！すごいですね。」と言うと、「そうなんだよ～、これから面白くなりそうで。」とニコニコしていらっしゃいました。いつまでも研究に夢中な先生方の姿は、とても素敵でした。

私以外の学生の皆さんも、きっとそれぞれ、大変な辛さ、挫折感を味わってこられたことと思います。でも、私たちから見て完璧に見える先生方でも、中川先生のブログ「夏休み」からうかがわれるように、今なお一生懸命、成長しようと頑張っていらっしゃいます。由良先生も、伊藤先生も、今なお研究に情熱的に取り組んでおられます。私たち学生も、そんな先生方の背中から色々なことを学ばせていただきながら、どんな困難があっても諦めずに、頑張っていこうではありませんか！そして、まだまだわからないことだらけで、面白い発見がたくさん隠されているRNAの世界を、共に開拓していこうではありませんか！開拓には、困難に負けない強い情熱が必要です。

夏休み

2011-08-23T08:43:00.003+09:00

夏休みー学生さんを頻繁に見かける大学と異なり、理研などの研究所にいると夏休みなどの学休期間を実感することは少ないのですが、今年は節電の夏日本の夏の影響もあり、お盆から少しずらして３日間の一斉休業、仕事も実験もやらないでね、というお達し。半ば強制的に取らされた夏休みですが、またこういうときに限っていろいろ〆切を抱えていたりするものですが、せっかくですから羽を休めることも大切なことかと、、、

来週はいよいよ愛知県は大布で、RNA若手の会が開催されます。
いろいろな意味でこの会には大変にお世話になっていて、現在僕の研究室のプロジェクトの半分以上、いや、もしかしたら８割ぐらいが、この会がなければ無かった出会いによって支えられています。若手の会依存症か！とか突っ込まれそうですが、それだけこの会を最初に設立された方々の意思が高く、それだけの人が集まる会が続いている、ということに他ならないのでしょう。研究者は言ってみれば旅人で、多くの場合孤独な時間を過ごす訳ですが、砂漠の中のオアシスともいえる学会や研究会ででしばし羽を休め時間をともにし、また荒野に旅立っていくわけです。夏休み明けといえば、ある人は急に逞しくなっていたり、ある人は一体何があったのだろうとびっくりするぐらい大人びていたりして多くのサプライズがある訳ですが、多くの困難に出会った人ほど大きく変わるのは間違いありません。学生さんは脱皮を繰り返しながら成長して、学位を取ってポスドクというサナギになって、それからうまいこと羽化できれば晴れて研究者として羽ばたいてゆく訳ですが、中身をそっくり作り替えて一気に成長するサナギの期間、これは研究人生のなかで何回訪れるのでしょう？昆虫は人生で一回こっきりですが、願わくば何回もサナギになって（何回もポスドクをするという意味ではない）、大きなバージョンアップを続けていきたいものです。

中川

Outreach in Science - a follow up

2011-08-10T11:13:00.007+09:00

Derek Goto (Hokkaido University)

I wrote previously about some of the outreach activities were are involved in, particular the "Future Scientists Training Program" program that provides select high school students the chance to conduct research in a University lab for almost a year (original post). The term for the student we had has just finished, so I thought I'd provide some follow up!

I was a bit worried at first since I decided to give the student his own project different to other research in the lab, rather than just work together with current lab members. The advantage was that he would get the chance to set up and optimise the experiments and discover something new on his own, rather than something where we already knew the outcome or just helping someone else in the lab. However, the worry was also that the experiments might not turn out at all and he could be left with either negative data or no usable data at all. Fortunately the project turned out to be successful in the end and he ended up getting some very nice preliminary data supporting the original hypothesis!

A few weeks ago was the final presentation, which was held in the lobby of Kinokuniya bookstore right in the middle of Sapporo. This is an extremely public place, with big glass windows so even everyone in the street walking past could see what was going on, a pretty big hurdle for a high school student, but they all handled it very well!

One of the things that was great to see, was how he developed confidence about the project and himself over the course of the year. Several months ago he gave a small mid-term presentation within the university where he did a good job preparing the slides but was obviously nervous and had trouble interacting with the audience, particularly during the question session. It was obvious he learnt from that experience and I was quite surprised by just how much he improved. I thought he gave a very good talk and did a great job conveying the logic of the problem, what the data was and meaning, and also answering questions from general public. Obviously I wasn't the only one who thought so, because he won the "Best Presentation Award" by vote!

I'd like to think that we have managed to contribute to a young student becoming more interested in pursuing science, it would be great to see him at a conference or publishing something in 5 yrs time! It is important to remember that this has also been a great experience for myself and my lab members - nothing forces you to think about communicating science more than to mentor a high school student project while training them to explain their research in a public forum!

Fortunately, this program is ongoing and a new group of high school students have already been selected to start next month. Our lab was invited to act as a possible host again, which we happily agreed to. I have just found out that one of the new students chose our lab to join, so we will have another high school student joining us soon - will keep you posted!

thanks

2011-08-10T10:13:00.007+09:00

Derek Goto (Hokkaido University)

I was originally going to write about a different topic today, but realised I also wanted to say some comments about the recent RNA meeting, so this will be the first of two posts today!

First, I really want to convey my thanks and appreciation to everyone involved in organisation of the recent 2011 RNA Meeting (Kyoto, 14-18 June 2011). I thoroughly enjoyed the meeting, not only did I learn so much new information, it was a great chance for informal and stimulating discussions about our research both with old friends and new friends made during the meeting.

There were two things I was really surprised about for various reasons:
1) How smooth everything actually ran. Of course I couldn't see all aspects and sessions of the meeting, but one of the impressive things was how there never seemed to be any confusion about where to go and there was an abundance of helpful staff to guide attendees and provide support. I am also not aware of any instance of computer trouble in a presentation - at your average meeting I think at least one person ends up having some kind of trouble, considering the number of presentations at the RNA meeting, this alone speaks about how smooth things ran! Sure, there may have been some murmurs about amount of food, but it is important to put this in context with the actual cost of the meeting - it was extremely cheap relative to other meetings of similar quality. Considering the quality of the English-competent support staff and meeting venue, the fact that there was even good quality lunch and dinner, the fantastic final night banquet, and the abundant opportunities for interaction, I rate both the cost and quality of the meeting excellent!

2) The large international attendance
I was also very surprised to see such a large international attendance, particularly in light of recent disaster in the Tohoku region and ongoing concerns about safety. I am sure the organisers had to deal with a deluge of requests for more information and sudden changes in planned schedules etc. Considering other international meetings were cancelled this year due to loss of international attendance, the organisers did a stunning job to keep this meeting running. I was expecting only small international attendance, and I am not sure of the actual numbers, but it felt like at least 60% of attendees were from overseas. I am very grateful to overseas RNA scientists who made the decision to continue through with coming to Japan and attending the meeting. I certainly benefited from meeting new overseas RNA researchers, and I am sure this was an invaluable experience for students in Japan who were able to attend.

The meeting also served as a timely reminder for me about the importance of interaction. I had some great stimulating conversations with scientists from the UK that provided very helpful ideas for our research. I met them almost by chance - I noticed one of them looking at my poster when I walked past the poster hall during a lunch break, so I went up to them to explain that this was my poster and would be happy to explain or answer any questions either then or later. Even though they work on a different topic, we ended up talking a lot during the meeting and it turns out we have a lot of colleagues in common - not only did I gain much helpful discussion I also consider that I made new friends to look forward to meet again in the future.

My only regret from the meeting was that my students weren't able to attend. Fortunately there seem to be many opportunities for RNA scientists to interact in Japan, such as the upcoming RNA Frontier Meeting 2011. One of my students will be attending that, so please say hello if you see him there!

カイコドラマチック(9)

2011-08-05T21:25:00.002+09:00

こんばんは、河岡です。

さすがに書くほうもマンネリ化してきていますが、いつもコメントをくださる中川さん、影山さん、ありがとうございます。
続編を催促してくれた中條くん、キャッチャー木村くん、Dicerつつみくん、あたりがきっといつかコメントをくれる、そう信じての第9話です。

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in vitro編で簡単に説明しましたが、piRNAの生合成に関しては、Siomi lab、そしてHannon labから提示されたモデルが有名です。
そのモデルでは、ひとたびpiRNA複合体がつくられると、「最初のpiRNA複合体」は標的RNAを切断し、その切断反応によって「新しいpiRNA複合体」がつくられます(in vitro編ではまさに、「最初のpiRNA複合体」がつくられるしくみを明らかにしたわけです)。
つまり、piRNA複合体による切断反応に依存してpiRNAがつくられる、というモデルであり、これはping-pong model、あるいはping-pong amplification loopなどと呼ばれています。
これは必ずしも正確ではありませんが、「最初のpiRNA複合体」に含まれるpiRNAは「トランスポゾンをやっつけるためのpiRNA」であり、それによって切断されてできる「新しいpiRNA複合体」に含まれるpiRNAは、「やっつけられたトランスポゾンの残骸」、と理解すると、今回のお話は分かり易くなります。

さて、生体における「最初のpiRNA複合体」は、まったく別の視点から定義することができます。
じつは、カイコ、ショウジョウバエの卵には、母親から受け継がれたpiRNA複合体が含まれているのです。
人生、もとい、虫生を通してみたときには、

「最初のpiRNA複合体」＝「母性的に受け継がれたpiRNA複合体」

ということになります。

さて、カイコの胚発生を通したpiRNAプロファイリングの結果についてです(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21628432)。

カイコの受精後0時間の卵に由来するpiRNAを調べてみると、その殆どが「トランスポゾンをやっつけるためのpiRNA」であることが分かりました。
カイコの受精後0時間から、その個体ではじめて転写が起こるまでの6時間のあいだでは、piRNAの組成はまるっきり変わらず、「新しいpiRNA複合体」がつくられている様子は認められませんでした。

ところが、面白いことに、受精後12-24時間になると、急に一群のpiRNAが増えてくるのです。
調べてみると、その一群のpiRNAは、ある種のいくつかのトランスポゾンに由来するもので、まさに、「やっつけられたトランスポゾンの残骸」タイプのpiRNAたちでした。
よくよく調べてみると、これらのpiRNAがまさに切断反応によってつくられたものである、ということが分かりました。
これはまさに、生体でpiRNAがつくられていくさまを、タイムコースに従って観察できた、ということになり、これまで提唱されていたモデルが生体で起こっていることを強力に支持します。

さて、なぜ決まった時間に「やっつけられたトランスポゾンの残骸」タイプのpiRNAができてくるのでしょうか？
その答えはかなりシンプルで、一群のトランスポゾンの発現が、受精後12-24時間で活性化する、というものでした。
やっつけられるために発現しているようなものです。

さてさて、piRNA生合成ではなく、トランスポゾンをやっつける、という観点からみると、この研究はこうまとめることもできます。

母性的に受け継がれた「トランスポゾンをやっつけるためのpiRNA」は、子のゲノムから新規なトランスポゾンの発現が起こるのをじっと「待って」いて、トランスポゾンが出てくるや否や、そいつらをずたずたにしている。
免疫みたいですね。
母は偉大なり。

子のゲノムから新規に発現してきたトランスポゾンに対するpiRNAが準備されていない場合にはいわゆる雑種不妊が起こります。
母性的に受け継がれるpiRNAと子ゲノムに含まれるトランスポゾン組成の関係が種分化の機構のひとつである、と考えるのはそう飛躍した話ではないでしょう。

もっとマニアックになりますが、タイムコースをとったこの実験から、ある時系列においてのみのプロファイリングで、あるトランスポゾンに由来するpiRNAの作られ方を論じることには危険がつきまとう、なんてことも言えます。

地味なお話ですが、カイコ生体の特徴を活かし、きちんとしたタイムコースをとって、piRNAがつくられていくさま、トランスポゾンがやっつけられていくさまを観察したこの論文、僕はお気に入りです。

(ちなみにこの論文、キイロショウジョウバエで観察されている現象がカイコでは観察されない、というパートも含んでいます。興味のある方はぜひご覧ください。)

次回は性染色体パートです。

(つづく)

カイコドラマチック(8)

2011-07-31T18:53:00.003+09:00

こんばんは、河岡です。

ここまでの7話(!?)で、カイコでpiRNAをはじめた経緯、BmN4という相棒の発見、そしてそれを使ったin vitroにおけるpiRNA生合成研究の進展、をお話してきました。
今回以降は、カイコを使ったin vivoの研究についてお話させていただきたいと思います。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

ある段階で、カイコならではの研究をしよう、と強く思った、というのは前述の通りです(http://ncrnablog.blogspot.com/2011/07/2.html)。
BmN4細胞はpiRNA研究におけるカイコの明確な「ならでは」を提供してくれたわけですが、他にも「ならでは」はたくさんあったのです。

カイコ生体の良さのひとつ、それは、大きい、ということです。

修士のときにある講義で、カイコのたまご1個の上にショウジョウバエの成虫がちょこん、と乗っている写真を見たのですが、そのくらい違います。
piRNAが発現している生殖巣の大きさも、カイコの卵巣1個体ぶん=ハエの卵巣数百個体(以上?)ぶんなのではないでしょうか (1.5mLチューブに1個体ぶんいれたら、250ulのところくらいまで埋まるでしょうか)。
エレガントな遺伝学やゲノム情報の充実といった面ではハエのほうがまったくすごいですが、カイコにはカイコの良さ。
その大きさ故に、細かなステージングをしたり、(僕はやっていないですけれど)生理学をしたり、ということにはとても適しているのです。
余談ですが、材料の手に入り易さというのは本当に重要で、有名な脱皮ホルモンであるエクダイソンなども、カイコをはじめとする「大きな」鱗翅目昆虫が良き材料としてはたらいて、その同定に至りました。

さて、僕がカイコの生体を使ってやったことのひとつは、受精後時間によってステージングしたカイコの卵におけるpiRNAの特徴の変化を追った、ということです。
昆虫遺伝研究室では、やすはらくん、あらいくん、はらさん、そしていまはしょうじくんといった学部、修士の面々とともに研究をしています。
この研究では、あらいくんと一緒に実験をしました。

この実験は、何か大きな目標があった、というよりはむしろ、面白いことが分かりそうな気がしてやってみた、というタイプの実験です(本当は、心の底では性決定関連のプロジェクトとの絡みを狙っていたのですが、それはまた後述します)。

というわけで、やったことはいたってシンプル、受精後0時間、6時間、12時間、24時間の卵に存在するpiRNAの配列を網羅的に決めて、その特徴を調べました。
同一ステージの群に含まれる卵同士の受精後時間は、かなりの精度でぴっちり揃っています。

どうしても話がそれて長くなってしまいます(まあ、そもそも、論文では読めない余談が趣旨ということで)。
大量に配列を決定してその特徴を解析する、というステップには、どうしてもバイオインフォマティクスなる分野に関連した手法が必要になります。
はじめは、以前登場した友人(http://ncrnablog.blogspot.com/2011/07/2.html)と一緒にやっていたのですが、彼が卒業してしまってからは、彼の残したデータベースをMySQLで解析するくらいのことはしていたものの、新規なデータベースは扱えませんでした。
そこで、勝間ボスとともに東大農学生命科学研究科のアグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム所属の門田先生に共同研究のお願いをし、解析をしていただくことにしました。

自分でできないことを共同研究としてお願いする場合、そこに自ら赴き、最終的にはある程度自分でできるようになれ、というのが勝間ボスの教育方針です(僕がふらふらできるのはこのためです)。

インフォマティクスの場合、高度なコードを作ることはできなくても、人様の作ったコードを理解し、コードを走らせ、結果を見てコードを微調整する、くらいのことはできるように、というわけです。

実験をしていて思いますが、実験の途中ではいろんなことが起こります。
そのいろんなことによって、あたらしい疑問が想起されたり、あたらしい展開がうまれることがあります。

インフォマティクス解析だって、その途中段階でいろいろな思いつきがあるはずだし、何より、思いついたことを気軽に自分で試せたほうが気分が良いです。

そこで、門田先生には申し訳なかったのですが、もうほんとにうしろに張り付いて、先生がコードを書けば、先生、これはどういう意味ですか、とか、直せば、どうしてそこをこう直したんですか、という具合に、勝手に、インフォマティクススーパー講義を作って、修行をしました(このときは、昆虫遺伝、泊研、そしてアグリバイオインフォマティクス教育研究プログラムの3カ所をうろうろしていたということになります)。
こんな僕につきあってくださった先生にはとても感謝しています。

それまでもインフォマティクスを勉強しようと思って本を買ったり読もうとすれど、どうにもうまくいかなかったのですが、プロの仕事をみる、というのは最高の教科書で、結構、ポイントが分かるようになりました。

扱うデータセットがいかに大きくとも、1ステップ1ステップ、高度なコードに頼らず、自分の目で自分が行った作業のアウトプットを確認すること、がかなり大事でした。
実験とまったく一緒ですね。

そんなこんなで、アマチュアなれど、piRNAに関する解析に関しては一通りの手技を(たぶん)身につけることに成功したわけです。

さて。
生化学の実験で痛感したことですが、反応のタイムコースをとる、ということはそれ単独でとても重要です。
ここでは、受精後のタイムコースをとったことによって、生体においてpiRNAが作られていくさまをこの目で捉えることに成功したのです。

だいぶ長くなってしまったので、詳細は次回紹介させていただきます。

(つづく)

カイコドラマチック(7)

2011-07-27T21:25:00.002+09:00

こんばんは、河岡です。
あと2,3回で打ち止めでしょうか。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

ブレイクスルーはひょんなところから。
細胞を壊した液をきれいにしないで実験に使う、というのがキモでした。
その後、この活性は、1,000gの遠心でも溶けない画分にしずむこと、そして、可溶化するのがものすごく難しいことが分かったわけです。

さて、問題は、

この反応によってうまれた27塩基のRNAが、ほんとうに成熟型piRNAにあたるものなのか？

ということです。

生体に存在するpiRNAは、3'末端にメチル化修飾が入る、ということが知られています。
in vitroでつくったpiRNA'らしきもの'の3'末端を調べてみると、メチル化修飾が確かに入っている、ということが分かりました。

この実験の結果、当時泊研にいたかわまたさんと一緒に結果をみたのをよく覚えています。
結構夜遅かったのですが、携帯で写真を撮って、速攻で泊さんにメールをしたのが懐かしいです。
このときのゲルは割れませんでした。

と、いうわけで、この時点で、in vitroでpiRNAをつくることができた、ということを確信しました。

こうなるとやること、やれることはたくさん出てくるわけで、いろいろなことが比較的つぎつぎと明らかになっていきました。

要約すると、以下のようになります。

•　おしりをかじる反応は、3'から5'方向へのエキソヌクレアーゼ反応である
•　おしりをかじる反応にはマグネシウムが必要である
•　おしりをかじる反応が起こらないと、3'末端の修飾がはいらない
•　3'末端の修飾がなくてもpiRNAの長さは勝手に決まる

こう、さくっと書いてしまうと若干あじけないかも分かりません。
しかし、自分で言うのも何ですが、大事なことほど、ひとたび分かってしまえばすとんと、自明なことであるかのように思えてしまうものではないでしょうか。

さて、ここではじめて明らかになったpiRNAがつくられるしくみ。
(5-7)で記したことを、いまいちど最初から述べてみます。

1番目の塩基がUであるRNAがカイコのPIWIであるSiwiに取り込まれます。
しかるのちに、はみ出たRNAの3'側が、エキソヌクレアーゼ反応によって'トリミング'されます。
トリミングが完了すると、それと連動するかたちで3'末端にメチル化が入ります。
これで、PIWIとpiRNAの複合体の完成です。

言い換えれば、1番目がUのRNAはだれだってpiRNAになれる、ということです。
これは、現在までに知られている二本鎖型中間体を経てつくられる低分子RNAとはまったく異なる、まったくもって無骨なものでした。

2009年、昆虫遺伝研究室で行った研究によって、カイコという非モデル生物の培養細胞が、piRNAという新しいRNAの研究に有用であることが分かりました。
その後、さまざまな縁、幸運に恵まれて、泊さんの指導のもとにこの手でBmN4細胞を調理し、piRNAという低分子RNAがどうやってできるのか、ということを明確に明らかにすることができました。
まだ研究をはじめてそんなに時間は経っていませんが、なんとまあ良い体験をしたな、と思うばかりです。
BmN4は本当に有用なヤツで、もしかしたら、piRNA研究のために生まれてきたのかもしれません(ウイルスの宿主として使っている勝間ボスに怒られそうですが(笑))。
BmN4細胞を使ったその他種々のお話については、またいずれ。

さてさて、もういいよ、という声もあるかもしれませんが、いけているのはBmN4細胞だけではありません。
そう、カイコ生体だって、使いようによっては面白い知見を与えてくれるのです。

次回は、カイコ生体を材料として展開した研究について、またまたいろいろな縁に関することを交えながら、簡単にお話しようと思います。

(つづく)

カイコドラマチック(6)

2011-07-24T20:18:00.006+09:00

こんばんは、河岡です。
またまた間が空いてしまいました。

前回のエントリに書いた、

「まず、成熟型のpiRNAよりも長い、1UのRNAがSiwiにくっついて、しかるのちに3'側が削られる」

この仮説に対して、どんな実験を行っていったのか、書きたいと思います。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

ここまでで、カイコのPIWI、Siwiが、1番目がU(1U)のRNAが好き、ということが分かっていました。
そこでまず、RNAの長さを、成熟型piRNAを模した26塩基から、50塩基に変え、Siwiをくっつけてみました。
面白いことに、50塩基の長さにしても、やはりSiwiは1Uが好き、ということが分かりました。

もっと長いRNAが適当に分解されると、当該RNAの塩基の組成に偏りがないとして、25%の確率で1UのRNAができてくることになります。
この実験結果から、これがSiwiにくっついて、piRNA前駆体となる、というシナリオが、いよいよもっともらしく思えてきました。

50塩基というのは成熟型のpiRNAよりも長いわけですから、何となく、RNAの3'側のおしりがSiwiからはみだしたような状況がイメージできます。
もし、たてた仮説が合っているとするならば、ここにタンパク質抽出物(ライセート)を入れたら、おしりがかじられて、成熟型piRNAができる、ということになります。

わくわくしながら、この予想が正しいかどうか、試してみました。

はたして。

おしりはまったくかじられませんでした。
じっと待っても、50塩基は50塩基のままでした。

しつこいですが、その段階で、piRNAがどのように作られるか、ということは全く分かっていませんでした。
つまり、仮説が正しい、という保証はどこにもなかったのです。
実験が「うまくいかない」ことが「正しい」のかもしれません。
まあ、そんな簡単じゃないよね、というような気もしました。
ここで実験は一時ストップして(1,2回しかトライしていませんが)、手を広げがちな僕は別のプロジェクトにずいぶん時間を使うことになります(別のプロジェクトについては後述します)。

しかし、心のなかでは、仮説が正しくないからうまくいかない、ということはないのではないか、と感じていました。
自分たちの仮説は、そのくらい、ものすごく合理的に思えたのです。
もし仮説が正しいのであれば、実験の方法が間違っているということになります。

ここで、泊さんに最初に言われたことが思い出されました。

「それこそ、ライセートの作り方から検討しなきゃいけないねえ」

このことを考えると、ことによると、僕のライセートの作り方が良くないのかもしれないー仮説は正しい、つまり、Siwiに結合した長いRNAのおしりをかじる活性はあるのだけれども、その活性が、使っているライセートには存在しない、あるいは活性が失われている、可能性が考えられたのです。

ここで、ライセートなるものについて、簡単なバックグラウンドをお話します。
ライセートというのは、なにがしかの方法でバッファー中で細胞を壊したあとに、遠心分離によってバッファーに溶け出してきた画分と、溶けなかった画分に分離してつくります。
いわゆる溶け出してきた画分をライセート、と呼んでいるのです。
すなわち、ライセートにした時点で、細胞のもっていた一部のものを「捨てて」いることになります。

さてさて、もう、オチが分かった方もいるのではないでしょうか？
ある昼下がり、別の実験の相談をしていたときだったのではないかと思いますが、泊さんに、

「例の実験だけれど、遠心しない状態で仮想piRNA複合体とまぜてみたら」

ということを言われました。

細胞を壊したぐじょぐじょの液は、細胞のあらゆるものが入っていて汚くて、これで実験するひとはあまりいません(たぶん)。
しかし、何も捨てていないわけですから、そこにはすべてが入っているはずです。
よしゃ、と思って、だめもとで、そのぐじょぐじょの液を仮想piRNA複合体とまぜてみました。

その日のことはよく覚えています。

僕は実験(?)が下手で、ゲル板からゲルがもれてゲルを作り直したり(いまだにもれますが、ピーターによって画期的な解決法が提示され、作り直すことは減りました)、ゲルがわれることもしばしばしば、です。
その実験のゲルも、乾燥機から取り出したあとにビキビキに割れてしまい、あーあ、またやっちゃった、とへらへらしていました。
しかし、そのゲルこそが、最初に実験が「うまくいった」ゲルとなったのでした。

ビキビキに割れてはいたけれど、はっきりと分かりました。

そう、ぐじょぐじょの液とまぜると、Siwiに結合した50塩基のRNAの3'側が削られて、27塩基くらいの長さになったのです。

(つづく)

カイコドラマチック(5)

2011-07-13T21:39:00.007+09:00

こんばんは、河岡です。
若干途切れてしまいました。
見る人が見たら、これを書く時間があるなら論文を早くしろ、と言われそうですが、論文より大事なことだってあるのです。
全編通してそうですが、より分かり易いエントリを目指して、明らかになったことの時系列が前後している場合があることをご了承ください。
こんなふうにすんなりすべてがうまくいったらしあわせです(つまらないかも)。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

かくして、この手でpiRNAをつくるべく、生化学の実験がスタートしました。
まずはともあれ、タンパク質抽出物(以下ライセート)を作って、系を構築することになります。
まさにこれが要のステップであり、御大将、泊さんに最初に言われたことが深く印象に残っています。

「それこそ、ライセートの作り方から検討しなきゃいけないねえ」

一通りの分子生物学実験は勝間ボスに仕込まれていたものの、そういうことはやったことが(考えたことが)ありませんでした。
すなわち、キットか、論文か、そういうリファレンスに、こうやるとうまくいくで、と書いてあることをやっていたことがほとんどだったわけです。
そもそも、やりたいことをやるのにそれでじゅうぶんでした。
確かに、どうやってできるか分かっていないものを作ろう、というのですから、その材料たるライセートの作り方を検討する、というのは至極もっともだな、と納得したわけです。

ところが、僕は相当のめんどくさがりで、いわゆるハードワーカーでもありません。
そこで、いまや好敵手であり心友という、まさにジャンプ的な関係だと勝手に思っているいわさきさんがいつもやっている方法をならって、常法にてライセートを調製し、それでまずは遊んでみることにしました。

話はそれますが、僕といわさきさんの会話は、ときにシリアス (15%)、ときに高尚 (2%)、ほとんど漫才 (83%)、という内容で、(あの)よださんにあきれられるくらいで、一緒に実験していると、口ばっかり動いてしまいます。
そのせいで(?)起こした事件は数知れず、セミドライのブロッタを落として破壊したり、ウェットのブロッタを高熱にさらしてしまったり、、、思い出せばきりがありません。
実験室にひとあらば必ず口が動くのが僕なのですが、事件が起きるのはいわさきさんspecificなので、お互いに何かあるのだと考察しています。

さて、とにかく最初につくったライセート、いちおう、FlagタグをくっつけたカイコのPIWI、Siwiは、そのなかで心地よく過ごしているようでした。

ちょっとバックグラウンドを書かなければなりません。
piRNAの生合成経路はとにかく不明な点だらけなのですが、2007年に、ひとたびpiRNA複合体ができると、piRNA複合体による標的の切断を通して新しいpiRNAがどんどんできる、という、Ping-pong modelと呼ばれる魅力的なモデルがSiomi lab、そしてHannon labから発表されています。
が、「最初のpiRNA複合体」がどうやってできるか、という情報はほとんどありませんでした。

このことを考えるにあたって使えそうだった情報は以下のふたつ。

1) 二本鎖RNAからつくられるsiRNAやmiRNAとちがって、piRNAは一本鎖RNAからつくられる
2) ある種のPIWIは1番目の塩基がU (1U)であるRNAに好んで結合する

これだけです。
カイコの場合、Siwiは1Uが好きで、BmAgo3はそうではない、ということが、deep sequencingの結果から分かっていました(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19460866)。

というわけで、まず最初に、一本鎖のRNAをライセートにまぜるとSiwiとくっつくのかどうか、そして、1U RNAが好き、ということを再現できるのか、ということを試しました。

すると、確かに、生化学的にもSiwiは1U RNAが好きで、BmAgo3はそうではない、ということが分かりました。
生体内で起こっていることを生化学的に再現できるというのは美しいものです。
またまた話がそれるのですが、現泊研のささきさんが、「僕がタンパク質だったら、よほどちゃんと教えてくれないと1Uが好きとか分からない」みたいなことを言っていて、やけに納得したのを覚えています。

なにはともあれ、これで一歩前進です。

上述の通り、

1) siRNAやmiRNAとちがって、piRNAの前駆体は一本鎖RNAである

わけです。

一本鎖のRNAから成熟型のpiRNAができる、という反応は、「両端をどうやって決めるか」、ということに他なりません。
成熟型のpiRNAの5'側がどう決まるか、ということに関しては、シンプルに、Siwiが1Uを好きだから、ということによって説明できそうです。

3'側はどうでしょう？
Deep sequencingのデータをよく見てみると、piRNAの3'側は非常にヘテロ、すなわち、同じ5'末端でありながら、3'側の長さが異なるものがたくさんある、ということが分かります。
5'側は1Uでかっちり決まっているようにみえるのに、3'側は適当に決まっているようにみえたのです。

このことから、つぎのような作業仮説を立てました。

「まず、成熟型のpiRNAよりも長い、1UのRNAがSiwiにくっついて、しかるのちに3'側が削られる」

1U好き実験で使っていたRNAの長さは、成熟型piRNAを模した26塩基でした。
そこで、オリゴの値段と相談しつつ、適当に、1Uで50塩基のRNAを使って、上記仮説を検証してみることにしました。

つづく

カイコドラマチック(4)

2011-07-10T21:15:00.004+09:00

こんばんは、河岡です。
どこまで続くか連続投稿。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

時系列的にはBmN4/piRNAの論文が世に発表される前のお話になります。
東大で、東京大学生命科学ネットワークシンポジウムなるものが開催されました。
毎年やっているイベントで、学部/研究科を越えて、学内の研究交流を深めよう、というものです。
そこで僕は、BmN4/piRNAに関するポスタを出しました。

運命というのはあるもので、そのシンポジウムに、泊研のいわさきさんがポスタを出していたんですね。
いわさきさんのポスタはキイロショウジョウバエArgonaute1, 2の翻訳抑制メカニズムに関するものでした(参照: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19268617)。
昨日紹介したお気に入りのレビュー(piRNAs-- the ancient hunters of genome invaders: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17639076)の著者である泊さんのところにいる学生さんらしい、ということで、話してみたいな、と思っていたところにさらなる偶然があって、いわさきさんは修士時代、僕のサークル時代の後輩と同じラボで研究をしていたのです。
これはラッキィ、ということで、彼に渡りをつけてもらったりして、いわさきさんと話をすることができました(別に普通に話しかけりゃいいのですけど(笑))。

最初、このひといけずやわ、と思った、というのは内緒の話で、後日いわさきさんと東大の近くでごはんを食べていろいろ話して、泊さんと話してみたらどうか、という話になりました。
早速泊さんにメールをして、勝間ボスと、泊研におじゃましてみたわけです。

驚いたのが、その近さでした(笑)。
僕のデスクがあった居室と泊研は、建物こそ違うものの、歩いて2分もかからない距離にあったのです。
BmN4をうまく利用して生化学をやりたい、生化学のノウハウを教授してもらえないか、というお願いをしてみたところ、泊さんは快く引き受けてくれました(やった！)。
以降、昆虫遺伝研究室と泊研を行ったり来たりする生活がはじまります。

当時泊研は発足してそれほど時が経っていなかったころで、メンバも、泊さんを含めて5,6人、でしたでしょうか。
いまも一緒に切磋琢磨しているよださんや、ポスドクのかわまたさんなどがいて、少数ながらも非常にアクティビティの高い研究室で、RNA-induced silencing complex、いわゆるRISCがどうやって組み立てられるか、そして、どうやってはたらくか、という方向に、皆で向かっている感じがしました。
昆虫遺伝研究室は扱うテーマが多様で(昆虫なら何でもアリ)、皆がいろんな方向に向かっていたので、面白いコントラストでした。
その後、泊さんにつれられてRNAiまわりの国際学会にも顔を出すようになり、僕は、Insect、RNAi、両方の領域に顔を出すようになったわけです。

そう、このとき、異なる分野に顔を出すことの重要性に気がつきました。
どの分野にも良いところがありますし、その分野の一線で活躍している研究者には哲学があります。
一生の友人も得られるかもしれません。
ふたつのタイプの研究室/研究領域を「同時に」体験できたことはほんとうに素晴らしいことで、そこで得たこと、考えたことは、僕がサイエンスというものを考えるときのひとつの礎になっているように思います。

さて、本筋に戻りましょう。
そんなこんなで、機は熟せり。
かわいいBmN4細胞を材料にして、どう料理しようか。

昨日紹介した「RNAi A GUIDE TO GENE SILENCING : edited by Greg. Hannon」の5章に記されている通り、というか科学一般に、対象を「つくることができる」、というのはすごく重要です。
つくることができれば、かなりのことを理解できるはずです。

そう、お料理の名前は、「in vitroでつくったpiRNA」、でした。

つづく

カイコドラマチック(3)

2011-07-09T21:16:00.003+09:00

こんばんは、河岡です。
前回の連載は打ち切りになってしまいましたが、今回はまだクレームはありませんので、続けたいと思います。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

「カイコだからこそ」をやるぞ、と意気込んではみたものの、どんな方向に進めば良いか、なんてことがすぐ分かるはずもありません。

そこで、piRNAの論文をいまいちどさらってみると、piRNAに関する知見の多くは、

(1) PIWI遺伝子の変異体の表現型を解析する
(2) piRNAの配列を次世代シーケンサで大量に決める

というものが多数派である、ということに気がつきました。

そして、ふと、修士1年生のときに自費で購入した「RNAi A GUIDE TO GENE SILENCING : edited by Greg. Hannon」の日本語版に記されていた、とある章を思い出したのです。
それが、第五章「小さなRNAの大きな生物学 : RNAiの生化学的解析 (by Gregory J. Hannon and Philip D. Zamore)」でした。

この章には、RNAiという研究分野において、キイロショウジョウバエの胚抽出物、あるいはS2細胞をはじめとする培養細胞由来のタンパク質抽出物を用いたin vitroの生化学が、いかに大きな貢献をしたか、ということが魅力的に記述されていました。

さらに、当時お気に入りだったpiRNAに関するこのレビュー(piRNAs-- the ancient hunters of genome invaders: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17639076)は、こんなふうに締めくくられていました。

Genetic experiments and large-scale sequencing have been extremely informative, but the next breakthrough may well come from biochemical experiments that recapitulate the loading of Piwi subfamily proteins, and maybe even the biogenesis of piRNAs, in vitro.

確かにそうやな、と思いました。
逆に、どうして、そういう論文がたくさんでてこないのだろう？と感じたわけです。

カイコでもやっぱりそうでしたが、piRNAの発現は生殖巣にかなり特異的です。
モデル生物たるキイロショウジョウバエの生殖巣はカイコよりも全然小さくて、ガチ生化学には厳しそうだな、と感じました。
さらに、どうも、piRNA経路を発現しているような培養細胞がないらしい、ということを知りました。

つまり、in vitroの研究は絶対大事なのだけれども、それをやるのに良い材料がない、ということなんだな、という結論に達しました。

クドクド書いてきて、ようやく、このエントリのヤマにたどり着きました。
そう、うちの研究室はカイコの研究室で、卵巣由来の培養細胞であるBmN4という培養細胞が、とくに勝間ボスの専門であるバキュロウイルス絡みのプロジェクトで、普通に使われていたのです。
卵巣由来、卵巣由来、、、おお、卵巣由来!!!

スットコドッコイ、これ、BmN4細胞がpiRNA経路もっていれば、こんないい材料はないんじゃないか？？

勝間ボスとそんな話になり、じゃ、BmN4細胞をきちんと調べてみよう、ということになりました。

.....

いろいろあって、結局、BmN4細胞は、piRNA経路の全てをもっているように見える、ということが分かりました(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19460866)。
ここもさらっと書きましたが、PIWIタンパク質を認識する抗体を作ってみたり、免疫沈降物からpiRNAライブラリを作って次世代シーケンサで配列を決めて解析したり、、、piRNAラボなら普通なことでも、やるのはとても大変でした。
次世代シーケンサに由来するデータが、まさに「piRNA生合成」がBmN4細胞で起こっていることを示していると理解したときは、本当に興奮しました。
論文は、いろんな雑誌にふられふられて(昔からふられるのには慣れていたので別に、という感じでしたが)、レフェリーにはthis work is surprisingly incompleteとかいわれたりして、もうハチャメチャでしたが、苦難の果てに、ようやっと、piRNA研究の材料としてのBmN4細胞、を世に売り出すことができました。

書いてみると、この後僕が体験した進展は、少しずつ、少しずつ試行錯誤しながら研究をしたこの時期なくしては語れない、ということを改めて実感します。

さてさて、そんな感傷は置いといて、こんなかわいい愛着のある材料でも、うまく料理してやらねば、宝のもちぐされです。
どう料理したものか。

純粋にどんな科学的事実を明らかにしたか、という話として、おお！、となっていくのはまさにここからです。
そして、ここから先のお話は、みなさんご存知の泊さん、泊ラボとの出会いなくしては、語ることができないのです。

次回は、この運命的な出会いについて語りたいと思います。

つづく

ちょっと休憩に

2011-07-09T20:17:00.005+09:00

河岡君の渾身の自戦記の合間に、、、

こんな論文が出ています。発生生物学の業界では知る人ぞ知る。ノックアウトマウス作製技術と組換え技術を自在に使ってしてホメオボックス遺伝子の機能を突き詰めているDenis Dubouleさんの仕事です。

PLoS Genet. 2011 May;7(5):e1002071. Epub 2011 May 26.
Structural and functional differences in the long non-coding RNA hotair in mouse and human.
Schorderet P, Duboule D.

長鎖のノンコーティングRNAの中でも最近大きな注目を浴びているのは、次世代シークエンサーなどの最新の技術を駆使して機能が明らかとなってきた「クロマチン制御因子と相互作用することで遺伝子発現を制御する低発現量の遺伝子群」であるわけですが、その代表選手、宝塚だったら後ろに大きな羽がひらひらしているうんちゃら組のトップHOTAIRを含む遺伝子領域を欠失したノックアウトマウスの表現型の解析です。

彼らの主張はアブストラクトに明確に書かれているのでそちらを参考にしていただきたいのですが、「ヒトとマウスってやっぱり違うんかねえ」というものです。HOTAIRはHOX-Cクラスターから転写されてHOX-Dクラスターの遺伝子の発現をトランスに制御しているところが一つの売りな訳ですが、ヒトの培養細胞を用いた実験で見られていたクロマチン修飾の変化も見られないし、遺伝子発現の変化も見られない。そこでHOTAIRなんておとぎ話につきあわされたオレの青春を返せー、とか言っている訳では決して、決してなく、慎重に、結果の違いについてサイエンティフィックに検証を重ねています。非常にクオリティーの高い論文です。

僕自身は次世代シークエンサーやマイクロアレイを駆使した解析は追試不可能なのでHOTAIRを始めとした最近のアイドルたちは少し距離を置いて見ているのですが、一番大切なことは、こうして実験的な証拠を重ねていきながら（できれば遺伝学的な検証を重ねながら）、結果の差異について慎重に検証を重ねていくことだと思っています。かつて、ニワトリの神経冠細胞の業界では、オレゴンとパリでは水が違うんだとか言う良くわからない結論になったりしたこともあったようです？？？それはちょっと、、、という気もしますが、先日も取り上げた、「チャオ」ゼッペさん。「いやむかし、このラボと、このラボで、このタンパク質がCajal bodyにあるか、ないか、議論になったんだ。でもね、お互い、使ってる細胞を交換して、みてみたんだ。何が起きたと思う？」（３歩後退）「彼らの結果は！」（２歩後退）「なんと！！！完全にお互いにお互いの結果を再現したんだ！！！！」

こういうことがあるからサイエンスは面白いと思うのです。大事なことは、やはり実験的な検証を加えてゆくこと。ただ単に実験のやり方が悪かったり、もしくは同じ結果が出ているのにそれに気づかない、見る目が無いために結果が再現できないことはありますが、何かしら底に真実は隠されているはずです。個人的に思うのは、次世代シークエンサーを用いた解析は感度が高すぎるし、僕が日常的に使っている古典的なノックアウトマウス作製と組織学の解析は、感度が低すぎる、その中間ぐらいで、うまいこと感覚的に違和感が無い解析方法があれば、スッキリするのになあ、ということですが。

ともあれ、一石を投じる論文であることは間違いありません。今後も目が離せません！

中川

カイコドラマチック(2)

2011-07-08T18:44:00.001+09:00

こんばんは、河岡です。
ひまなわけでは決してないのですが、第二部です。
今日の金曜ロードショーは魔女の宅急便ですよ！

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学生としての公式テーマをpiRNAに据えたのは2007年、修士1年生のときでした。

駆け出しの学生にできることと言えばそれはもう限られているわけでして、、、
まずは、カイコのPIWI遺伝子とpiRNAってどんな感じなのだろう、ということで、カイコのPIWIをクローニングして、その性状を解析してみました(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18191035)。
後に、この事実がカイコのpiRNA経路に関する議論を分かり易くする一助となるわけですが、Piwi, Aubergine, Ago3という3つのPIWI遺伝子を持っているキイロショウジョウバエに対して、カイコはPIWI遺伝子をふたつしか持っていませんでした。
マウスのPIWIはMiwi, Mili, Miwi2、その響きのおしゃれ感に影響されて、ふたつの遺伝子のひとつをSilkworm PiwiでSiwi、そして、カイコの学名であるBombyx moriも残してやるか、ということで、もうひとつをBmAgo3、と名付けたわけです。
ホモログとっただけ、と言ってしまえばそれまでなのですが、flybaseのような素晴らしいウェブサイトがあるわけでもなく、比較的研究者人口の少ないカイコ界にあって、遺伝子ふたつとるのは、RACEしたり、EST解析したりして、結構大変だったことが懐かしく思い出されます。
加えて、カイコのボディの大きさを活かして、こまかーく遺伝子発現のプロファイルを調べたりもしました。
調べるべきステージが多いと、解剖してRNAとってcDNAつくってqPCRして、というのも結構な労働で、ひとりで作業するのが寂しかったので、いたいけな学部学生の後輩を捕まえて、一緒に実験していました。

さて、今度は、肝心のpiRNAです。
実は、前述の博士課程の先輩が卵巣のトランスクリプトーム解析をしているさなか、30塩基くらいの小さいRNAが発現してるよ、ということを明らかにしていました。
では、ということで、ぴかぴか光るそれらの小さなRNAをクローニングして、「前」世代シーケンサで一生懸命4万リードくらい配列を決めました(僕が4万リード読んだわけではありません)。
配列を決めたら、今度はなかみを解析する必要があります。
piRNAは、配列が異常に多様で、読んでも読んでも新しい配列が出てくることが知られています。
とてもとても、人力のみで解析できる代物ではありませんでした。
そんな事情もあって、別の研究室で研究をしていたコンピュータ好きな同期の友達を捕まえて、彼の力を借りて、一緒になってわいわい解析をしてみたわけです。

さてさて、コンピュータができる彼の力を借りたとて、どんなガイドラインでものを調べればいいか、ということがさっぱり分かりません。
piRNAを研究している人がまわりにいなかったので、続々出てくるショウジョウバエ、マウスなどの論文を読みながら、ああでもない、こうでもない、といろいろ試行錯誤する必要がありました。
苦難のはてに、どうやらとったものはpiRNAだ、カイコにもこのパスウェイはあるんだ、という、結論っぽいものを得ることができました(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18801438)。
書いてみるとなんやねんという感じですが、こんな小さなことでも言うのは大変だなあ、学ぶは真似ぶとも言う、なんていうけど、真似するってのも大変なもんだな、と強く感じたことを覚えています。
このときすでに、本研究領域の課題ともなっている、性決定染色体由来のpiRNAの存在には気がついていたわけですが、それは後述します。

さてさてさて、そんなこんなで、もう、2008年になっていました。
個人的には、カイコでpiRNAをやる、という土台はできたなあ、と、一定の満足を覚えていたように記憶しています。
が、上で述べたような研究には、そこに、「カイコだからできたんだ」という売りがほとんどありませんでした。
そのことを認識して、自分に対して、強烈な不満を感じ、いらいらしたりしていました。
論文を読んで真似るだけではなく、カイコを材料にして、いや、したからこそ、こんな研究ができたんだ、と胸をはれる研究をしよう、と思ったのは、このときです。

つづく

カイコドラマチック(1)

2011-07-07T23:02:00.004+09:00

こんばんは、東大・昆虫遺伝研究室所属の河岡です。
書こう、書こう、と思っていて、機を逸していましたが、中川さんの一連の投稿に触発されて、カイコを材料としたpiRNAの研究について、ちょっとずつ書いていきたいと思います。
昆虫遺伝研究室という、昆虫メインの研究室にいながらにして、なぜpiRNAという分野に入っていくことになったのか、、、そこには、さまざまな出会い、縁がありました。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

さて、僕が所属している昆虫遺伝研究室は、1906年に動物でメンデルの法則を発見した外山亀太郎が在籍していた、歴史の古い研究室です。
研究室には、昆虫好きな人や、昆虫を操るウイルスが好きな人が集まっていて、多様な研究が展開されています(バキュロに操られたカイコの行動は必見です)。

僕はいまから6年前に研究室に参加したのだと記憶していますが、参加当時は、研究室の流れにのって、カイコが持っている抗菌タンパク質の機能(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18076111)とか、鱗翅目昆虫が持っているグロビン遺伝子について(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19059317)とか、まさに昆虫！というような研究をしていました。
そこから低分子RNA、というのはずいぶんギャップがあるなあ、と我ながら思いますが、当時博士課程に在籍していた先輩によって、僕はpiRNAという低分子RNAの存在を知りました。
2006年当時、piRNAはトランスポゾンに相補的な配列を持っていて、トランスポゾンをやっつけてゲノムを守っているのだ、というコンセプトがどんどん出てきていたときでした。

低分子RNAに関する知識があったわけではないのですが、ムシムシした研究をしていた僕にとって、それはずいぶん「おしゃれな」感じのする研究だったのです。
当時は明確なビジョンを持っていたわけでは決してなくて、何となく、かっこよさそうだったので、やってみよかな、と思った、そんなところです。
指導教員の勝間ボスも、ちゃんとやるならどんどんやんなさい、と言ってくれるボスで、恐いもの知らずで、とりあえず先人の真似をしながら自分でできそうなことをやってみることにしました。

つづく

6th Tokyo RNA Club

2011-07-07T00:19:00.003+09:00

怒濤のRNAweekが終わり、余韻（？）のTokyo RNA Club 6th meetingも無事終了しました。前回の5th Tokyo RNA Clubは当新学術の総力（？）を結集した華々しいものでしたが、今回のTokyo RNA ClubもGiuseppe Biamontiさんをお迎えして、これぞscientific communicationと言った感じの、ほっこりとした会になりました。

Biamontiさん。そもそもは細胞生物学会のシンポジウムでRNA学会会長のS見さん（ほとんど伏せ字にする意味なし）がゲスト講演者に招待されて、そのついでに東京に立ち寄ってくださったのですが、さすがレオナルドダビンチの国。挨拶からして「チャオ」ですから違います。ハローとかヘイとかヨーとかオラァッなら慣れていますが、いきなりチャオです。今度から使ってみたいな、慣れない人間が使ったらやけどする挨拶だな、と思いつつ。

またこのBiamontiさん、質疑応答のときの振る舞いが面白くて、だんだん、一歩ずつ下がっていって、マイクから離れて、下がるたびに熱がこもってきて、声が大きくなるのですね。それは別に壇上だけでなく、普通に会話していてもスイッチが入ると、後ずさり。トータルで言うと「距離に比例して大きくなる声／距離の二乗に反比例して小さくなる声＝だんだん小さくなる声」を拾うのが大変だったのですが、こだわりと言いますか、研究対象に関する「愛」がとても強く感じられて、これだけの愛を持っているだろうかと、ふと我が身を振り返ってしまった次第です。

最新の結果は勿論のことなのですが、僕が一番印象的だったのは、以下の下りです。

「hnRNPってあるだろ。チャオ。でも、こいつら、別になんか保存されたドメインが有るとか、そういうんじゃないんだよね。でも、同じ名前がついている。機能的にも共通なのはRNAに結合しているってだけなのに。でも、なんで同じカテゴリーに入っているか知ってるかい。こいつら、免疫沈降すると、全部一緒に落ちてくるんだ。AからUまで。ん、もちろん分解しないようにそーっと落としたときだけね。そーっと、そーっとね。分解したら、狙ったタンパク質だけ。そーっと落とすと、全部、いっつも一緒に落ちてくる。それがhnRNPsなんだ。」

「でもHuRとhnRNPAって、ほっとんど同じドメイン構造持っているじゃないですか。RRMの配列とか、違ったりするんですか？」

「ふっつふっつふ。しらんけどね。なんか違うんかね。不思議だね。でも、一緒に落ちてくるのがhnRNPsなんだ。生体内で同じコンプレックスを作っているか、それは知らんよ。じゃ、またね。チャオ。」

これほど明快なhnRNPsの説明を聞いたことがかつてあったでしょうか。hnRNPsという名称は、ゆとり世代とか、僕らの世代だと新人類とか、なんか適当にくくってみました、おいおいそんなに単純なもんではないでしょう、でも一分の真理は含んでいますね、みたいな曖昧なものなのかもしれません。サイエンスとしては、この、何か共通なものがありそうでそれが何か分からない、というところに、この上ない魅力を、感じでしまいます。ncRNAも、やっぱりhnRNPsと複合体を作っているのでしょうか。そもそもhnRNP-RNA複合体は、lysateを作るための生化学的な操作できる副産物に過ぎないのでしょうか。ものすごくきれいなhnRNPsのオートラジオグラフィーのスライドが、いまだに目の底に焼き付いています。

中川

学会の英語化は必要か？

2011-07-04T10:01:00.003+09:00

RNA meeting など、イベントづくしの感があった6月も終わり、気がつけば夏真っ直中の暑い日が続きます。皆様お元気でしょうか。

本郷三丁目の飲み屋での一言から始まったこのblogも、気がつけば31,000ページビューとなりました。試験運用から20ヶ月ですので、一日あたり50ページビューです（最近に限ればもっと多いですけれど）。これを多いと見るか少ないと見るかは見方によりますが、非コードRNA領域のホームページが通算で40,000ページビューであることを考えると、まずまずの数字ではないかと思います。

それはさておき、このところ国際学会あるいは英語化された国内学会に参加する機会が多くなり（残念ながら RNA meeting には参加できませんでしたが）、そのときに感じたことを書いてみます。あらかじめ書いておきますが、自分なりの答があるわけではありませんので、いつも通り書きっぱなしです。

英語化のメリットはたくさんありますが、運営する側から言えば、外国からのゲストスピーカーを呼びやすくなることがまず挙げられます。日本語一辺倒の学会は来て下さいとお願いするのはやはり心苦しいものがあり、来てもらう際には相手側にも何らかのメリットがあるように気を配らなければなりません。この点、学会が英語化されていれば、学会そのものを楽しんでもらうことも出来るわけで、それほど気を遣わなくてもいいことになります。安直かもしれませんが、たくさん有名人（＝各分野のリーダーサイエンティスト）を呼ぶことが出来れば、それだけで学会のクオリティが上がる（＝学会の存在価値が高まる）ので、この点は結構重要であると思います。

一方、一般参加者にとっては、外国の参加者が増えるために発表の認知度が上がる（≒論文を通しやすくなる）というメリットがあります。RNA meeting などは最たるもので、その分野の大御所をはじめとした多くの人達にアピールできるのですから、その効果は絶大でしょう。

また、学生を含む若い人達にとっては、英語で自分の研究内容を説明するよい機会になります。だったら海外の学会に参加した方がよいと言われそうですが、海外の学会に参加する場合は自分の英語の拙さだけを実感して終わることもあるのに比べ（経験あり）、日本（あるいは他のアジア諸国）で行われる学会の場合は、参加者のほとんどが non-native ですから、まわりに気後れせずに存分に broken English（Janglish）を話すことが出来る、というメリットは、確かにあると思います。

デメリットの方はどうかというと、なにより知らない分野の話について行けないという点が挙げられるでしょう。何となく聞いているとすぐにおいていかれてしまいます。日本に住んでいる限り、日本語の情報量の方が多いのは仕方ないので、特になじみの薄い分野は日本語の方がわかりやすいというのは事実であるように思います。学会を楽しむ、あるいは視野を広げるという観点からすれば、これは学会の存在意義にも関わる大きな損失であろうと思われます。また、英語でのコミュニケーションには気合いが必要という人には、気楽に参加するという気分ではなくなるのも確かです。プレゼンターの力量にもよりますが、自分の専門分野以外の話題が気軽に楽しめないのはやはり困ります。

なお、質問がしにくい、議論が深まらないと思う方もいるかもしれませんが、よく言われるように、そういう人は日本語でやってもおそらく質問しないと思いますし、深い議論をしたいときには英語は大して妨げにならないと思います。その発言は捨てておけないとか、何とか留学先を見つけたいとか、どうしても論文を通したいとか、本気で伝えたいときには、英語であろうが日本であろうが必ず伝わるもんです。

学会の英語化がよいのかどうかについては、相反する要素を含んでいるのも確かで、実際のところよくわからないでいるのですが、積極的に英語化のメリットを利用しようとしている学生の姿がこのところ目に付くようになったような気がしています。それが気のせい（年のせい？）でないとすれば、最近減少しつつある海外への留学機会を補うものになるのかもしれません。もしもそうならば、英語化にやや偏重しつつある最近の風潮もあながち間違いではないのかも、と思います。

影山裕二/岡崎統合バイオ

Science is so social

2011-06-26T09:28:00.001+09:00

　初めまして、東京大学大学院新領域創生科学研究科メディカルゲノム専攻 RNA機能研究分野博士課程1年の吉川真由と申します。めくるめくRNA week を終えても、いまだ余韻冷めやらぬ状態です。私は、6月13日に開催されたTokyo RNA Clubおよび6月14日から18日にかけての国際RNA学会に参加しました。これまでの人生で最も多くのscientistsと交流した一週間であり、”Science is so social” (James Watson)という言葉を、身をもって体験しました。

　Tokyo RNA Clubは当研究室の泊さんが主催者ということもあり、講演者の方々を空港に迎えに行くことから始まりました。私は、Molecular Cellの編集者であるJohn Pham氏をお迎えし、ホテルまでお送りしました。贅沢にも、成田エクスプレスの中でじっくりと、RNA研究やPham氏のキャリアパス、米国での研究生活の話を伺うことができました。翌朝、Tokyo RNA Club当日は、講演者の方々をホテルまでお迎えに上がりました。「ボスのボスを、ボスと迎えに行く」という貴重な機会に恵まれ、ロビーでのPhillip Zamore氏と泊さんは本当の親子のようで、素敵なツーショットを見ることができました。Zamore氏に ”Do you often argue with Yuki?” と聞かれ、もっとdiscussionしに行かねばなぁ、と反省した次第です。その後のnon coding RNA関連の講演、特にsmall RNA関係の発表については、発表も非常にクリアで興味深いものでした。Non coding RNAというテーマでこのような大規模な会が開かれることから、あらためてnon coding RNA研究の注目の高さを実感しました。

　引き続いて行われた国際RNA学会は、2年前から楽しみにしていたものでした。私自身は、口頭発表はもちろん、ポスター発表も無かったのですが、このような大きな学会に参加させていただくことは初めてでしたし、少しでも目標とする方々のいらっしゃる環境に身を置くことで、自分を鼓舞しようと考えて参加しました。ひょんなエピソードとしては、Welcome dinner開始の15分後に到着したのに、すでにdinnerがほぼなくなっていて、学会のfood distributionを心配しましたが、3日目以降からは改善されたので安心しました。といっても、振り返ってみれば、もともと私は学会中に食事が提供されることを把握していなかったので、食事があっただけで満足しなければと、自分自身を無理矢理納得させましたが。

　Mentor／Menteeランチでは私たちのテーブルにRoy Parker氏(RNA翻訳研究の大家)が来てくださり、非常に考え深いメッセージを残してくださいました。ポスドクでアプライする際には、実績は勿論だが、Letterや面接を重視するとの事。数あるアプライのほとんどの書類は読んでもらえない可能性があるので、10分程度の自分のプレゼンをビデオに録画し、添付してメールすると良いと。さらにはしばしば陥る命題にもアドバイスを下さいました。「自分は科学者に向いているのか」「向いていないと思う」「なぜ？」「ん・・・頭が悪いし、不器用だし不注意だしetc…」

“Let me ask one thing, do you have strong curiosity?”

なるほど！出来ない理由を挙げるより、自分の好奇心を信じるべきなのですね。

　発表については、特にポスター発表が刺激的でした。一枚のポスターに何人も殺到し、順番も気にせず投げかけられる質問の嵐は、発表者泣かせではなかったでしょうか。私自身も、自分の分野に関係のあるポスターに張り付いて質問をしていました。印象的だったのは、一般的に “competitor” とされる研究室の方々も、情報を提供してくださり、私の研究に対しても丁寧にアドバイスしてくださったことです。ポスター発表での質問の時間は、非常に有意義でした。

　最終日のBanquetは一力茶屋の芸妓さん、舞妓さんの舞に始まり、樽開きの後は「RNA 2011」と入った升酒が振る舞われました。食事後の交流会では、今まで自分が読んできた論文の著者の方々とお話しする事ができました。あらためて、 “Science is so social”。RNA研究の門戸を叩いたに過ぎない一大学院生とお話ししてくださった先生方、先輩方に心から感謝いたします。今回の学会のような交流の中で新しいアイディアが生まれ、また研究に勤しむ原動力が沸いてくるのではないでしょうか。そして牽制し合うのではなく、切磋琢磨することで、RNA研究分野全体として人類の生命科学研究を一歩前に進められれば素晴らしいことだと思います。

　次回投稿する際にはRNA meetingの内容に関してレポートできるよう、日々精進していきたいと思います。最後に、今回の学会である方が紹介して下さったSydney Brenner氏の言葉を紹介して、この文章を終えようと思います。

“The whole idea that science is conducted by people working alone in rooms and struggling with forces of nature is absolutely ridiculous. It is a social activity of the highest order.”

東京大学大学院新領域創生科学研究科メディカルゲノム専攻 RNA機能研究分野

博士課程1年吉川真由

浦島太郎、および、実験医学と細胞工学

2011-06-19T22:36:00.003+09:00

Tokyo RNA Club、国際RNA学会と盆と正月が一緒に来たような慌ただしい一週間が過ぎ、ようやく日常に戻るというRNA関連の研究者も多いことと思います。きっとこのブログにもレポートが次々とアップされていくことでしょう。

一般に、学会に参加していると逆浦島太郎効果、といいますか、密度の濃い時間を過ごす分、一週間ラボを離れただけでまるで一年ぐらい留守にしたような気分になるものですが、今回は諸般の事情でラボを離れられず逆の立場に身を置き、一週間程度ではなにも仕事が進まないということが良くわかりました。学会の長期出張から帰ってきたPIは異常に活性化されていることが多く、しかも逆浦島太郎効果のせいで、これだけ長いことラボを留守にしているのだからよっぽど仕事は進んでいるだろう。あの実験はどうなった。この実験はどうした。なにー、まだやっとらんだとー、、、気合いが足らんのじゃ気合いが！！、と、そっと「取り扱い注意」と背中にはってあげたくなるような人もしばしば見かけるのですが、いや自分自身その典型なのですが、逆の立場の人間はたまったものではありません。しかし多くの場合、人間というのは弱いものでともすれば楽な方に楽な方に流れてしまいますから、こういう機会ごとに緩んでいたタガを閉め直すのは大切なことのような気もします。また明日から心を入れ替えて仕事をしようと。浦島太郎にならないように。

さて、それはともかくとして今月、実験医学と細胞工学の特集は、どういう偶然かどちらもノンコーディングRNAです。本領域に参加している研究者も顔を出しております。手前味噌ですが、僕自身もかなり気合いを入れて書いたので、もうこれで思い残すことは無い、、、いや、全く逆で、これだけ謎だらけの状況で仕事が中断したら死んでも死にきれない、ヒトダマになってコールドルームに毎晩出てやるうー、ぐらいに感じています。熱い、暑くるしい研究者たちの雄叫びがみっちりとつまった両特集。ぜひ読み比べてください。少なくとも長鎖ncRNA研究の現況については、両者でほぼひととおりカバーできているのではないかと思います。細胞工学の監修をされた佐渡さん。おつかれさまでした。

そういえば、昔はこれに加えて蛋白質核酸酵素という日本語の総説の雑誌もありました。ともすると日本語の総説は英文の雑誌に比べると一ランク下に見られがちで、Nature reviewsから総説の執筆依頼がきたらそれは名誉なことです、と、二つ返事で引き受ける大教授も、日本語の総説となると、ん、うちの学生のなになに君あたりに書かせようかー、ぐらいになっているのが実情なのではないでしょうか。実際問題、日本語の総説は日本語を解する人しか読めないので、世界の研究者の数パーセントかそれ以下の人しか情報にアクセスできません。また、多くの場合、ピアレビューも無い。その一方で、これら日本語の総説誌を出している出版社の日本語のプロトコール本は非常に良く出回っているような気がします。一昔前、「まいどー。本屋ですー。」と、怪しげなオヤジが売り回っていた海賊版のMolecular Cloning やCurrent Protocolはすっかり見かけなくなりました。日本語プロコール本が広まって自然淘汰されたのか、とうとうあのオヤジがお縄になったのか知る由もありませんが。ともあれ、母国語で専門知識が手に入るというのは、ある意味奇跡的です。英語というのがサイエンスへの壁を高くしているのは間違いありません。夕刊フジや日刊ゲンダイを読む感覚でNatureやScienceを読むことが出来たら、、、というか、そういう感覚で彼らは読んでいる訳ですが、もっと気軽にサイエンスを、というのは、なんとなく、常々思うところではあります。

5th Tokyo RNA Club (2)

2011-06-12T20:40:00.004+09:00

油断をしているうちにいよいよTokyo RNA Clubが明日に迫ってきてしまいました。今更ながらという感じになってしまいましたが、Jhumku Kohtzさんの紹介です。

長鎖のノンコーディングRNAの世界はXistやインプリンティングに関わる一部の遺伝子を除いては、非常に長いこと単なる配列の記載に終始していた感があるのですが、その中でキラリ、Evf-2というノンコーディングRNAの生理的な機能をきちんと報告したのが2006年にGenes and Developmentに報告されたKohtzさんのこの論文です。そもそもどうやってこの遺伝子に巡り会ったのかというのが興味深いのですが、Kohtzさんはもともと発生屋さん。発生生物学の世界では千両役者、スター級のシグナル分子にSonic Hedgehogという遺伝子があるのですが、この遺伝子は神経系の腹側の正中線で発現し、神経管の腹側に存在するいくつかの神経細胞のサブタイプの運命決定に関わることが分かっています。Kohtzさんはこの神経系のパターン形成の仕事をしている中で、腹側に存在する特定のサブタイプの神経細胞で発現している遺伝子を同定し、embryonic ventral forebrain-1と名付けています。この仕事は1998年のDevelopment誌に掲載されているのですが、当時は単なる神経細胞のマーカーとしてしか使っていなかったようです。ちなみにこのDevelopmentという雑誌。オソロシク同業者の間で評価が高く、業界外ではそれほどでもない、イブシ銀の雑誌で、いうならば長島、落合も認める天才打者、カープの前田、といったら分かっていただけるでしょうか。それはともかくとして、当時は単なるマーカーだったEvf-1、ならびに同じく腹側の神経細胞で発現するマーカーのEvf-2がノンコーディングRNAであること、またそのすぐ近傍のゲノム領域に同様に神経系のパターン形成を制御するDlx遺伝子が存在するところから話は急展開していきます。先述の2006年のG&Dでは、Evf-2が近傍の遺伝子発現の転写活性化因子としてはたらいていることを非常に綺麗な一連の実験で示しておられます。当時、僕自身ノンコーディングRNAの研究を始めたばかりのころでしたが、この美しい仕事に非常に感銘を受けたのを良く覚えています。すこし大げさな言い方をすれば、海のものとも山のものともつかぬ長鎖ノンコーディングRNA群でも、個別の遺伝子の機能をきちんと解析してゆけば必ず新しいことが分かるということを、極めて明確な形で明らかにしてくれた初めての論文ではないでしょうか。もちろんインプリンティング関連、Xist関連のノンコーディングRNAの論文はそれまでもあったわけですが。

　つい最近になって、Kohtzさんはさらにこの仕事を発展させ、Evf-2によって制御される遺伝子発現制御が海馬におけるGABA依存性の神経回路形成に関わっていることをNature Neuroscienceに発表しています（論文はこちら）。この辺りの話が中心になるのかもしれませんが、もっと新しい話も聞けるかもしれません。乞うご期待！

中川

5th Tokyo RNA Club

2011-06-07T09:33:00.005+09:00

来週の月曜日、知る人ぞ知る第五回Tokyo RNA Clubが開催されます。これまではずっと信濃町は慶応大学のガラス張りのセミナー室で行われてきましたが、今回は当新学術研究領域との共催でかなり大規模な会になるので、東大の弥生講堂一条ホールにて開催されます。既に方々からセミナーの案内が回ってきてチェーンメール化しているような気もしますが、詳細はこちら。

この弥生講堂というのは檜の無垢材がふんだんに使われた大変瀟洒な建物で、ここって大学？とおもわず何処にいるのか分からなくなってしまうぐらいです。センスが無くて汚くて暗いのが大学の代名詞だった２０年前とは隔世の感があります。新聞やテレビでは昔は良かった、今は閉塞感が満ちあふれ息苦しいとか言いますが、あーゆー暗くて汚い場所に戻りたいなら戻って下さい、僕は今の方がよっぽどマシだと思いますよ、と声を大にして言いたいものです。とはいえ自虐的な喜びを感じる人というのは世の中にはいるもので、暗くて汚い地下室で貧乏くさく引きこもってやるのが学問と信じて疑わない人々もいるから世の中面白いものです。そりゃ学問じゃなくて黒魔術でしょう、という気もしますが。

例によってだいぶ話がそれてしまいましたが、今回は新学術のテーマに沿ったnoncoding RNA (ncRNA) を中心としたTokyo RNA Clubになります。長鎖のncRNAの話題が６題、小さなRNAの話が13題。長鎖ncRNAはマイナーな分野ですので、簡単に海外のゲストの方の紹介をしておきます。

まず最初はArcha Foxさん。パラスペックルがらみでここに何回か名前を出しましたが、イギリスはダンディー大学、Lamondさんの研究室でポスドクをしているときに、核小体のプロテオミクスを勧めている過程で取れてきた複数のタンパク質が核内で共局在していることを見つけた、パラスペックルの発見者です。ラボのホームページはこちら。
現在は旦那さんと共に西オーストラリア大学でラボを持っておられますが、ずっと継続してパラスペックルに局在するタンパク質、および骨格成分であるMENε/βの研究をしておられます。世代的にはまだ３０半ば。特に若い学生さんやポスドクにとっては身近な存在に感じられるのではないでしょうか。京都のRNA meetingにも出られますので、学会に行かれる方はいろいろ人生相談など出来るかもしれません。個人的にArchaさんがスゴイなあとおもうのは、抗体染色のパターンを見て、これは新しい核内構造体に違いない、と信じて、解析を進めて行った、というところです。実際のところ、核を染色する抗体の多くは、べったりと染まるのではなく、ところどころに輝点が見えることが多いです。ただ、普通は、ああ、なんかざらざらそまっているなあ、ぐらいでほっておいてしまうような気がします。実際問題、現在パラスペックルマーカーと呼ばれている抗体の染色パターンを見ても、パラスペックルを知らない人にとっては、おそらくいきなり心臓がバクバクするようなものではありません。憧れの紺野美沙子さんを日比谷公園のチャリティーイベントで見かけたことがあるのですが、スタッフの間に紛れている間は意外と普通の人とかわらないのですよね。ところがいったん気づいてしまうと気になって仕方がない。こう、光り輝くオーラみたいなものがそこにあって、なんでさっきまで気がつかなかったのだろうと。Archaさんが発見した当時はパラスペックルは一部の愛好者のみぞしるマイナーな存在だったのが、いまやすっかり一流スターの仲間入りです。パラスペックルを有名にした仕事の全てに彼女が必ずしも名を連ねているわけではありませんが、最初にあの構造体に気づいた、その感性は、本当に凄いなあ、と思います。

もう一人の長鎖ncRNA関連の海外ゲスト、Jhumku Kohtzさんについては次回。

中川

パラスペックルの話（７）

2011-05-29T08:57:00.002+09:00

ノックアウトマウスを作ってみたら表現型が無かった、というのは良くある話ですが、ノックアウトマウスを作ってみたらそもそもその遺伝子が発現していなかった、というのはなんともお祖末な話です。MENε/βは全ての培養細胞で発現していることになっていたので、また試した限り実際そうだったので、ヒストンやアクチンといった「ハウスキーピング遺伝子」と同じものだと決めてかかっていたのが大きな間違いでした。いろいろ調べていくと、MENε/β遺伝子座から読まれる3-4 kbのMENεと20kb超のMENβは、それぞれ興味深い発現パターンを示すことが分かってきました。

・MENεの発現は比較的いろいろな組織で見られるが、それでも特定の細胞タイプでしか発現していない。
・MENβはMENεを発現する細胞のうち、さらにごく一部の細胞でしか発現していない。
・明確なパラスペックルはMENβを発現している細胞でしか見られない。
・生体内でMENβを発現していない細胞でも、培養条件に持ってくるとMENβの発現が誘導され、パラスペックルが形成される。
・MENβを発現する場所は、細胞が死んでゆくところ、脱落してゆくところが多く、そういった細胞ではパラスペックルが見られる。

そう、まるで生体内では、死んでいく細胞が最後の記念にパラスペックルを作っている、というような感じであったのです。パラスペックルは細胞の遺書か？！

ちなみに、Genome Browserなどを見るとすぐに分かるのですが、マウスゲノムのMENβの領域にはほとんどESTが貼り付いていません。

ヒトではMENβにも多少はESTが見られますが、圧倒的にMENεの領域が多く転写されています。廣瀬研の実験では確かにMENβが重要ということが示唆されていた訳ですが、短いフォームのMENεでパラスペックルが出来る、と言っている人たちはいるので（Mol Cellの論文）、世間ではそう思っている人の方が多いかもしれません。恥ずかしながら、僕自身長いことマウスではMENβは機能していないものと思っていました（ほとんど発現していないから）、、、ヒトのMENβのESTが多いのは、ヒトではガン細胞の研究が盛んで、培養細胞ではMENβの発現が誘導されるから、ということなのかもしれません。

ともあれ、パラスペックルというものが思ったよりも奥が深いと言うことが分かってきましたが、ノックアウトマウスでは全く表現型が見つからなかったので、これらの知見を論文にしたものかどうかえらく迷っていました。そんな折、このブログでもちょっと紹介したカナダで開催されたRiboClubという会で、パラスペックル発見者のFoxさん、これまたTokyo RNA Clubがらみで紹介したことのあるカーマイケルさんとご一緒した際、マウスを作ってみたんですが表現型が無くて、でもそもそも発現パターンが奇妙なんですよ、まったくなにしてんでしょうパラスペックルは、というような話をしたら、それは驚きだ、ぜひ論文にしたら？みたいに言われ、これは一つまとめてみるか、ということになりました。ホモ個体が生まれたから２年ほど経ってのことです。in situのデーターは古すぎたり写真の露出がばらついていたりで結局ほとんど実験をやり直すことになってしまったのですが、２年間で分かったことの追試は２週間で出来る、という誰が作ったのかよくわからん格言通り、それほど苦労せず論文の投稿までは行ったのですが、レフリーからはさすがに鋭い突っ込みがやってきました。

いろいろあったコメントのうち急所を突いていたのは、「肝臓でもパラスペックルが無いって言っているけれども、他の論文ではあることになっているでしょうが。どうなってんの。」というものでした。まさにその点はこちらも不思議に思っていたところで、さらっと見過ごしてくれるかと思っていたのですが、同業者というのはさすが見る目が違います。その後、性別やらステージやらいろいろ条件の異なる肝臓を見ていくと、原因はよくわからないけれども肝臓におけるパラスペックルの有無には個体差があることが分かってきました。まったくもってレフリーさまさまです。その他のコメントを含め、論文の質は当初よりだいぶ改善されたと思うのですが、実はそれよりももっと重大なヒントをレフリーからいただいているのです。これが。それはまた数年後の続編、ということにしたいと思います。。

長々と書いてきた割には全然パラスペックルの解説になっていなくて忸怩たる思いはあるのですが、そろそろこのシリーズも終わりにしたいと思います。ともあれ、この「パラスペックル」という核内構造体、いろいろな意味で長鎖ノンコーディングRNA研究のcase studyになっているような気がします。核内の構造体って、結局単なる贅沢品だったのか。贅沢品って本当に不必要なものなのか。よくわかりません。パラスペックルが生体内ではほとんど見られないのに、培養条件にもっていったらなぜすぐ出来るのか。よくわかりません。でも、分からなければ分からないほど燃えてくる。恋ですねこれは。距離が下手に詰まると飽きがくるのかもしれませんが、なかなか本質的な姿を見せてくれないパラスペックルに翻弄され振り回される研究者たち。それでも皆幸せそうな顔をしているように思えるのは、単なる気のせいだけでは無いでしょう。

パラスペックルの話（６）

2011-05-15T06:44:00.003+09:00

MENε/βキメラマウスが和光にやってきた時点では、まだパラスペックルはかなりマイナーな核内構造としてしか認知されていなかったような気がします。新幹線のぞみのテロップ風にまとめてみますと、

2002年：新規核内構造体パラスペックルが登場。PSP1, PSP2, PSFが共局在するドメインとして。University of DundeeのArcha Foxらが報告。JCB誌。
2005年：パラスペックル論文続報。p54^nrbが新たなコンポーネントの仲間に。再びFoxら。MCB誌。
2005年：イノシン化修飾を受けたmRNAがパラスペックルに繋留されているとの驚きの報告。ストレスが加わると繋留がはずれ核外へ。CSHLのPrasanthらが報告。Cell誌。

そして2007年、BMC Genomicsに発表された、Chessらの高発現量ノンコーディングRNA、NEAT1 (MENε)、NEAT2 (Malat-1) の細胞内局在報告が続く訳ですが、どういうわけか、この論文ではMENεの核内の輝点がパラスペックルであるという記載はありません。核スペックルの近傍にドットが見える、という記述があるので（パラスペックルとはそもそも核スペックルの近傍、という意味）気づいていなかった訳は無いと思うのですが、今から考えると、想像にすぎませんが、NEAT1をノックダウンするとパラスペックルが壊れるという予備的な結果が出ていたので、その機能解析論文を仕上げるまではヒ・ミ・ツ、ということだったのかもしれません。

さて、MENε/βのノックアウトマウス。ヘテロマウスを増やしてガンガン掛け合わせをして、片っ端からメンデル比を調べていったのですが、、、
E (embryonic day) 8.5：ホモ個体あり。外見異常なし。
E10.5：ホモ個体あり。外見異常なし。
E14.5：ホモ個体あり。外見異常なし。
こりゃノックアウトマウスのデザインが間違えていたかな、と、念のためE14.5胚から初代培養細胞MEFを作ったところMENε/βの発現はなく、パラスペックルマーカーPSFの集積も見られず、ほっと一息。つづいて。
E16.5：ホモ個体なし。
E18.5：ホモ個体なし。
うりゃ、きたきた、と、この時点ではembryonic lethalであることを全く疑っていなかったのですが、
P (post natal) 0: ホモ個体あり。外見異常なし
P14:　ホモ個体あり。外見異常なし
なんだ、ただの偶然か、とちょっと落胆。と、ここで、もしかするとノックアウトMEFではパラスペックルはできていないけれども、生体内ではMENε/βの発現が失われていないのかもしれない、と思い当たり、背中にじっとりと脂汗が浮かんできました。このノックアウトマウスはちょっと手抜きのデザインをしていて、MENε/βの転写開始点の直下にpoly-A配列をタンデムで並べているだけなので、MENε/βの本体はしっかり残っています。ですので、たとえば生体内でalternativeな転写開始点が使われたりしたときは、もしくはせっかく挿入したpoly-A配列が完全に無視されてスルーされてしまったときは、普通にMENε/βが発現してきたとしても不思議ではないのです。

E10.5の個体のサンプルを切片にして、おそるおそるin situをしたところ、ホモ個体では全くMENε/βの発現が見られず、胸を撫で下ろしたのですが、別の切片を見たところ、

なんだこれ。野生型でもMEMε/βの発現がないではないか、、、

それまで文献的にはMENε/βの発現は「ubiquitous」と言うことになっていたのであえて生体内での発現を調べたことは無かったのですが、どれだけ目を皿にしてもMENε/βの発現は見られません。発現が無いのならば表現型が出ないのは当たり前で、それはそれで納得がいくのですが。通常ノックアウトマウスを作る前に詳細な発現解析をするのが鉄則なので、こんなおっちょこちょいなことをしていることを知られたら師匠に破門されそうですが、MENε/βの発現は実は思っていたよりもダイナミックなのではないか、という興味深い可能性が出てきた訳です。

（次回最終回です）

パラスペックルの話（５）

2011-04-29T07:58:00.007+09:00

MENε/βのノックアウトマウス作製はかくしてスタートしたのですが、そのころ気になっていたのが廣瀬研から投稿されたパラスペックル論文の行方でした。なんでこんなにシンプルで分かりやすいメッセージなのに、とうぜん落ち着くべきところに落ち着かないのだろう、、、と、端から見ていても歯がゆいぐらいでした。確かに、とかく論文を出すというのは時間のかかるもので、これはパラスペックルとは全く別の話ですが、僕自身が遭遇してきた典型的な例で言えば、、、

2007/12/下旬 quick 5 hours rejection by Neuron＆Nature neuroscience
（３ネンカケタ力作ガ、タッタノ５時間デ、リジェクトカイナ、、、）

2008/1/8 Dev Cell Submission
ありがと。目を通してみるわね。
2008/1/8 Editorial Decision
んー、おもしろいかもしれないけど、ちょっと実験たらないんじゃない。これを足したら考えてあげないわけじゃないけど、いまのままじゃ、だめね。じゃね。
2008/6/24 DevCell Pre-submission inquiry/submission
ふーん、実験追加したんだー（やんわりと断っていたのに、分かってないわねこの人たち）。ま、レビューには回してあげるわ。
2008/8/13 DevCell Decision
がんばったみたいだけど、やっぱり、あなたは私にふさわしくないって。この人が言ってるの。ごめんね。じゃ、またね。

（最初カラソノキハナカッタナ、、、）

2008/8/26 Development submission
確かに受領しました。
2008/10/29 Development interim decision
レビュー完了です。一人が猛烈に反対しています。彼を納得させてください。
2008/1/20 Development revision submission
確かに受領しました。
2009/2/18 Development interim decision
レビュー完了です。一人がまだ猛烈に反対しています。彼を納得させてください。
2009/2/23 Development re-revision submission
確かに受領しました。
2009/3/24 Development Decision
良い知らせです。おめでとうございます。
一人はまだ何か言っていますが。。。

これぐらいでうまく行けば良いのですが、ものによっては３、４年漂流して、とっくに適齢期を過ぎてしまうものもあります。ただし、なんやかんや言って、こうやってレフリーの意見を取り入れてゆくうちに、論文の完成度自体はどんどん上がってゆくという実感はあります。学位取得を目指す学生さんや、留学前に仕事を完成させたいポスドクの方からすれば気が気で無いところはあるでしょうが、いわゆるピア・レビューはさすがに同業者だけあって、怠けたところには突っ込みが入りますし、このまま出したらヤバそうなところには、そういう警鐘をきちんとならしてくれます。ですので、個人的には投稿後２、３ヶ月待たされたり、実験を追加しているうちに下の子が生まれたり、そのうちもう一人下の子が生まれたり、しているわけですが、どんなに時間がかかっても形にさえなれば別に良いかな、と思っていました。しかるに、２００９年のパラスペックル論文。廣瀬研の論文が、一年ぐらいいろいろ回って、追加実験ばんばん要求されて、それでやっとこさ受理された瞬間、なんでひと月も開けずにぼこぼこ他のラボから論文が出てくるのかな、と、かなり釈然としない思いをしたのを良く覚えています。世の中にはインパクトファクターとかいう鼻クソみたいなものがありますが、後から出てきた論文ほどこの鼻クソファクターが高い雑誌に掲載されるのも不思議なことです。とはいえ、あくまでも時代の中で我々は生きている訳ですから、その時代が生み出そうとしている発見というものがあるとするならば、そういうものに複数の人間が同時に関わることになるというのは、別段不思議なことではないのかもしれません。

ともあれ、こういうことがあると、気分が引き締まります。仮想敵国ができると人々は燃えて団結して盛り上がって幸せになる、というのは、冷静時代のアメリカ映画を見ていても明らかです。居もしないライバルを頭に描いて猛然とピペットマンを手に96 plateに立ち向かう。頭の中で流れているBGMはインディ・ジョーンズ。2008年の3月にベクター作りを開始して約半年。神戸のCDBの超速！ノックアウトマウスシステムに乗っかって、2008年8月、待望のキメラマウスが和光の理研にやってきました。

（いつ終わるか分からなくなってきてしまいましたが、もう開き直って、あと２、３回投稿します。が、割り込み歓迎ですので。。。だれか止めてー！という状態とはこのようなことを言うのでしょうか）

パラスペックルの話（４）

2011-04-23T11:35:00.003+09:00

だいぶ話がそれてしまいましたが、パラスペックルの機能解析の続きです。

in situ hybridizationによって目的遺伝子の細胞内局在を調べようとした矢先にそのパターンを報告した論文が出たーーーなどということがあると僕などショックのあまり２、３日寝込んでしまいますが、廣瀬研の人々は意に介さず、という感じで、すごい精神力だなあと思っていたのですが、それはやはり「機能解析」の難しさをご存知だったからなのでしょう。

核内ノンコーディングRNAは、一般的によく使われるsiRNAによるノックダウンが非常に効きにくく（RNAiのエフェクター複合体はほとんど細胞質にあるため）、一工夫が必要となります。ここで登場するのがRNAseHという、DNA:RNAハイブリッドのRNAを特異的に分解する酵素です。DNA複製の際に、いわゆる岡崎フラグメントを合成するためにプライマーゼ一によってRNAが作られる訳ですが、それらを除去するために核内には内在のRNAseHが非常に豊富に存在しています。そこで、ターゲットのRNAに対してアンチセンス配列を持つDNAオリゴを導入してやれば、内在RNAseH活性によって目的のRNAが速やかに分解されるわけです。このトリックを聞いたときには思わずひっくり返るぐらいびっくりして、世の中には賢いことを考えるヒトがいるのだなあとしきりに感心したのですが、スマートなRNA業界の方にとっては比較的なじみのある手法だそうです。

しかしここでまた一つ問題があって、例えばカエルのOocyteのように核に直接インジェクションできるような場合は非常に効率よくDNAオリゴを目的の場所である核内に届けることができる訳ですが、通常のリポフェクションなどの方法で導入した場合、そのほとんどが細胞質にたまってしまって、なかなか核内まで届きません。

廣瀬研で当時開発されつつあった必殺技は、オリゴDNAをいわゆるヌクレオフェクションという、エレクトロポレーションの改善版の方法で導入すると、はいるはいる、核にいきまくる、というものでした。もちろん、普通のリポフェクションでもある程度は核に入りますし、siRNAでも、多少は核内のノンコーディングRNAをノックダウンすることはできます。しかし、明らかに効率が悪い。特に多数の候補遺伝子があって、それぞれの機能を調べたい、という際には、ある程度効率の良い手法が必要となってきます。また、効率が良ければ当然遺伝子導入の条件自体をマイルドにすることができますから、より生理的な条件に近い状態で実験を組むことができる訳です。

敵を知り、己を知れば百戦危うからず。発現パターンだけの論文が「出た」、ということは、裏返せば彼らは機能解析に手こずっているということに他ならないので、恐るるに足らず。廣瀬研の方々が平然としていられたのは、その辺の間合いを見切っていたからなのでしょう。

実際、Andrew Chessの所からの件の論文が出た後も、機能解析の報告はちっとも出てきません。廣瀬研の話はそのあと若手の会やRNA学会などで耳にする機会も増え、MENεとMENβという核内ノンコーディングRNAがイノシン化RNAが濃縮しているパラスペックルという核内構造体に局在すること、MENβをノックダウンするとパラスペックルの構造体が崩壊すること、MENεにはそのような骨格形成の機能はないこと、パラスペックルを構成するPSFやp54^nrbとMENε/βが複合体を作っていること、などが次々明らかとなってきました。そして満を持して論文を投稿されたという話を聞いたのですが、これだけ興味深い話を細胞レベルで留め置くのはもったいない、ぜひ個体レベルでの表現型も見てみたい。こう思うのが発生生物学畑の人間の性です。廣瀬さん、ぜひノックアウトマウス作ってくださいよー、絶対面白くなると思いますよー、とかことあるごとに話をしていたのですが、お台場の産総研にはそもそもマウス小屋すら無いんですよ。とか。いやそれはもったいないですねえ。なんとかならんもんなんですかねえ。たまたま2008年の若手の会の世話人を僕と廣瀬さんでやることになり、連絡をとるたびそんな話を良くしていました。

ちなみに、ネズミを使った仕事は頭は使いませんが、時間はかかります。思い立ったら吉日。世の中誰がどこでノックアウトマウスを作り始めているかわかりませんから、すぐにデザインだけでも始めるのが業界人の習わしです。僕がネズミを作るならこんな感じかなあ、こっからここまでアームで入れて、、、、ん、これってSalIとXhoIでつなげるのか、しめしめ、なんてGene Construction Kitなるベクターデザインソフト上でちぎったりはったりしているうちに、だんだんその気になってきて居ても立ってもいられなくなってきました。通常、なんでもかんでも手を出すというのは道義上好ましくはないのですが、Gomafuの仕事を始めてからは核内ノンコーディングRNAと聞くだけでむずむずしてしまう体質になってしまいましたし、そもそも核内で構造体を形成するノンコーディングRNA自体、そんなに数は多くありません。Gomafuをもっと良く知るためにも、同じように核内で構造体を作るRNAの機能を知りたい。MENε/βのノックアウトマウスを作りたい。作りたい。作りまくってしゃぶり尽くすまで表現型を見てみたい。というわけで廣瀬さんに頼み込んで、ほんとなら廣瀬研にポスドクで行ってそこで解析をしたいのですが、妻（網膜の幹細胞の研究）も子供（網膜の研究をしている学生さんたち）もいるので、家（独立主幹研究ユニット）をすてるわけにはいかず、一緒に個体レベルでの解析をさせていただくわけにはいきませんでしょうか、と。

こういうのを押し掛け女房と言うんでしょうが、そんなかんなで、2008年の３月、ネズミを作り始めることになったわけです。

（つづく、というかこの話終わるのだろうか、、、）

パラスペックルの話（３）

2011-04-16T21:17:00.007+09:00

「機能解析」がないからペケ。
ノックアウトマウスでも作ってごらんなさいな、はなしはそれからですな。おとといきやがれ。はっはっ。

僕自身が大学院生の頃は、ショウジョウバエの遺伝学的解析から同定された遺伝子の相同分子を脊椎動物で同定できればとにかく飯が食えていた時代でした。発生生物学の分野では、パターン形成のメカニズムが無脊椎動物と脊椎動物で保存されているという、今となってみれば教養の学生さんでも知っている常識が、とてつもなく刺激的な最先端の知見でした。たとえば、この論文。ともすれば、その遺伝子の発現パターンだけで、ただそれだけで、驚きを持って受け入れられていたものです。僕の初めての論文（といってもアイデアも執筆も指導教官。これをほぼそのまま訳して修士論文にしようとしたら、破門されかけました。）も、相同遺伝子釣りとはちょっと違いますが、「動いている細胞」で「動いていない細胞で発現していると思われている遺伝子」が発現していますよ、という、ただそれだけの報告でした。最終的には論文という形で報告できたものの、最初に投稿した某ジャーナルのレフリーからのコメントが、冒頭の二つでした。レフリーのコメントのファックスを当時の指導教官に見せてもらった瞬間、頭の中では藁人形を持ち出していましたが、冷静に考えてみれば、当然のコメントでした。

機能解析、と簡単に言いますが、それなりに技術的には困難がともなうものです。例えば、僕が大学院生の時に日常的に使っていたニワトリ胚では、いまでこそ現東北大の仲村春和さんが世界に先駆けて開発したin vivoエレクトロポレーション法のおかげでサルでもできるレベルまで簡単になりましたが、当時は遺伝子を導入する方法がほとんど確立されていなかったのが実情です。リポフェクションがリン酸カルシウム法に代わり世間を席巻しようとしていた時代で、これまた現東北大の若松義雄さんが秘密のタンパク質分解酵素を組織にふりかけてからリポフェクションの試薬を使うと魔法のように遺伝子が導入できるという奇跡のプロトコールを開発して一部のマニアからは「神」扱いをされていた頃です。その一方で、アフリカツメカエルを使った実験系では、インジェクションで一過的ながらも遺伝子を個体レベルで発現させるのは常識以上の常識。ちぎったり貼ったりした発現ベクターをぶちゅっ、とカエルの受精卵にぶち込めば、サルでも機能解析、つまりもっとも重要な機能阻害実験を行うことができていました。でも、ニワトリではそう簡単にはいかない。とはいえ、学問的にはそんなことは言い訳にはならない。

時代が進んで今日び、特定の遺伝子の機能を実験的に無くしたときの結果が無ければ、サルにも見てもらえません。サルサルしつこいようですが、サル実験を馬鹿にしてはいけないわけで、時代によって要求される実験の進め方なり、データーの並び方なり、それが無いとサルにもなれない（シツコイ！！）実験的な検証手法は常に存在します。テクノロジーとしてのsiRNAはそういう意味でPCR以上に大学院生の生活をたぶん良い方に変えていて、口先だけで夢だけしか語れなかった時代が、きちんとした実験的な機能解析の証拠を引っさげてなまけものの上司にディスカッションを挑める時代になってきたわけです。

が、ところが、核内に存在するノンコーディングRNAに関しては、siRNAがうまいこと働かないことが多いのです。理由は簡単。いわゆるsiRNAやmiRNA経路に働くAgoファミリーはすべて細胞質に存在しており、核内のRNAを分解することができないわけです。それもあって、核内のノンコーディングRNAの機能解析は、一世代も、二世代も、遅れていた感があります。では、どうするか。廣瀬研では、とっておきのテクノロジーが開発されつつありました。

（つづく）

パラスペックルの話（２）

2011-04-14T06:08:00.003+09:00

パラスペックルは別にいらないよ、というこの論文

Paraspeckles are subpopulation-specific nuclear bodies that are not essential in mice.
J Cell Biol. 2011 Apr 4;193(1):31-9.

お台場は産総研におられる廣瀬さんと理研の僕のラボとの、記念すべき共同研究第一弾なのですが、サイエンティフィックな詳しい内容に入る前に、そもそもこの共同研究の始まったきっかけについて、、、

　今からさかのぼること４年半、２００６年９月、富士の山麓の裾野でRNA若手の会なる集まりが開かれました。そもそも今のRNA学会は、当時若手研究者だった（いまでも若い！？）現神戸大の坂本さんや井上さん、熊大の谷さんといった方々が中心となって、分子生物学会で神戸に集まったRNA関連の若手研究者を六甲山上に拉致（？）した研究会がそもそもの始まりだったと聞き及んでいますが、その後その研究会はRNA学会へと発展をつげ、しかしながら元々の母体は「RNA若手の会」として生き残り、脈々とその心意気は受け継がれこの研究分野の活力の素となっているとか、、、
　話を戻して２００６年のRNA若手の会。横浜国大の栗原さん、産総研の廣瀬さん、それから北里大学に当時おられた若井さんが世話人をされていたのですが、これがかなり気合いの入った会で、恒例のゲスト講演は筑波大の永田恭介さんと阪大の木村宏さん。まずここからして熱いです。うな重とカツ丼を一緒に食べるようなものです。そして質の高い学生さんやポスドクのトークもさることながら、シニアな方々の突っ込みの厳しいこと熱いこと。火照った頭もそのまま懇親会、場所を変えて継続懇親会、さらに継続継続懇親会、、、当時僕自身はRNAの研究ソサイエティとは縁とおく、知り合いと言えば神戸CDBつながりのN村さんとN山さんぐらいだったのですが、これがRNA学会を生み出した噂の若手の会の熱気かと、かなり気圧された覚えがあります。その何次会だったかは忘れてしまいましたが、廣瀬さんとお話しする機会がありまして、生化学的な分画から新規のノンコーディングRNAを見つけてその機能を調べている、でもin situはやったことが無いのでまた教えてください、はいはいもちろん、サルでもできるプロトコール、略してサルプロがありますから今度お送りしますよ、でも百聞は一見に如かずですから、ぜひ一度遊びにきてください、ではそうしましょうか、というようなことにあいなりました。当時（今でもそうですが）mRNAタイプのノンコーディングRNA研究はマイナーな分野で、一部の熱狂的なマニアの間でのみ絶大な人気を誇るVシネマの傍役みたいなものでしたから、同じ学問上の嗜好を持った人とオタクな話ができるのは大変貴重な機会でありました。そして半年ぐらいしてから、廣瀬さんとなぜか皆から御大と呼ばれるS々木さんが候補遺伝子を持って理研にこられ、一通りディスカッションして、世間話をして、じゃあin situしましょうか、と実験に移ろうとしたその時、ふと候補遺伝子の名前でPubmed検索してみたら、この論文がヒット。

なにこれ。もうin situの結果論文になってる、、、、

廣瀬さんが同定されていた候補遺伝子は実はMalat-1とMENε/βだったのですが、よりによって、まさにこの二つの遺伝子の細胞内局在を調べた論文が出ているではありませんか。しかもすでに格調高い名前がそれぞれの遺伝子につけられているのに、ニート１、ニート２と人を小馬鹿にしたような名前を付けなおして（綴りは例のあれとはちがうということを後から知りましたが）。

しかしここから廣瀬研の逆襲が始まります。

（つづく）

パラスペックルの話（１）

2011-04-03T09:25:00.004+09:00

いつの間にかガソリンスタンドに並ぶ車列は消え、コンビニの棚にも弁当が戻ってきました。４月だというのに冷え込みは相変わらず厳しいですが、何事もなかったかのように桜の花も咲き始めています。胸中いろいろ複雑なものがあり、気持ちの整理がつかないところもありますが、今それをあえて整理する必要もないと思いますし、年度変わりを一つの契機に、新しい一歩を踏み出していきたいと思います。

　さて、領域代表の方からアナウンスがありましたが、国際RNA学会にあわせて第五回Tokyo RNA Clubが開かれます。若い人はTRCなどと略したりしているようですが、現RNA学会会長の塩見さんの声かけで始まったこの会、特に普段日常的に触れることのない海外の研究者との、とても良い個人的な交流の場となっている気がします。これまでは分子生物学会などのイベントにあわせて来日したゲストを中心に４、５人のトーク、という感じでしたが、今回は国際RNA学会に多くのゲストが来日していることもあり、まるまる一日の大イベント、ちょっとした国際会議の趣です。

　具体的なプログラムはそのうちまたアナウンスがあると思いますが、非コードRNAの話が中心になりまして、７割は小さいRNA、３割は長鎖のRNA、に関わる話になりそうです。その長鎖のRNAのスピーカーの一人が、Archa Foxさん。現在西オーストラリア大学でご夫婦でそれぞれラボを持っておられて（こういう例は海外に多いですよね。日本でももっと増えれば良いのにと思います）、旦那さんはBondさんという結晶学者です。そう、Foxさんは女性なのですね。某A光さんは身長１８０センチぐらいの筋骨たくましいひげモジャラのおじさんを想像していたらしいですが、そんなことはありません。まだまだ若い気さくなおねえちゃんであります。

　Foxさんの名前は核内構造体の業界の人なら知る人ぞ知る、パラスペックルの発見者です（仕事ぶりから筋骨たくましい姿を想像されていたのでしょうか、、、）。彼女がイギリスはダンディー大学のAngus Lamondさんのラボでポスドクをしていた時、プロテオミクスで見つけてきたタンパク質のいくつかが核内で特徴的なFociを作ることを見いだし、それらがスプライシング因子が集積する核スペックルの近傍にあることから、「パラスペックル」という名前を付けました。
その後、このパラスペックルに高度にイノシン化されたRNAが係留されていること、MENε/βもしくはNEAT1と名付けられた長鎖ノンコーディングRNAがパラスペックルに局在することなどが次々と明らかとなって、この構造体が「何かしているのではないか」という雰囲気が高まってきました。さらには産総研の廣瀬さんらの研究を皮切りにMENε/βがパラスペックルの構造体を作るために必須であるという論文が４連発で発表されるに至り、

Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Feb 24;106(8):2525-30.
Genome Res. 2009 Mar;19(3):347-59.
Mol Cell. 2009 Mar 27;33(6):717-26.
Mol Cell. 2009 Aug 28;35(4):467-78.

今ではすっかり核内構造体の主要メンバーの一つである感があります。

　しかしこのパラスペックル、いったい何をしているのでしょう？（つづく）

中川

Tokyo RNA Club the 5th Meeting

2011-03-30T18:02:00.005+09:00

震災以来、幸いにして直接被害を受けたわけでは無い私達にとっても、非常に心が痛む日々が続いています。すべての日本人、あるいは日本に少しでも関係のある人々にとって、到底平静ではいられない状況だと思います。そんな中で、今私達に出来ることは、あまり多くありません。寄付をすること、節電に努めること、祈ること、希望を持つこと・・・ただ、冷静かつ科学的な判断と行動を保ち、かつその姿をまわりの人々に示すこと、そして、これからの日本に少しでも貢献すべく、自分自身が価値あると信じる研究を、手を緩めずに推進するということは私達科学者にしかできません。その様な意味を込めて、6/13のTokyo RNA Club the 5th Meetingは、予定通り開催する方向で進めることにいたしました。先日Keystone meetingに参加してきましたが、会う人会う人、世界中の研究者が日本に思いを寄せてくれているということを改めて実感し、うれしくまた大変心強く思いました。Tokyo RNA Clubには、招聘演者のほぼ全員が予定通り参加してもらえことを確認しています。また、新たにぜひ参加したいという海外研究者が、3名も増えました。追ってスケジュールや詳細についてはアナウンスいたしますが、すばらしい会になるものと期待しています。皆さんのご理解とご協力をぜひよろしくお願いいたします。

領域代表
東大分生研・泊

論文を書くということ

2011-02-27T19:35:00.004+09:00

　影山さんが論文書きの話題を提供されていましたので、常々思っていたことを少し。

　研究者が自分の活動を対外的に発表する手段は学会発表であったり特許であったり、一昔であればモノローグの本を出版したりと色々あるわけですが、現在の一般的な理系の研究者の場合、論文を発表することが最も重要なサイエンティフィックな活動であるというのは論を待たないところでしょう。昨今では広く社会に向けて情報を発信することも重視されるようにはなりましたが、少なくとも研究者同士がお互いを評価する場合、ほぼ論文のみが唯一無二の評価基準と言って良いと思います。学会発表で正面から罵倒されることは滅多にありませんが、論文のピアレビューは匿名制度であることも手伝いまあそれは容赦ありません。何もそこまで意地悪にならなくてもと、相手が特定できたら藁人形に釘を打ったろうかと思うこともありますが、それも裏返してみれば研究者が論文をそれだけ重要視しているということに他なりません。

　ところがこの論文を書くという作業、なかなか敷居が高いわけです。特に言葉の壁も手伝って、一生書かずに済むのであればそうしたい、という若い研究者の人、特に学生さんなどはそう思っている人も多いのではないでしょうか。少なくとも僕自身は大学院生の時、論文を「出したい」とは思っていましたが、論文を仕上げるために死にものぐるいで実験してデーターを出して図を作ってという作業には何の苦痛も感じませんでしたが、論文を自分が「書く」ものと思ったことは、ただの一度もありませんでした。学生は実験をするもの。指導教官が論文を書くもの。そういった「常識」を自分の頭の中で勝手に作り上げて、それをまた何の疑問もなく受け入れていたわけです。

　もし研究者としてメシを長く食っていこうとするのであれば、いつかは論文を書けるようにならなければならないわけですが、一体いつになったら論文を「書ける」ようになるのでしょう？ポスドクになって最初に出くわす悩みは、この論文に関する不安なのではないかと思います。中には例外的な人がいて院生時代から鼻息荒くガンガン論文を書きまくっている人もいるのでしょうが、普通はとりあえずそこに関しては思考を停止して、目の前の実験に没頭する人の方が圧倒的に多いのではないかと思います。そこで世の中には論文の書き方なり、英語の書き方なりを懇切丁寧に説明した指南書が数多く出回っているわけですが、なかなかそういう本を読んでいても、論文を「書ける」ようにはならないような気がします。では一体何がきっかけで、どのようにして論文を「書ける」ようになるのでしょうか。

　僕自身、論文書きを語るほど多くの論文を書いてきてはいませんし、上手な書き方が出来るわけでもありませんが、ただ一つ自分の中ではっきりしているのは、論文というのものは「書ける」ようになるもの、ではなくて、「書きたく」なるものだということです。とにかく書きたい、書きたい、という強い気持ちが強く出てきて初めて論文になる。「書きたい」と思わないうちは、その仕事は自分の中で本当に真剣にやりたい仕事ではない、と言うこともできるかもしれません。自分が思いついた研究テーマに取り組み、そこで思ったような結果が出てくれば、論文を「書きたい！」と、強烈に思うのが研究者としての性でしょう。心の叫びですね。今、もし学生さんやポスドクになりたてで自分で論文が書けるかなあ、と不安に思っている人がもしいるのでしたら、全く不安に思うことはないと思います。言葉を覚えたての乳幼児の向上心たるやすごいもので、あれは話したくて話したくてしょうがないからとにかく真似をして思いを伝えようとするわけです。「たかいたかいしてー」が「かたいかたいしてー」でも意味は通じるわけです。論文もどうしても書きたいと思ったら、同じような内容を表現しているセンテンスをいろんな論文からコピーペーストしてつなぎ合わせてゆけば、少なくともこちらの情熱が伝わる論文にはなるでしょう。

　論文が「書けない」ことに対する治療薬はいっぱいあります。しかしながら、論文を「書きたくならない」事に対する処方箋はありません。恋をしたことが無い人に恋を教えるようなものですから。

中川

ながらふべきか、但し又ながらふべきに非るか、爰が思案のしどころぞ

2011-02-10T02:27:00.001+09:00

論文を書いていてふと思ったことを書きます。最初に断っておきますが、大して意味のある内容ではないです。

Science とは不思議なもので、同じ材料で同じようなことを考えているのに、何をやるかは人それぞれであったりします。そういうときに効いてくるのは、個々人の性格や学術的バックグラウンドではないかと思っています。今回は後者の方について思いついたことを書きます。

いきなり個人的な話になりますが、わたしは生化学のラボ出身で（前に書いたかもしれません）、学位論文もバンド物とグラフばっかりなのですが、当時ラボにいたS・Hさんの影響もあってか発生生物学を心のどこかで常に意識しています。自分で思うにこれらの分野の両方を知っていることが私の強みだと思っています（まぁ中途半端ともいえますが）。以下は私の思い込みに基づく勝手な見解です。

発生生物学と生化学は基本的に全く違うもので、個体レベルで起こる発生現象の解明に力点をおいた研究と、化学反応にあずかる生体分子の振る舞いに焦点を当てた研究では、趣が異なるのも当然であろうと思います。もちろん生命現象のメカニズムに迫ろうとする最終的な目的は同じなので、少なからず接点があるわけなのですが。

これらは論文を書くときに如実に現れます。論文というのは研究の一部を切り取って、ひとつの結論を導き出すために書き上げることが多いので、得られた結果をどういうふうに読者に読ませるかを考えなければなりません。最近は字数制限も厳しいですし、なるべく無駄なく書こうとすると、落とし所はひとつに絞られてきます。すべからく introduction から discussion の最後まで、その落とし所に沿った書き方になります。

例えば、生化学の論文ならば、introduction は以下のような感じになることが多いような気がします。
Nuclear steroid receptors function as transcriptional factors and mediate endocrine signals in a variety of biological phenomena including...
発生生物学であれば、こんな感じ。
Lens formation in mammals is an excellent model for cell differentiation and organogenesis, in which single layer of placodal cells...

これらの違いは論文を書くときに初めて現れるわけではなくて、面白そうな結果が出始めたあたりから個々の学術的バックグラウンド（嗜好と言ってもよいかもしれません）や担当者の能力に従って少しづつ顕著になります。もちろん、良くも悪くも「バリバリの」発生屋さんや生化学屋さんなら徹頭徹尾違うと思いますが、微妙な立ち位置にいる私なんかは、どうするべきか悩みながらやっていたりします（あっちを向いたりこっちを向いたり結構危なっかしい）。特に最初の面白そうなデータが出る段階では、まさに試行錯誤状態です。学生やポスドクと意見が合わなくて対立したりすることもあります。

それが発生を理解する上で意味があるのかないのか。あるいは解析している遺伝子の産物が面白い生化学的反応に関与しているのかどうか。もちろんこういう判断基準以外にも色々あってしかるべきなのですが、私の場合は大まかにこれら二つのことを考え、どういう方針でやるか（あるいはやらないか）、思案しながら研究をしている気がします。

発生ではないですが、遺伝学と生化学を両方やるのが当たり前の大腸菌や酵母の人はどう考えているのか、一度聞いてみたいです。

ちなみにタイトルはハムレットのアレの矢田部良吉による和訳です。思案のしどころなのはわかったとしても、正解がわかるとは限らないんですよねぇ。

影山裕二/岡崎統合バイオ

金沢

2011-02-08T09:49:00.015+09:00

金沢大・堀家

金沢大学・フロンティアサイエンス機構の堀家です。中川さんからずいぶん前にブログのお誘いを受けながら，ずるずると遅くなってしまいました。（すいません）今回は，初めての書き込みですので自己紹介を兼ねて書かせて頂きます。

私は，鳥取大学の押村光雄先生のラボで学位を取り，アメリカ・カナダの留学を経て現在の金沢大学に至っております。現在は，JSTの「若手研究者の自立的研究環境整備促進事業」（テニュアトラック制度）の一環で金沢大学に籍を置き研究させて頂いております。まあ，来年度が最終年度にあたり，いろいろと言いたいことは多々ありますがこの制度のことは後日。

私のメインの研究は，昔からKCNQ1OT1/LIT1のような長鎖ncRNAがどのような機構を通じて周辺の遺伝子発現をコントロールしているか明らかにすることでした。そうした中，現在はヒト15ｑ11-ｑ13のインプリント遺伝子領域に存在する長鎖ncRNA，UBE3A-ASに着目し，研究を行っております。UBE3A-ASは，アンジェルマン遺伝子UBE3AのアンチセンスRNAとして機能するだけでなく，15ｑ11-ｑ13のクロマチン凝集，さらにはPWS-IC領域のインプリントの設立などに深く関与していることが知られています。しかしながら，その分子機構は未だ明らかにされておらずその解明が大変重要であります。そこで，私は押村先生より習ったヒト染色体工学技術を生かしたユニークな切り口でこの問題を料理できたらなあと思っております。今後ともこの新学術領域の公募班に入れて頂いた機会を生かしていろいろとncRNAのことを勉強させて頂きたいと思いますのでよろしくお願いします。

最後に，今年5月25日，26日に金沢で日本分子生物学会春季シンポジウムが開かれます。この機会に是非金沢にお越し下さい。

Outreach?

2011-02-07T17:16:00.013+09:00

Derek Goto (Hokkaido University)

Although our main focus is on research and scientific discovery, one thing I’ve also been thinking about is how our lab can contribute to getting younger students excited about science. I mainly ask because I’m hoping to get advice on the following question - what are some good RNA-related experiments for a high school level student?

“Scientific Outreach” is about making the general public aware of our activities and results, which can be achieved in various ways. A typical example is joining open seminars for the public. Another example is giving younger kids the chance to get involved in scientific research. This is something I saw often when I was a postdoc in the USA - it wasn’t unusual to see a high school student volunteering to work in the lab to gain some experience. Sure, one of the main motivations may have been that it looks good on a college application, but hey, at least they were in the lab and getting some exposure to science!

I noticed there is a special feature on “Scientific Outreach” in the latest issue of the Quarterly Magazine from the Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) (No 34, 2010 Winter edition). The first paragraph of this article ends with a clear message for scientists receiving government research funds following the recent shake-up in government budget programs:

“In short, greater outreach efforts will be expected from them.”

This matches one of the things we’ve been trying to do in our lab, so hopefully we’re on the right track...

I’m proud to say that here in Japan, we’ve successfully hosted several outreach events for young students. Groups of preschool, primary school and junior high school kids have all joined our lab for an afternoon (after nervous preparation putting all the chemicals out of arms reach and taping up the cabinets/drawers!). All kids carried out their own DNA extractions from broccoli (the DNA strands are clearly visible at the end!), took a look at their own cheek cells under the microscope to see nuclei where the DNA is, and ran various plant DNA samples on an agarose gel. Fun stuff, but also challenging....explaining DNA or plant biology to young kids and their parents is a valuable lesson in communicating science to the general public!

Primary school students in the lab

Based on the success with the above events, we were looking for a way to step it up a bit and do something similar to what I saw in the US - create an environment where even a high school student could be part of the lab.....

Fortunately, we have recently become involved a new program that places high school students in a research lab for a year - the “Future scientist training program” (未来の科学者養成講座：Mirai no kagakusha yousei kouza). Our lab investigates a parasitic nematode that attacks and modifies plant roots. We mainly focus on the molecular mechanisms used to modify host cells and establish an infection sites by the parasitic nematode. The project for the student who joined our lab (Rintaro, 1st yr of high school) looks at the problem from a different angle - how does the nematode respond to nearby plants and manage to find host tissue? Importantly, this means he has his own independent project and works alongside other undergrad and postgrad students in the lab, rather than simply helping others with their projects. It’s also a lot of fun as he develops behaviour assays etc and moves individual nematodes around in different sterile conditions. It seems to be working - he is enjoying the science and clearly thinking about the research problems at hand.

So, now I’m wondering if its possible to introduce students to some more complicated topics at the same time. I’m not yet thinking about a proper project, but more some kind of fun experiments to do on the side that I can also do with other young students or members of the general public who may visit our lab in the future. Which brings me back to the question I started with - any hints on some good experiments for people of high school level that would help get them excited about “RNA science”?

Time for me to take a look on google....

links:

lab home page

research overview (japanese)

PDF copy of newspaper article (2 Mb)

ジャーナルクラブと三角形

2011-02-01T12:20:00.002+09:00

理研CDB　中山潤一

　広報担当の中川さんに（中川注：私、だんじて広報担当ではありません、、、）、「領域の可視化に協力を」と依頼されてこの原稿を書いています（書かないと研究費を削られてしまうそうなので・・（中川注：誰ですかそんないい加減なことをいったのは？））。海外留学とか堅い話で盛り上がっているところ緩い話で恐縮なのですが、普段考えている毒にも薬にもならないことを文章にしてみたいと思います。

　研究に携わる仕事をしていると、なかなか体系的に説明されない、あるいはしにくいような事があったりします。例えば、「独立するにはどうするか」とか「良い留学先を見つけるにはどうするか」などはその類ではないかと思います。同じようなことで「ジャーナルクラブ」というのも、そのスタイルや仕方、時間などは多種多様で、研究室によってもまちまちではないかと思います。もちろんベストなスタイルなんていうものは存在しないと思いますが、自分のラボの学生やスタッフのジャーナルクラブでの発表を聞いていると、「う〜ん、なにか違う」と感じることがあります。多分それは「立ち位置」のようなものではないかと思います。

　この「立ち位置」というのも微妙な表現ですが、要するに「自分」と「紹介する論文」と「そのセミナーを聞く人達」の関係です。例えば研究室に入りたての学生や、新しくその分野に入って来たばかりの人に良く見受けられるパターンは、完全に紹介する論文サイドに立って、その論文に書かれていることを100%信用し、仮に結果についてネガティブな批評でもあったりしたら、まるで自分にイチャモンをつけられたかのように振る舞うようなパターンです。中にはこれとは全く逆のケースもあって、例えばセミナーを聞いている他の参加者から、紹介する論文の結果に対して批判的なコメントがあっても、「いや自分もそう思うんですよ」と相づちをうって、まったく論文側に立ったコメントを返さないような人もいます。

　ここまで極端なことはあまりないかもしれませんが、多くの人が多少なりどちらかの傾向を持っているような気がします。もちろんどちらでも発表者の好きにしたら良いと思うのですが、私なりの意見としては、その論文の結果をきちんと理解し評価しつつ、客観的な目を合わせ持って紹介する、つまり論文に対しても、参加して聞いている人達に対しても、ある程度距離を持って紹介すると言うのが理想ではないかと思います（タイトルはそう言う意味です）。例えば、こちらが論文紹介を聞きながら、もしかしたらこんな解釈が出来るかも知れない、と何か思いついてちょっとワクワクしながら質問しても、「え〜と、そのようなことは論文には書かれていませんでした」、とだけ返されるとかなりガッカリします。きちんと客観的に論文を評価し、参加者の意見を尊重すれば、もしそのような質問があった場合でも「論文には書かれていませんでしたが、そうですね確かにそう言う考えはできるかも知れません。ただ自分は〜だと思います」というような自分を中心にした返答が出来るのではないかと思います。

　論文を紹介するだけなら、ちゃんと時間をかければ誰でも出来ると思います。ただ自分の立ち位置をきちんとキープして、その場所から客観的に論文を評価しつつきちんと個々の質問に対して答えるというのは、実その次の大事なステップなのかもしれません。まだまだかなぁ、と思ったりしながらいつもセミナーを聞いています。
　
　話は変わりますが、私が大学院の学生で研究室に入ったばかりの頃、一流ジャーナルに出ている論文はそれこそ教科書のように信じて紹介していたのですが、それに対して当時の指導教官は半信半疑というような質問をよくされていました。当時「なんで先生はあんなに懐疑的なことばかり言うのだろう」と思ったりしていましたが、何のことはない、振り返ってみれば今自分がまったく同じように論文を見ているわけです。きっと学生に同じことを思われているのかも知れません。

線虫 C. elegans と non-coding RNA 研究について（３）

2011-01-27T22:52:00.004+09:00

さていよいよこのシリーズも最後。田原さんご自身の研究のご紹介です。「線虫を用いた生化学」とかさらっと読み流してしまいそうですが、最初にそれを立ち上げるのにはいかなる苦労があったのか、行間から読み取って下さい。線虫と言えば遺伝学ですから。吉良邸に討ち入るぐらいの覚悟がないと、こういう「奇妙な組み合わせ」はうまくいかないのですよね。多くの場合。

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　私が研究している RNAi (RNA interference) 現象も、線虫で発見されたものである。線虫の初期発生において非対称分裂が正常に生じない par 変異体の原因遺伝子をクローニングするために Kemphues のグループが行った実験が、RNAi 現象が認識されるきっかけとなったと言える。par 変異が位置する染色体領域に対応する複数の遺伝子クローンから RNA を in vitro 合成して個体にマイクロインジェクションし、RNA 導入による発現阻害が par 表現型をコピーする遺伝子を探す実験を彼等は行った。不思議なことに、アンチセンス RNA のみならず、センス RNA を注入しても標的遺伝子の発現阻害が起こることが報告された。同様の実験手法を mom 遺伝子群の解析に用いた Mello および Priess のグループらは、古典的なアンチセンス RNA の作用モデルと区別する意味を含めて、線虫に外来 RNA を注入した場合に生じる遺伝子発現の阻害を RNAi と呼ぶことにした。そして Fire と Mello らは、1 本鎖であるアンチセンス RNA やセンス RNA よりも 2 本鎖 RNA (dsRNA) を注入する方が RNAi を生じさせる上で効果的であることを発見した。線虫の研究をヒントにした結果、様々な真核生物において dsRNA が遺伝子発現の阻害に有効であることが示されてきている訳である。
　引き続いて RNAi の反応機構を遺伝学的に解析するために、RNAi 活性を欠損した線虫変異体 rde (RNAi deficient) のスクリーニングが行われ、動物において RNAi に関与する因子として初めて見つかった rde-1 遺伝子及びその他複数の遺伝子が同定されてきた。ちなみに、rde-1 遺伝子は Argoanute 蛋白の一つをコードしていた。しばらくして、植物の RNA サイレンシングにおける中間産物として small interfering RNA (siRNA) が発見され、加えてショウジョウバエや哺乳類細胞由来の細胞抽出液を用いて RNAi 反応を in vitro で再現して解析する無細胞反応系が開発されて研究が進展した結果、RNAi の反応機構においては siRNA が重要な役割を果たしていることが分かってきた。ハエ等を用いた生化学的解析によって示されたのは 2 つの鍵となる反応である。まず最初に、導入された dsRNA は Dicer の RNase III 活性によって 5' 末端にモノ燐酸を持ち 3' 末端が突出している 2 本鎖 siRNA (初期型) へと断片化される。引き続いて、siRNA はエンドヌクレアーゼ活性を持つ Argonaute 蛋白と一緒に RNA-induced silencing complex (RISC) と呼ばれる複合体を形成し、RISC は標的 mRNA を配列特異的に認識して切断する (Slicer 活性)。
　筆者は RNAi の研究を線虫の RNAi 欠損変異体の単離という遺伝学的なアプローチから始めたが、遺伝学だけでは RNAi の機構における反応の流れが理解しづらいという印象を抱いた。そこで、RNAi 反応における酵素活性を生化学的に解析するための無細胞反応系を線虫においても独自に開発し、生化学と遺伝学を組み合わせた総合的な解析を行うアプローチを取ることにした。加えて、RNAi における第三の鍵と言えるサイレンシングシグナルの増幅を担う RNA 依存性 RNA ポリメラーゼ (RdRP) の活性を生化学的に解析したいと考えた。線虫の RNAi においては、トリガーである長い 2 本鎖 RNA から 5' 末端にモノ燐酸を持つ初期型 siRNA が Dicer によって産生され、さらに標的 mRNA を鋳型として 5' 末端にトリ燐酸を持つ二次型 siRNA が RNA 依存性 RNA ポリメラーゼによって産生される。線虫の細胞抽出液を用いて構築した無細胞反応系を利用した研究により、RdRP 複合体は Dicer 非依存的に二次型に対応するトリ燐酸化 siRNA を合成する活性を持つこと、加えて二次型のトリ燐酸化 siRNA が初期型のモノ燐酸化 siRNA よりも遥かに強力に標的 mRNA を切断する Slicer 活性を誘導すること、トリ燐酸化 siRNA によって誘導される Slicer 活性を担う因子は Argonaute 蛋白の一つである CSR-1 であることを筆者らは示した。C. elegans においては生化学的な研究があまりなされていないことから生化学的な研究には向いていないと考える研究者もいるが、系が出来上がった後での話ではあるが線虫の細胞抽出液で構築した RNAi の無細胞解析系は上手く動く。C. elegans は生化学的な解析に不向きな生物では全くないと筆者は思うが、付随する実験で時として必要とされるリコンビナント蛋白の作製は他生物の蛋白よりも明らかに難しいことも事実である。おそらく、室温よりも高い温度（つまり構造が壊れ易い状態）においても正確にフォールディングできるようになっている幾つかの他生物の蛋白に比べると、比較的低温で増殖する C. elegans の蛋白は一般にフォールディング能力が弱いのもしれない。ともあれ結果的に、外来性の dsRNA によって誘導される RNAi の線虫における反応機構の概略を記述できたのではないかと考えている。しかしながら、線虫と他生物における RNAi 反応機構は類似した蛋白因子を用いているが、RNA の流れについてはかなりの違いが見受けられることも、自身および他グループの研究によって分かってきた。他生物と保存性の非常に高い機構が浮かび上がってくることを期待していたことから、少し残念に思っている。
　現在ところ筆者は、生化学的な研究から個体レベルの研究へ立ち戻って、生殖細胞に多い内在性小分子 RNA との相互作用を絡めつつ、他生物でも現象面で共通性の高い内在性の遺伝子発現調節機構の解明に挑戦しているところである。

線虫 C. elegans と non-coding RNA 研究について（２）

2011-01-24T08:16:00.003+09:00

線虫エッセイ第二弾です。
線虫とRNAiというとMello&Fireの仕事が有名ですが、また、ずっと前に植物で分かっていたとかいう話も有名ですが、ヘテロクロニーがらみの話は発生屋の間では有名なものの、生化学的な話が中心となりがちなRNAの研究分野では意外と忘れられがち、、、なことはないでしょうか。以下、田原さんです。

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II. 線虫における non-coding RNA 研究について
　ところで、non-coding RNA やそれらの制御に関与する重要な蛋白ファミリーには、線虫を用いた遺伝学的研究によって最初に見つかったものが幾つか存在する。
　小分子 RNA の一種である micro RNA は、線虫のヘテロクロニックな発生異常変異体の解析から見つかったものである。多細胞生物の発生現象では、発生ステージに沿って個々のステージ特異的な性質を伴って組織および器官が発達してゆく。同じグループに属する近縁の生物は非常に類似した発生パターンを示すことが一般的であるのに対し、同じグループに属するにも関わらず例外的な生物種では幾つかの器官の発生タイミングが促進または遅滞していることがあり、その現象はヘテロクロニー（hetrochrony : 異時性）と呼ばれる。例えば、両生類のアメリカサンショウウオは幼生期にはエラを持ち、変態に伴ってエラを失って成体では肺を持つことが一般的である。しかしながら、ある種のアメリカサンショウウオはエラを持ったまま成体になるというヘテロクロニーを示し、変態を進める遺伝子制御が正常に働いていないことが推測される。
　C. elegans は孵化後に、1 齢幼虫 (L1) から脱皮を繰り返して 2, 3, 4 齢幼虫 (L2, L3, L4) そして成虫へと発生していく。上皮細胞に着目すると、ステージ毎に特有な細胞増殖パターンを示しつつ発生が進み、各ステージに特異的なコラーゲン遺伝子等の発現も確認される。つまり、上皮細胞の性質は L1 から L4 そして成虫期の各ステージで厳密に区別されていると考えられる。線虫においては、上皮細胞におけるステージ特異的性質の出現順序が乱れている（つまりヘテロクロニックな）変異体が同定されてきており、原因遺伝子のクローニングもなされてきた。lin-14 は新規の核蛋白そして lin-28 は Y ボックスを持つ蛋白をコードしており、それらの正の活性は上皮細胞の L1 ステージ特異的な運命決定に必要である。興味深いことに、lin-14 と lin-28 の蛋白は L1 期だけに発現しているが mRNA は L1 期以降も転写されている。このような mRNA の転写と蛋白発現の差を制御する遺伝学的因子として、Ambros のグループ及び Ruvkun のグループは lin-4 変異体の原因遺伝子をクローニングした。その結果、lin-4 遺伝子はステージ特異的に発現する 21 塩基長のアンチセンス RNA をコードしていることが判明した。アンチセンス RNA である lin-4 は L2 期以降に発現し、lin-14 と lin-28 の mRNA の 3' 非翻訳領域に結合し不必要な時期の mRNA を不安定化するものと考えられる。発生におけるタイミングの制御に関わっているという意味で、lin-4の産物は small temporal RNA (stRNA) と名付けられた。lin-4 の成熟型 stRNA の大部分の塩基は標的 mRNA に対して相補的であるが、中央部に塩基対のミスマッチが確認される。又、lin-4 の 21 塩基長の成熟型 stRNA はヘアピン前駆体から切り出されて生じてくる。その後、様々な生物種において小分子 RNA の解析がなされた結果、ヘアピン状の RNA 前駆体から産生される小分子アンチセンス RNA が数多く同定され、lin-4 を含めて micro RNA と呼ばれるようになって盛んに研究されているのは御存知の通りである。

線虫 C. elegans と non-coding RNA 研究について（１）

2011-01-21T07:48:00.007+09:00

これから３回にわたり、研究歴がそのまま線虫のRNAi研究の歴史という田原さんから渾身の研究紹介をしていただきます。歴史を知る人の言葉の重みを味わって下さい。

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田原浩昭　（筑波大学大学院・人間総合科学研究科）

　この場を借りて、筆者がモデル生物として用いている線虫 C. elegans と関連する non-coding RNA の研究について記してみたい。

I. モデル生物としての線虫について
　Caenorhabditis elegans は土壌線虫であり、小さな無脊椎動物である。1960年代の中旬ぐらいから Brenner らによって、行動や発生を遺伝学的に解析するためのモデル生物として用いられ始めた。私の出生年を考えると、C. elegans を用いた生物学的研究の歴史は、私の年齢とおおまかに同じぐらいということになる。
　線虫は眼も手足も持っていない生物であるが、上皮組織、神経系、筋肉、消化管、生殖細胞という多細胞動物として基本的な組織を持ち合わせている。成虫の体長は約1mmであり、卵の大きさは約50μmである。C. elegans の成虫における細胞数は生殖細胞を除くと約 1,000個存在し、多細胞生物としては細胞数が少ないという特徴を持っており、どの個体を見てもほぼ同じ細胞系譜を示しつつ発生が進行する。体の透明度が高く微分干渉顕微鏡によって生きたまま核の位置を観察できるという利点を生かして、Sulston らによって C. elegans の発生における全細胞系譜が記述されている。又、神経系については、White らによる連続切片の電子顕微鏡写真解析によって 302個の全ニューロンの形態やニューロン間の化学シナプスおよびギャップ結合が詳しく調べられており、線虫を用いた神経研究の基盤情報となっている。
　線虫の一般的な培養はアガープレート上で大腸菌を餌として常温で行われる。線虫のライフサイクルは多細胞動物としては短く、受精から孵化まで約半日間の胚発生を行い、孵化してから成虫になるまで更に約 3日間要する。線虫の利点の一つは幼虫を凍結保存できるという点であり、手持ちの多様な変異体の中で現在使用していない系統を培養し続ける必要は無い。又、餌が豊富な状態における寿命は 2週間弱であるが、飢餓状態になると耐性幼虫と呼ばれる代謝の落ちた特殊な発生ステージへ移行して数ヶ月は餌の無い状態で生存できることから、凍結せずに短期保管することも容易である。遺伝学的な研究用途の多細胞モデル動物の中では、C. elegans は培養における人的な負担が若干少ない生物であると言えるかもしれない。
　C. elegans を用いた研究の売りの一つは遺伝学的な解析ができることである。他種の線虫を含む多細胞動物の多くは一般的に雌とオスの交雑によって増殖するが、例外的に C. elegans の主要な性形式は雌雄同体であり自家受精で増殖する。自家受精で増殖するという特徴は非致死性の劣性変異の遺伝学的な単離を容易にしており、加えて低頻度で出現するオスを掛け合わせに用いることによって目的とする変異の遺伝学的なマッピングを行うことができる。C. elegans は体の大きさが比較的小さいことから、目的とする表現型を効率的に検出する系の開発しだいで、大規模な（つまり非常に多数の個体を使用した）遺伝学的スクリーニングが可能である。又、逆方向遺伝学による解析も盛んに行われている。一般的なアプローチは、紫外線や化学変異薬剤で処理した線虫集団を小分けしたライブラリーを作製し、そのライブラリーから目的の遺伝子に欠失が入った変異体を PCR によるシブセレクションで単離するという方法である。別の方法として、目的遺伝子の近傍にトランスポゾンの挿入を持つ系統が存在する場合に、トランスポゾンの切り出しによる二重鎖切断を利用した相同組み換え反応によって目的遺伝子を改変する技術も最近になって開発されているが、応用例は未だ少ない。
　ゲノムに目を向けると、C. elegans の 5対の常染色体 (I~V) そして 1対の性染色体 (X) を持っている。性別は X 染色体の本数によって規定されており、雌雄同体では XX であり、X 染色体が偶発的に脱落して X0 となった場合はオスになる。C. elegans はゲノムリソースが良く整備されており、多細胞生物の中で最初にゲノム配列が決定された生物である。染色体に沿ってコスミドや YAC のコンティグを並べていく整列クローンライブラリーが作製され、それらのクローンを材料として（次世代シークエンス技術以前の）蛍光シークエンサーを用いて配列解析が Waterston と Sulston らによる国際共同研究によってなされた。左記のゲノムプロジェクトと並走する形で、C. elegans の cDNA クローンを系統的に収集して分類する cDNA プロジェクトが行われており、ゲノムプロジェクトでは完全に予測できない mRNA 配列の厳密な決定、そして RNAi による遺伝子発現抑制や蛋白発現実験等へ活用されている。幾つかの cDNA プロジェクトが行われてきているが、最もメジャーなものは遺伝学研究所の小原グループのリソースである。
　又、目的とする遺伝子産物を詳しく調べる際に有用な技術の一つは遺伝子導入であり、幾つかの手法で形質転換線虫を作製することができる。話が長くなるので詳細は述べないことにするが、線虫のゲノムへ安定的に遺伝子導入する方法については迅速で簡便な方法は未だ存在せず、新しい手法の開発が求め続けられているように思う。知人と、自分達の手でなんとか良い方法を開発できないかと話し合っているところである。

RNA学会会長のメッセージ

2011-01-20T10:44:00.006+09:00

海外留学の話題で盛り上がってきたところで、丁度タイムリーなRNA学会会長のメッセージが会報に載っています。このブログを読んでいる人がいるとしたらその人がRNA学会会員である確率は非常に高いとは思うのですが、あえてまたここに、再掲しておきたいと思います。この熱いメッセージを、あなたならどのように受け取りますか？学生さん、若手研究者、普通の研究者、既に功成り名を遂げた研究者、どんな人でもそれなりにもの思い、心動かされるのではないでしょうか、、、

中川

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巻頭言「創造性、個別性、国際性、女性」

「知ること、発見すること、それを感動をもって知らせることは科学、芸術に共通した喜び。書かなければ発見したことになりません」というメッセージを残して昨年逝ってしまわれた多田富雄の『落葉隻語-ことばのかたみ』(青土社2010)の中に、石坂公成の言葉として以下のようなことが語られています。

独創的な研究とは「誰もやらない研究」ではない。競争の激しい一流の主題は、それが万人にとって大切だからこそ人が集まるというものである。それを避けて競争の少ない主題に逃げると、一生、落ち穂拾いのような研究しかできない。競争の激しいところに勇気をもって参加するアグレッシブさをもたなければならない。さらに、実験をやるときは、必ずうまく行くと思ってやれ。どうなるかわからないと自分があやふやに思っていてはうまく行くはずがない。そして、最後は実験をやっているマウスを睨みつけろ。

また、同じ本の中で、多田は、独創性とは個人の顔が見えること、つまり、やり方がどこか他の人とは違うという個別性を生み出すことである、と言っています。さて、近年、新しい解析技術が次々に開発されてきています。次世代シーケンサーを含むこれら新しい技術は使わないと損です。新しい技術を使わないと新しい発見も新しいアイデアも出てきません。でも、ここで問われるのは、あなたならどのようにそれら新技術を使いますか?あなたの顔がみえるカタチでこれら新技術を使うことができますか?

独創的な研究を進めて行くためには、国際的であるということも重要な要素です。国際的であることとは、おそらく、自分の考えを言葉で伝える情熱をもつことだと思います。

「そこの中堅研究者、苦みばしった無口な高倉健のフリをしてる場合じゃないよ、国際社会においては、何も考えていない単なる馬鹿にみられますよ」「ラボでiPodをイヤフォンで聞いている君、背中から“相互作用拒否”光線が出てますよ」

言葉が足りなくても判ってもらえると思うのは俳句文化に浸る日本人の考え方です。一流の国際的な研究者の多くはとてもおしゃべりです。私の好きな英単語に“obnoxious”というのがあります。特に、若い人はおしゃべりでヤンチャで行儀が悪く生意気でobnoxious/‘イヤなヤツ’な存在(その上で可愛げがあると尚良い)になることが国際的であることへの具体的な近道であると思います。この6月に開催されるRNA2011Kyoto Meetingで試してみましょう。伝えようとする情熱があれば、そして「言葉を尽くさなくても、話し相手は含意とか言外の意味だとか行間だとかを讀み解いてくれるはず、だって彼らはPh.D.だもん」なんて丸投げの甘い考え方を放棄すれば、(ぎこちない英語で表現された)あなたの存在は国際的なものになるはずです。そして、さらに国際的になるための自己トレーニングとして、海外にどんどん出て行きましょう。

国際化を考えた場合、極めて重要なことは女性の活用です。民族の文化や伝統(よくしゃべる男より無口で静かな男になることを強要される文化とか)が色濃く染み付いている男性達に比べ、一般に女性は既に国際的です。たとえば、会話を楽しむことを知っています。

「そこの“女性”(“女流”?)研究者、そこのあなた、いつ定職を得られるかわからないこんな業界ヤッテラレナイヨとか、ヤッパリ安定が一番さっさと就職しよーかなとか、30すぎてポスドクはきついとか、現在1万8千人もいると言われているポスドクの中から女神が私に微笑みかけると思えるほどノー天気じゃないしとか、それに見渡してみても全日本RNA業界には女性教授はほとんどいないし(1人?)とか、さらには、私のサポートで夫と子供が仕事と勉強に打ち込めればそれはそれで良い人生かもとか、そんなことを思い始めていませんか、降りることを考えていませんか」

「Don’t make assumptions about what your capabilities are. Just try it and see how it goes」(Joan Brugge, JCB 189:922-923, 2010) 「女性研究者が働くための理想的な環境整備をグズグズ待っていたら、すぐ年とっちゃうよ」「あの旦那より君の方がよっぽど優秀じゃん、夫のサポートで思い切り仕事に打ち込める妻というのになったら、その方が収入も多いと思うよ」

パートナー(夫等)やボスや同僚、そして親やご近所や役所を「うまく使う(こき使う)方法」を見つけましょう。思い切ってobnoxious な存在になって、とにかく、一つずつ、試してみましょう。そして、降りずに踏みとどまる良い「やり方」を見つけてください。この研究はあなたでなければできないという必然性と個別性、そして(天からの)「要請の声」と「小さな頃からの夢」があるはずです。あなたが自己中心的に『要請の声』に反応し『夢』を追求することが、そして、あなたが降りないことが、ひいては日本の RNA および科学全般の発展と国際化の促進に必ずつながります。

2011年1月塩見春彦

やはり海外

2011-01-19T23:21:00.003+09:00

中川さん、泊さんから海外留学についてのお話がありましたので、もう一つ下の世代の意見として僕も一筆書かせていただこうと思います。

私は現在３２歳で、おそらく海外留学人口の減少まっただ中の世代に当たります。減少傾向の理由については既にいろんな理由が挙げられていますが、そんな中で私は海外のラボで（半ば強迫観念にかられて）ポスドクをするという選択をしました。理由は二つあります。まず、私の身近な先輩方が学位取得後はみんな海外へ渡られていたということ。研究者を続けるなら当然海外経験は必須だと刷り込まれましたし、国内でのポスドクを選ぼうものなら裏切り者・臆病者のそしりを受けかねない雰囲気がありました。もう一つは、RNA学会等を通じて学生の間に帰国組の方々の圧倒的とも言うべきクオリティーを肌で感じることが出来たからです。中川さんが「格好いい先輩方」と表現をされていますが、僕にとっては「恐るべき先輩方」でした。
自分よりセンスも才能もある方々が海外で経験を積んでいるのに、ここで自分が海外に行かなければますます差が広がる一方じゃないか。動機としては消去法的で良くないのかもしれませんが、留学を終えた今、あながち間違ってはいなかったと感じています。

泊さん、中川さんの投稿で「留学せずとも国内で良い研究が出来る研究者が増えている」とありました。留学しないという選択の根拠として真っ先に挙げられるものの一つだと思いますが、これは正確ではありません。正しくは「留学せずとも国内で良い研究が出来る研究者が増えているが、そのような研究者は今なおほんの一握りに過ぎない」と言うべきでしょう。研究は世界中で日々進展しているわけで、日本で日常的に触れられるのはやはり世界の一部に過ぎません。国内での研究＝世界での研究となるような独創的な研究が行える人は希有な存在で、大多数の人にとっては留学して価値観も背景も違う環境で苦しみながら自分のサイエンスを切り開く経験が大きな糧になります。またそうして初めて日本のサイエンスの現状を正確に捉え、お酒を飲みながら「これだから日本のサイエンスは」などと語る言葉にも説得力が出ると言うものです。「国内一本でも素晴らしい成果を挙げている人がいるんだから、自分も留学しなくても大丈夫」というのは、僕にしてみればよほど腕に自信がある人か、そうでなければ現実から目を背けた逃げ口上にさえ思えます。

もちろん海外留学のデメリットや個々人の事情もあるとは思いますが、研究者としての道を歩もうと決意した若い人たちには、期間の長短に関わらず一度は海外へ出ることを強くお勧めいたします。

神戸大学・三嶋

されど海外

2011-01-15T22:41:00.004+09:00

中川さんから海外留学の話が出たので、僕も少し思うところを書いてみます。

実際、海外に出る若者が減ってきているというニュースはよく耳にします。先日、国際ヒューマンフロンティアサイエンスプログラム(HFSP)主催のミーティングがあり、そこでも日本からのポスドクフェローシップへの応募が減ってきていることが大きな話題(問題)になっていました。世界的には応募総数はどんどん増えているにも関わらず、です。HFSPは日本発案の制度の中では(珍しく?)国際的評価が非常に高いですが、一方で日本が半分近く出資していますから、このまま日本人の応募が減っていってしまうと、「事業仕分け」に引っかかるかもしれません。

一昔前に比べると日本の研究レベルも上がってきていますし、わざわざ海外に出て不便な思いをしなくても、というのは十分理解できます。また、「海外に行ったらみんな幸せになる」という訳でもないし、帰ってこれるという保証もない。家族・大切な人のこともある。海外留学しなくてもすばらしい研究を主導している先生も多くいるし、今やっている研究も面白い。国際学会に出て、いろんな人と話をする機会もあるし、英語も苦手なわけではないし、日本の研究室も留学生などがいて結構国際色豊かだし・・・確かに、海外に出る明らかなメリットというものは、どんどん少なくなってきているのかもしれません。

僕自身は、海外でポスドクをやって良かったことが多いですが、しんどかったことも色々ありますし、海外に出ることがすべてだとは思いません。ただ、今振り返ると、最も大きかったのは「自分の世界の中での立ち位置、自分と世界との関係」がそれなりにはっきりと見えたことだと思います。これは、純粋な研究面だけではなく、自分が日本人であるという意識を含めた価値観面の意味合いが強く、国際学会に出たり海外旅行したりするだけでは見えづらい部分(もちろん意識的に見ることは可能ですが)、むしろ海外に数年間住んで仕事をして初めて良く見えてくる部分だと思います。

研究、特に我々が対象にしているような研究は、自分一人で出来るものではありません。研究室内の、同じ分野の、そしてひいては世界中の様々な研究者との、時には協力しし時には競争しながらの切磋琢磨とコミュニケーションがあって、初めて成り立っているものです。そして、そこにこそ研究のもう一つの醍醐味があるのではないかと思います。

一度しかない人生、早いうちに「世界」を経験しておくことは、決して損にはならないと思います。

東大分生研・泊

ああ海外

2011-01-14T23:05:00.004+09:00

武者修行、もう少し自信のある人ならば道場破り、になるのでしょうが、海外に留学に行く、というのは血圧の高そうな、鼻息の荒そうな人がするもの、というイメージがあるのではないでしょうか。ただ、実際のところ、少なくとも１０年ちょっと前の状況は、武者修行というよりは出稼ぎという感覚が強かったような気がします。修士課程の春に種をまき、博士過程の夏に雑草と格闘し、そしてD3なりD4なりで実りの秋を迎える。はれて博士号取得の収穫祭が来るわけですが、移ろう季節は冬を迎え、耕す畑は無し。やることと言ったら雪下ろしぐらい。ここにいても仕事はネ、稼ぎに出ヨか、といったところでしょうか。出稼ぎ、という言葉に感じる印象は人によってそれぞれなのでしょうが、うら寂しい響きがあるのは否めませんが、都会への憧れ、華やかなるものへの憧れ、というものが、少しは含まれているような気もします。研究を続けたかったら一番の近道は留学だった。そういう時代が長いこと続いていたのだと思います。

しかるに今は、だいぶ道も整備され、国内で働くというのも悪くはないという状況になってきています。ポスドクというポジションが出現し、最先端の機器も海外に引けを取らない、むしろ多くの場合国内の方が充実しているでしょう。実際、国内一本で素晴らしい研究経過を出し続けている中堅・若手の研究者の割合はどんどん増えているかもしれません。海外経験のない人が増えることはあまり好ましくはないと思いますが、それは海外に行かないのが悪いのではなくて、自分の新しい可能性を探そうとしないのが悪い、それ以上でもそれ以下ではないという気がします。どんなに手入れをしていても施肥をしようとも、毎年毎年同じところで同じ野菜を作っていると、同じようにやっているのにトラブルが頻発します。連作障害ですね。同じような生活スタイルでずっといると、ほめられたことではない悪習にももっともらしい理由をつけて、正当化することだけ、上手になりますし。喫煙者がタバコをやめ無い理由を地球を三周するぐらい用意しているのに似ています。また、これは大いに反省すべき事なのだと思いますが、僕自身海外に行こうと思った一つの理由は、海外の成果を引っさげて颯爽とBP1講義室でセミナーをする先輩方が格好良かった、ということです。もし、今の時代に海外に行こうという人が激減した、というのならば、その少し前に海外に出て行った僕らの世代がイマイチ格好良くなかった、ということに尽きるでしょう。

海外に行って良かったことは、海外で生活したことのある自分を知っている、ことです。そうでなければものすごく退屈だったかもしれない人生がある時を境に突然動き出す、そういった機会というのは普通では滅多に訪れるものではありませんが、生活環境をガラリと変えると、意外と普通に訪れるものです。事実は小説より奇なり。海外に限らず、国内でも県内でも市内でもラボ内でも良いから、自分を解放できる「旅先」に飛び出しましょう！

中川

Journal Club

2011-01-12T21:50:00.000+09:00

The 5'-7-methylguanosine cap on eukaryotic mRNAs serves both to stimulate canonical translation initiation and to block an alternative pathway.

Mitchell SF, Walker SE, Algire MA, Park EH, Hinnebusch AG, Lorsch JR.
Mol Cell. 2010 Sep 24;39(6):950-62.

5’-7-Methylguanosine Cap構造は正規な翻訳開始を促進するとともに非正規な翻訳開始を阻害する

翻訳開始は大きく分けて1) リボソームサブユニットとmRNAの結合、2)スキャニング、3)開始コドンの認識、4)60Sサブユニットの参加という4つの段階があると考えられています。
リボソームがmRNAに結合するためには先ずmRNAの5’ UTRの二次構造をほどく必要があります。この過程はeIF4Fに含まれるRNAヘリケースであるeIF4AがeIF4Bの助けを借りて行うと考えられています。続いてeIF4FのサブユニットeIF4Gがほどかれた5’ UTRの末端に結合し、最後に43S PIC (40Sリボソームサブユニット+eIF1+eIF1A+Ternaly complex (TC, eIF2-GTP-tRNAi(Met))+eIF3) がeIF3とeIF4Gとの相互作用を介してmRNAに結合します。その後43S PICはeIF1, eIF4F, eIF4Bらの働きによってmRNAを5’-3’方向にスキャニングにすることによって tRNAi(Met)のアンチコドンと相補的な開始コドン（AUG）を見つけ出し48Sリボソームを形成し、60Sリボソームサブユニットの参加により成熟した80Sリボソームが完成します。
真核mRNAの特徴といえば5’末端のCap構造と3’末端のPoly(A)配列です。5’Capは翻訳開始の促進、mRNAの安定化という役割が有名です。なぜ5’ Capが翻訳開始を促すかといえば「 eIF4F (eIF4E+4G+4A) がmRNAに結合するときに5’Cap構造はeIF4Fを構成するタンパク質の一つeIF4Eと結合することによってeIF4FのmRNAへの結合を促進し、eIF3を介した40Sリボソームのリクルートを促進するため」というのが教科書的な回答であると思います。細胞内、または、有核細胞由来のライセート内では確かにCap構造やPoly(A)配列が翻訳に必須ですが、ウサギ網状赤血球由来のライセート内ではCap構造及びPoly(A)配列は翻訳に必要ではありません。5’ Cap及び3’ Poly(A)配列は、非特異的なRNA結合タンパク質（例えばYB-1等）の量が多く、eIF4Fの量が限られた環境、つまりeIF4Fと非特異的なRNA結合タンパク質がmRNA結合において競合している環境において、eIF4F (eIF4G)のmRNAへのアフィニティーを高めることによって翻訳開始に貢献すると示唆されています。一方、 Cap構造はeIF4FのmRNAへの結合には全く影響を与えず、スキャニング段階に寄与しているのではないかと示唆する報告もあります。
翻訳開始機構は詳細な解析が進められ有力なモデルがたてられていますが、多段階のプロセスから成り、多数の因子が関わっていることから、それぞれの翻訳開始因子やCap構造が翻訳開始機構においてどのような役割を果たしているかは未だに完全には明らかになっていません。

著者らは2002年に最もシンプルな翻訳開始の再構成系を酵母の因子を用いて立ち上げました、その時用いたmRNAは構造のないRNAでmRNAリクルートメント因子が必要なかったのですが、今回著者らは自然のmRNAの43S PICへのリクルートメントを再現する系を完成させました。彼らはこの系を使って翻訳開始因子のmRNAの43S PICへのリクルートメントに与える影響、また5’ Capの機能について調べました。なお脊椎動物の系では1990年代後半にPestovaらが翻訳開始の再構成を行っています。今回の論文とPestovaらの論文の異なる点は、Pestovaらがtoeprintで翻訳開始を研究したのに対し本論文では43 PICとmRNAの結合をネイティブゲルを用いたゲルシフトアッセイを用いて実験した点、二つ目は用いた生物種が異なる点です。著者らは酵母を用いることで脊椎動物を用いた系では解析できなかったeIF3の43S PIC形成以降の翻訳開始における機能を明らかにしました（脊椎動物ではeIF3は40SリボソームとTCとの結合に必須ですが酵母では必須でないためeIF3の43S PIC形成以降の機能を直接調べることができます）。

主な結果を以下に記します。
１．eIF4 (4E, 4G, 4A, 4B)とeIF3は43S PIC (この論文の43S PIC = 40Sリボソーム小サブユニット+eIF1+eIF1A+TC)とmRNAの結合を促進する。
２． eIF3 のみが存在すれば43S PICと Uncapped mRNA (5’ monophosphate)は結合する（toeprintでは適切な位置にシグナルが入らないため異常な結合と言える）。
３．5’ Capが存在するとeIF3に加えてeIF4 (4E, 4G, 4A, 4B)も43S PICとmRNAの結合に必要になる。
４．5’ Capのtriphosphate部分はeIF4因子非依存的な43S PIC-mRNA結合を阻害する。

つまり uncapped RNAは eIF3のみ存在すれば43S PICと結合できる一方、Capped mRNAは eIF3に加えて eIF4 (4E, 4G, 4A, 4B)が43S PICとの結合するために必要となることが明らかとされました。eIF3のみによるuncapped RNAと43S PICの結合は、開始コドン上で形成される正規な43S PICとmRNAの結合とは異なり、toeprintで適切な位置にシグナルが入らない異常な結合です。Cap構造はそのような異常なmRNA-43S PIC結合を阻害し、スキャニングや開始コドン認識に必要なすべての開始因子から作られる適切な翻訳開始複合体のみをmRNAにリクルートする、いわば翻訳開始の「門番」としての役割を果たすことが分かりました。

Journal Club

2011-01-11T19:10:00.001+09:00

An in vivo RNAi assay identifies major genetic and cellular requirements for primary piRNA biogenesis in Drosophila.
Olivieri D, Sykora MM, Sachidanandam R, Mechtler K, Brennecke J.
EMBO J. 2010 Oct 6;29(19):3301-17. Epub 2010 Sep 3.

　今回紹介した論文において著者らは、Drosophila ovaryにおけるin vivo RNAi assay系を構築し、primary piRNA生合成の必須因子として、Armitage (Armi), Yb, Zucchini (Zuc) を同定しました。これらの因子のうちいずれかが欠けると、トランスポゾンの脱抑制、piRNA量の変化、PIWIの核への蓄積が見られなくなるなどの現象が観察されました。また、RNAiで各因子を欠損させたfollicle cell を蛍光顕微鏡で観察することにより、ArmitageとYbが相互作用しており、Yb bodyに共局在することも分かりました。

　著者らはまず、Drosophila ovaryのsomatic cell（follicle cell）で特異的にin vivo RNAiを起こすためのassay系を構築しました。実際にこのシステムを用いてpiwi をK.D.して実際にRNAiが働く事を確認しています。また、piwi K.D.にともないfollicle cellのトランスポゾンであるZAMやTaborの発現量の増加も確認されました。
このシステムを用い、piRNA経路との関連が示唆されている様々な因子のK.D.を行ったところ、Piwi、Armi、Zucがprimary piRNA経路に必須な因子として同定されました。Armiがprimary経路に関与するという結果は、ArmiがGermlineのpiRNA 経路のみに関わるという過去の知見と矛盾していますが、著者らは過去の論文で用いられたarmi mutant alleleではその変異の効果が十分ではなかったためと推論しています。
　次に著者らは、follicle cellにおけるArmiの局在を蛍光顕微鏡により調べています。その結果、ArmiはYbとともにYb bodyに共局在していることが分かりました。また、OSC lysateを用いたIPの実験から、ArmiとYbは相互作用していることが明らかとなりました。さらに、先述のin vivo RNAi によりYbをK.D.するとZAMやTaborの発現量が増加することから、Ybはsomatic piRNA経路の必須因子であることが示唆されました。また、ArmiとPiwiについてもIPの実験により、RNAを介して相互作用していることを確認しています。
　続いて、Armi、Zuc、Yb、Piwiを相互にK.D.してfollicle cellにおけるそれぞれの局在を調べたところ、Armi、Zuc、Ybの欠失によりPiwiの核への局在が見られなくなりました。zuc K.D.ではPiwiの核局在が見られなくなるのに加え、核の周辺への局在が確認されました。さらに、それぞれの変異体においてpiRNAの量を調べており、armi、zuc、yb、piwi K.D.によりpiRNAの量が減少することも確認されました。

　Saito et al.（参考１）の論文においても、DrosophilaのOSC (ovarian somatic follicle cell line) でのRNAi-based screeningにより、Armiがsomatic primary piRNA経路に必須の因子として同定されています。また、免疫染色による局在の観察により、OSCとfollicle cellのいずれでも、ArmiとYbはYb bodyに共局在していることも観察されました。また、ArmiとPiwiが相互作用しており、ArmiはPiwiがYb bodyに局在するために必要であることも同様に報告されています。
さらにこの論文では、OSCにおいてArmi欠損後にmyc-piwiをトランスフェクションして局在を観察すると、全て細胞質に局在することが観察されました。また、Yb欠損体やPiwiのPAZドメイン変異体においても、Piwiの核への局在が見られなくなり、細胞質に蓄積しました。これらのことから、OSCにおいて、ArmiとYbはPiwiの核への局在に必要な因子であることと、piRNAローディングの後にPiwiが核へ移行することが示唆されました。

　Haase et al. (参考２) においても関連する報告がなされています。こちらの論文は、OSS (Drosophila ovarian somatic sheet cells) を主なマテリアルとして用い、RNAi assayにより、トランスポゾンサイレンシングのinitiation phaseとeffector phaseにおけるpiRNA経路関連因子の役割を解析することを目的としています。
Olivieri et al.と同様に、armiもしくはzuc K.D.でPiwiの核局在が見られなくなり、WBによりPiwiのタンパク質量の減少も認められました。一方でPiwi mRNA量は減少しておらず、これらのことからArmiとZucはpiRNA経路のinitiation phaseに関与していることが示唆されました。
　また、こちらの論文では、proteomic analysisにより、Piwi RISCにはArmiとSquashが含まれていることが示唆されました。squash mutantでは、gypsyが有為に脱抑制される一方、piRNAの量やPIWIの量には影響がなく、Squahがeffector phaseで働いている可能性が示唆されました。さらに、Zucにおいても解析を行っており、Zucのpersumed null alleleとcatalytically dead alleleにおいて、total piRNAとflamencoにマッピングされるpiRNAの量はともに減少しました。また、gypsy、idefix、ZAMの発現量の増加とpiRNA populationの減少も観察され、その影響はcatalytically dead alleleで特に大きいことが分かりました。また、zuc mutant ovaryでflamencoの３つの異なる領域を増幅するプライマーセットによりqPCRを行ったところ、flamenco由来のlong RNAが著しく増加しました。このことから、Zucはflamenco由来piRNAのprimary processingに必要な因子であることが示唆されました。

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（参考１）
Roles for the Yb body components Armitage and Yb in primary piRNA biogenesis in Drosophila.
Saito K, Ishizu H, Komai M, Kotani H, Kawamura Y, Nishida KM, Siomi H, Siomi MC.
Genes Dev. 2010 Nov 15;24(22):2493-8. Epub 2010 Oct 21.

（参考２）
Probing the initiation and effector phases of the somatic piRNA pathway in Drosophila.
Haase AD, Fenoglio S, Muerdter F, Guzzardo PM, Czech B, Pappin DJ, Chen C, Gordon A, Hannon GJ.
Genes Dev. 2010 Nov 15;24(22):2499-504. Epub 2010 Oct 21.

Journal Club

2011-01-11T19:08:00.000+09:00

A Pumilio-induced RNA structure switch in p27-3' UTR controls miR-221 and miR-222 accessibility.
Kedde M, van Kouwenhove M, Zwart W, Oude Vrielink JA, Elkon R, Agami R.
Nat Cell Biol. 2010 Oct;12(10):1014-20. Epub 2010 Sep 5

【論文内容のまとめ】
p27はcyclin-dependent kinase (CDK) inhibitorのひとつで、CDK2/cyclin E複合体の活性を阻害することで細胞周期の進行を抑制する。p27の発現は細胞周期休止期において高く、細胞周期進行期では低いことが知られている。先行研究よりp27はmiR-221/222 による発現制御を受けることが明らかになっていたが、著者らはmiR-221/222の発現量、p27 mRNA量がともに細胞周期の状態により変動しないことを見出し、細胞周期休止期ではp27 mRNAがmiR-221/222の抑制制御から逃れる仕組みが存在するのではないかと考えた。そしてp27 mRNAの3’UTRに結合するRNA結合タンパク質Pumilio (PUM) の解析から、PUM結合による局所的なp27 mRNAの2次構造変化により、細胞周期に依存したmiR-221/222によるp27の発現制御の切り替えがおきていることを明らかにした。

Pumilio (PUM) は進化的に保存されたRNA結合タンパク質で、標的mRNAの3’UTRにあるPumilio Recognition Element (PRE) に結合し、そのmRNAの翻訳活性や安定性を制御する。先行研究よりp27 mRNAはPUMが結合するmRNAのひとつとして同定されていたが、実際PUMをノックダウンするとp27の発現が上昇し、p27の機能 (S期移行阻害) が亢進したことから、PUMはp27の抑制因子であることが明らかとなった。またPUMをノックダウンするとmiR221/222によるp27の発現抑制効果が損なわれることから、miR221/222によるp27の発現抑制にPUMが必要であることがわかった。p27 mRNAの3’UTRには2つのPREが存在し、そのひとつはmiR221/222標的サイトの近傍に位置する。p27 3’UTRの2次構造予測から、miR221/222標的部位とPUM結合サイトはステムループ構造を形成しうることが示唆された。さらにこの構造が細胞周期休止期にはclosedフォームを、進行期にはopenフォームをとること、openフォームになるにはp27 mRNAのPREへのPUMの結合が必要であることを見出した。またPUMのp27 mRNAのPREへの結合活性が、細胞周期休止期では低く進行期では高いというように細胞周期依存性を示すこと、進行期でのPREへの結合活性の上昇が、PUM1のSer714のリン酸化 (PUM1のS714はEGF刺激により急速にリン酸化されることが報告されている) と PUMタンパク質量の増加に依存していることを明らかにした。
上記の結果から、細胞周期休止期ではp27 mRNAのmiR221/222標的サイトがPREと2次構造を形成しているためmiR221/222がアクセスできず、miR221/222によるp27の発現抑制がオフになっているが、細胞周期再開のシグナルを受けると、PUMのリン酸化およびタンパク質量の増加によりp27 mRNAのPREへの結合活性が増強することにより、miR221/222標的サイトの2次構造がopenになりmiR221/222によるp27の発現抑制がオンになることが示された。

2011年はどんな年？

2011-01-06T21:17:00.002+09:00

いよいよ2011年の幕開けです。今年は一体どんな年になるのでしょうか。

普通は年末に一年を振り返るものなのでしょうが、いまさらながら2010年という年を振り返ってみますと、まさにHITSの年だったような気がします。HITS、つまり次世代シークエンサーを用いた解析はRNA業界ですと2008年、2009年と立て続けにRobert Darnell研からでた報告されたHITS-CLIP論文（これとかこれとか）が記憶に新しいところですが、2010年は、この欄でも度々取り上げているJorh RinnとHoward Changのところから、怒濤のように論文が報告されました。

こちらはRinnラボの論文

Large intergenic non-coding RNA-RoR modulates reprogramming of human induced pluripotent stem cells.

Nat Genet. 2010 Dec;42(12):1113-7

A large intergenic noncoding RNA induced by p53 mediates global gene repression in the p53 response.

Cell. 2010 Aug 6;142(3):409-19.

Chromatin signature of embryonic pluripotency is established during genome activation.

Nature. 2010 Apr 8;464(7290):922-6. Epub 2010 Mar 24.

こちらはChangラボの論文

Long non-coding RNA HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer metastasis.

Nature. 2010 Apr 15;464(7291):1071-6.

Long noncoding RNA as modular scaffold of histone modification complexes.

Science. 2010 Aug 6;329(5992):689-93

Long non-coding RNA HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer metastasis.

Nature. 2010 Apr 15;464(7291):1071-6.

見ているだけで眩暈がしてくるようなpublication listですが、これら皆、次世代シークエンサーで長鎖のncRNAを見つけてきて、siRNAノックダウンでたたいて、もしくは強制発現をして、表現型をこれまた次世代シークエンサーで解析して、という良く言えば流れるような、悪く言えば変わり映えのない手順で解析が進められています。このあたり好き嫌いは結構分かれるところだと思うのですが、これから先しばらくは、このような順番でデーターが並んでいるとなんとなく安心する、そういう時代が続くのは間違いのないところでしょう。

これだけ毎月のように「凄い」雑誌に論文が載るって、一体何なんだろう？とか思ったりするわけですが、なんとなく既視感があるのですね。１９９０年代中頃、ちょうどショウジョウバエの相同分子をマウスで解析するとエラく面白い事が分かってくる、ということで世界中の分子発生生物学者が色めき立ったあの頃、WntとかShhとかいった遺伝子名が、毎週のようにCellだのNatureだのを賑わせていました（今でもまあそうですが、、、）。ほぼ時を同じくして、Netrin、Robo、Ephrinなど、いわゆる軸索ガイダンスに関わる分子が次々と見つかり、神経発生の謎はもうすぐ全貌が解明されるのではないか、という期待が一気に膨らんでいったのも懐かしく思い出されます。当時のMcMahon研、Tabin研、Goodman研、Tessier-Lavigne研、それこそ毎月、ビッグジャーナルとよばれるところに論文を出していたものです。いつだったかのミーティングでのMarcのトークは、イントロとまとめ以外全てCellの表紙のスライドだった、とかいう笑い話がありましたが、時代を作る人の爆発力、パワーは凄まじいものがあります。

既視感がある、というのは論文がマシンガンのように連発されるということもありますが、むしろその「わかりやすさ」にあるのだと思います。水戸黄門がここ何十年か全くスタイルを変えずにやってこれているのも、この「わかりやすさ」、安心感のおかげです。やっていること自体はそれほど学問的に難解というわけではない。シュレディンガー方程式がサッパリ分からない人でも十分理解可能。しかも、同じような研究の進め方で次々と面白い事が分かってくる。この面白さに関しては多分に共同幻想みたいなところもあるのですが、ベースとしている研究の進め方はどんどん定跡化されてきますから、もしかしたら自分も出来るかも知れない、という期待感も膨らむわけです。身近なサイエンス、身近な最先端。身近なアイドルAKB48が人気があるのも分かるような気がしてきます。

だいぶ話が脱線してきてしまいましたが、2010年、これは次世代シークエンサーによるncRNA解析の定跡が確立された年、として記憶されることになると思います。そして2011年。この新学術領域オリジナルの定跡、確立したいものです。

中川

ーー

ちなみに「既視感」、と言いましたが、１９９０年代と現在、ひとつだけ大きく違うところがあります。先述のようなビッグラボ、必ず日本人のポスドクがいたものです。帰国後国内でPIになっている方も沢山おられます。Changラボ、Rinnラボ、どちらも日本人のポスドクはいません。これについてはちょっと思うところがあるので又の機会に書き込みをしたいと思います。

非コードRNA屋？

2010-12-27T15:59:00.002+09:00

神戸大学理学研究科の三嶋雄一郎と申します。中川さんからお誘いいただいたので、神武さんに続いてちょっと書き込ませていただこうと思います。大掃除の気分転換にでも読んでいただければ幸いです。

ここ最近、某歌舞伎役者がワイドショーを賑わしています。彼の名跡は「市川」ですが「成田屋」という表現もよく耳にします。「ん？市川家と成田屋ってどう違うの？」と思って調べてみますと、歌舞伎の世界では名跡を直接呼ぶのが失礼に当たるので、屋号で「よっ成田屋！」などと呼ぶのが作法とのこと。屋号と名跡がほぼ一体化している噺家とはちょっと違うわけですね（ウィキペディア情報なので間違ってたらご容赦を）。

さて、研究者の世界にも屋号は存在します。
例1:「私は根っからの生化学屋でして…」
例2:「あのAさんってなにやってる人？」「ああ、あの人は発生屋さんだよ」
という感じで、その人のバックグラウンドを（何となく）掴むにはとても便利な表現です。これを使って自己紹介をさせていただきますと、私はゼブラフィッシュ使ってmicroRNAの生理機能と作用機序に興味を持って研究を行っていますので「microRNA屋」ということになるでしょうか。もう少し細かく分類すると「翻訳制御屋」、あとは使ってるモデル生物から取って「ゼブラ屋」なんかも当てはまりそうです。

では周りの皆さんは。。。と領域内を見回しますと、「RNA屋」もちろんのこと「発生屋」、「エピジェネティクス屋」、「構造屋」、などなど非常に多彩な屋号が見受けられます。これはまさに非コードRNAという研究領域の重要性、新鮮さ、アクティブさを表していると思います。一方で、それぞれの確固たるバックグラウンドがあるせいか「非コードRNA屋」というイメージがパッ出てくる方が少ないのもまた事実。特にmicroRNAをやっていますと、一流の研究者ほど軽々と屋号の壁を超えてmicroRNAを取り入れ、そして去って行く傾向にあるように感じます。屋号で研究者を分けるのはもう古いのかも知れません。

伝統を重んじる歌舞伎の世界では一度名乗った屋号を変えるのは非常に稀なようですが、研究の世界では時に屋号の壁を打ち破らねばインパクトのある仕事ができません。「非コードRNA屋」が世間に定着するのかどうか、また自分が「非コードRNA屋」に留まるのかどうか。日本の非コードRNA研究の最先端を走る皆様との交流を通じて、その答えが見出せればいいなと思っております。今後ともどうぞよろしくお願いいたします。

それでは皆様、よいお年を！

細胞老化と長鎖ncRNA

2010-12-15T11:39:00.000+09:00

浜松医科大学、生化学第一講座の神武（こうたけ）洋二郎と申します。ncRNAブログ初書き込みですし、折角ですから自己紹介もかねて、これまでの私の研究内容等を簡単に紹介したいと思います。
　
　私はもともと九州大学農学部の細胞制御工学講座という研究室で、研究人生をスタートしました。そこで最初に習った手技が動物細胞培養法でした。二ヶ月間、ただひたすらいろんな種類の細胞株を培養継代していたような気がします。その中で他の細胞株とは異なり、だんだんと増殖スピードが遅くなり、次第に増えなくなってしまった細胞株が現れたのです。当時教わっていた先輩は、それはそれは恐い人（元空手部主将）で、細胞が増えなくなったとはなかなか言い出せなく、血清濃度を上げてみたり、培地を頻繁にかえてみたり、素人ながら試行錯誤したものでした。その後分かった事ですが、その細胞株はTIG-1細胞というヒト胎児肺正常線維芽細胞で、不死化したガン細胞とは異なり、分裂寿命を持つことから細胞老化のモデルとして用いられている細胞株でした。これを知った時、安堵感と共に、細胞が持つ巧妙な老化誘導機構について興味を持った訳です。以来、九州大学の中山敬一先生、ノースカロライナ大学のYue Xiong博士の研究室を経て、現在でも細胞老化の分子基盤の解明に取り組んでいます。

　ここ最近の細胞老化の分野は、エピジェネティックな遺伝子制御やDNAダメージ応答機構との関連が明らかとなり、急速に分子レベルでの理解が進んでいます。私もポリコームタンパクがINK4 locus（p16/p15/ARFをコード）に結合し、ヒストンメチル化を介してINK4 locusをエピジェネティックに抑制することによって、細胞老化を抑制していることを明らかとしました。近年、このINK4 locusへのポリコームリクルートメントにmRNA-likeな長鎖ncRNAであるANRILが関与していること、さらにANRILは細胞老化を抑制する機能を持っていることを見出し、ncRNAの分野に足を踏み入れる事となった訳です。現在ではこのANRILの作用マシナリー及び個体の老化／癌化に関与しているか、その生理機能の解明を行っています。miRNAなどの他のsmall ncRNAと比べ、長鎖ncRNAはまだまだ謎に包まれているため、暗中模索状態です。そんな中、この新学術の公募班員に選ばれたのは私にとってかなりの幸運だったと思います。前回の班会議では、他のメンバーのお話が聞けて、今までモヤモヤとしていた部分が幾分クリアに見えてきたような気がします。私も次の班会議では少しでもこの領域に貢献できるようなおもしろい発表ができるように精進したいと思います。

神武　洋二郎